一、分子标记技术及其在林木遗传改良研究中的应用（论文文献综述）
赵薇[1]（2021）在《杨树驻芽和萌芽时间QTL定位分析》文中认为杨树是我国广泛栽培的树种之一,在工业用材、生态防护和绿化环境等方面具有不可替代的作用。杨树为多年生落叶乔木,在秋季形成驻芽以应对干燥寒冷的冬季,在春天温度和水分适宜的条件下,萌芽打破休眠后开始萌发,恢复生长。芽的休眠与萌发是杨树重要的生存策略,是对环境适应的综合体现,影响着杨树的地理分布和木材材积量。目前,有关杨树驻芽和萌芽时间的遗传机制还知之甚少。本研究以美洲黑杨（Populus deltoides）和小叶杨（Populus simonii）杂交子代作为研究材料,对杨树驻芽和萌芽时间进行QTL定位分析,并挖掘相关的候选基因,深入研究杨树驻芽和萌芽时间的遗传机制。主要研究结果如下:1.以美洲黑杨和小叶杨杂交F1代的无性系为材料,建立了随机区组扦插试验林,2020～2021年测定了每棵树的驻芽和萌芽时间。基于已构建的两个亲本高密度遗传图谱,采用区间作图法、复合区间作图法以及关联分析法对驻芽和萌芽时间进行了QTL定位分析。结果显示复合区间作图法最有效,而其它两种方法收效甚微。利用复合区间作图法,在12个连锁群上定位到23个与杨树驻芽时间相关的QTL位点,其中11个QTL位于母本美洲黑杨第1、2、4、5、6、7、10、11、17和19连锁群,而其余12个QTL位于父本小叶杨第1、2、3、4、6和12连锁群;在15个连锁群上定位到26个与杨树萌芽时间相关的QTL位点,其中13个位于美洲黑杨第1、3、5、6、10、11、15和17连锁群,其余13个QTL位于小叶杨第1、2、3、4、7、8、10、14、15、18和19连锁群。2.开发了基因功能注释和富集分析软件包Gen AE,利用该软件对QTL位点附近的基因进行功能注释,以挖掘相关候选基因。该软件分为六个步骤来实现算法:（1）对较大的基因组序列文件进行分割;（2）将分割后的文件提交到蛋白质数据库进行比对;（3）合并比对结果并提取比对信息;（4）对上一步的比对结果进行功能注释;（5）提取基因组注释信息;（6）提供候选基因文件,基因组注释结果作为背景基因,进行富集分析。3.根据QTL区间内基因的功能注释,筛选杨树驻芽和萌芽时间相关的候选基因。结果挖掘到57个与杨树萌芽和驻芽时间相关的候选基因,这些基因可分为7大类。进一步对这些候选基因进行GO和KEGG富集分析,研究发现植物激素信号转导通路、植物有丝分裂原蛋白激酶信号转导通路、生长素激活信号转导通路和生长素激活信号通路在杨树芽的休眠与萌发过程中发挥了重要作用。本研究检测到了更多有关杨树驻芽和萌芽时间的QTL位点,并且筛选出了相关的候选基因,这将有助于进一步理解杨树生长及适应性的分子机理,为加速杨树的遗传改良提供重要的参考依据。
安琪[2]（2021）在《香合欢种质资源遗传多样性研究》文中指出香合欢（Albizia odoratissia（Linn.f）Benth）为豆科（Leguminosae）含羞草亚科（Mimosaceae）合欢属（Albizia Durazz）常绿大乔木,在我国福建、广东、广西、贵州、云南、四川、海南等省（自治区）均有分布,其生长迅速,材质优良,天然更新能力强,是具有良好发展潜力的高价值造林树种。本研究以广西和海南的香合欢天然群体为材料,利用自主开发的香合欢EST-SSR分子标记,分析估算各群体的遗传多样性参数。在此基础上,对不同地理模式下香合欢的遗传多样性和遗传结构进行评价;结合天然群体子代材料对其遗传多样性动态变化趋势进行了研究,同时通过对比天然群体材料与无性系种子园建园材料,探讨遗传改良的选择过程对遗传多样性的影响。主要研究结果如下:1.在物种水平上,用16对引物对广西和海南2个群体的10个亚群体共280份香合欢天然群体材料进行扩增,共检测出52个等位基因,平均每对引物扩增出3.25条等位基因,多态性位点比率为100%。平均有效等位基因数（Ne）为2.36,平均Shannon信息指数（I）为0.91,平均Nei’s基因多样性（H）为0.54。表明香合欢天然群体具有较高的遗传多样性。2.在群体水平上,广西香合欢群体（I=0.87,He=0.51）的遗传多样性高于海南群体（I=0.73,He=0.45）。在亚群体水平上,10个香合欢天然亚群体的有效等位基因（Ne）数在1.70～2.12之间,观测杂合度（Ho）的值在0.17～0.37之间,期望杂合度（He）的值在0.38～0.49之间,说明不同亚群体间的遗传多样性水平有所差异。其中,西林县亚群体（I=0.79,He=0.49）的遗传多样性最高,三亚亚群体（I=0.61,He=0.38）的遗传多样性最低。10个亚群体的固定指数(FIT)均大于0,表明各亚群体内均存在纯合体过剩,杂合体不足的现象。且每个亚群体均偏离Hardy-Weinberg平衡,其中澄碧湖亚群体(FIT=0.50)偏离平衡最远,西林县亚群体(FIT=0.31)最接近平衡。3.香合欢总群体16个位点的基因分化系数(FST)的变化范围在0.04～0.32之间,平均值为0.20,表明有20%的遗传变异存在于不同的香合欢亚群体之间,80%的变异发生于亚群体内。不同位点的基因流（Nm）差异较大,其范围在0.53～6.48之间,平均为1.00。广西香合欢群体的基因流（Nm=2.07）高于海南香合欢群体（Nm=1.75）,而基因差异分化系数(GST=0.16)低于海南香合欢群体(GST=0.05)说明海岛地理模式会对亚群体间的基因交流产生一定的阻碍。4.对各亚群体体间的Nei’s遗传距离进行分析并以此为基础进行UPGMA聚类分析,发现10个香合欢亚群体间的遗传距离在0.07～0.43之间,其中遗传距离最短的为澄碧湖亚群体和田东县亚群体,最远的为田东县亚群体和鹦哥岭亚群体。10个亚群体可被分为2大类4小类,其中来自广西澄碧湖、田东县、田林县、西林县、隆林县和乐业县6个亚群体与来自海南尖峰岭、鹦哥岭、霸王岭、三亚的4个亚群体分别聚为一类。海南群体中霸王岭和尖峰岭亚群体聚为一类,鹦哥岭和三亚亚群体聚为一类,广西群体中澄碧湖亚群体和田东县亚群体首先聚为一支,然后依次与田林县亚群体、隆林县亚群体、西林县亚群体相聚,最后与乐业县亚群体相聚。5.对香合欢亲本和子代的遗传多样性进行比较,结果表明广西子代的遗传多样性低于亲本,海南子代的遗传多样性略高于亲本。遗传多样性动态传递结果显示,香合欢天然群体在世代间表现出遗传多样性略有下降,遗传分化有所增强的趋势。对不同种源的子代个体的分子变异和表型变异进行分析,发现其变异主要发生在个体间。6.对乐业县50株香合欢天然更新林材料的遗传多样性和遗传结构进行研究,结果表明,乐业县香合欢亚群体具有较高的遗传多样性（I=0.79,He=0.47）,不同的香合欢个体间存在较高的遗传分化。对遗传距离进行聚类分析,发现50株香合欢材料可被分成2大类,说明50株个体很有可能是两株母树的后代,表明香合欢天然群体在林地更新过程中具有较强的扩张能力。综上可以看出,不同地理模型下香合欢天然群体的遗传多样性有所差异,总体上陆地模型下香合欢的遗传多样性高于海岛模型,而亚群体间的遗传分化低于海岛模型。天然群体在世代间表现为遗传多样性降低遗传分化增强的趋势。
范睿深[3]（2021）在《山桐子油脂合成相关基因的克隆及功能分析》文中研究说明山桐子是十分重要的木本油料植物,其果实含油率高,亚油酸含量在60%以上具有“树上油库”的美称,在食品、保健品、医药、化工等方面拥有多种用途,具有很高的开发利用价值。选育优良品种,是开发利用山桐子的前提,然而由于缺乏山桐子果实油脂合成相关基因的理论研究及完善的遗传转化体系,严重制约了山桐子这一优良油料树种的良种选育。深入了解山桐子油脂合成相关基因的分子调控机理和功能,对山桐子果实资源的开发具有重要的意义,建立山桐子遗传转化体系有利于利用分子育种技术对山桐子进行遗传改良,还能为其他油料植物基因功能的研究提供借鉴。本研究以山桐子果实为试验材料,分析了不同发育时期山桐子果实的油脂含量及脂肪酸组分的动态变化,对山桐子油脂合成相关基因进行挖掘。在此基础上对油脂合成有关基因成功进行了克隆,从中选出与亚油酸合成有关的基因,通过表达分析验证其基因功能。为了进一步对山桐子进行遗传改良,以叶片为外植体,建立了山桐子遗传转化受体系统,取得以下结果:（1）揭示了山桐子果实不同发育时期油脂含量及脂肪酸组分的动态变化规律。在山桐子果实发育过程中,含油率逐渐增加呈“S”型增长模式,在80～90 DAP（days after pollination）有一个间歇期,在此时期果实颜色发生变化;亚油酸含量在脂肪酸组分中的比例逐渐减小,但其最终值仍在64%以上,在70 DAP和130 DAP时期,果实中的油脂含量,主要脂肪酸组分均差异显着。（2）通过转录组测序发掘油脂合成相关基因。从转录组中发掘出了33个与山桐子油脂合成有关的基因,其中有18个基因在70 DAP和130 DAP的表达量差异显着。其中,Ip ACCase、Ip KAS I、Ip KAS II、Ip SAD、Ip FAD2和Ip FAD3等6个基因是山桐子脂肪酸合成的关键基因;Ip GPAT和Ip DGAT2等2个基因是山桐子TAG合成的关键基因。（3）克隆获得了Ip SAD、Ip FAD2、Ip FAD3、Ip GPAT和Ip DGAT2等5个山桐子不饱和脂肪酸合成相关基因的全长序列。系统进化树结果显示,它们与毛果杨和胡杨的亲缘关系较近。预测蛋白的生物信息学分析推测,这5个功能基因在山桐子油酸、亚油酸及油脂合成过程中发挥着关键作用。（4）对亚油酸合成关键基因Ip FAD2和Ip DGAT2的功能进行了验证。原核表达载体的重组质粒在IPTG的诱导下可以正常表达出与预测蛋白大小基本一致且具有生物活性的蛋白;转化拟南芥表明,转Ip FAD2和转Ip DGAT2分别可以使拟南芥种子的亚油酸和油脂含量增加13.50～29.86%和27.70～39.09%;Ip FAD2和Ip DGAT2的表达量决定了山桐子果实中亚油酸含量及油脂含量。（5）建立了山桐子叶片愈伤组织遗传转化受体系统。愈伤组织诱导最适培养基:MS+蔗糖30 g/L+6-BA 1.0 mg/L+2,4-D 2.0 mg/L+琼脂6 g/L（p H=5.8）,诱导率为36.67%;愈伤组织继代最适培养基:MS+蔗糖30 g/L+6-BA 1.5 mg/L+NAA 0.5mg/L+琼脂6 g/L（p H=5.8）,愈伤组织增值系数为4.46;不定芽诱导最适培养基:MS+蔗糖30 g/L+6-BA 2.0 mg/L+NAA 0.2 mg/L+TDZ 0.1 mg/L+琼脂6 g/L（p H=5.8）,不定芽诱导率为22.22%;不定芽复壮最适培养基:MS+蔗糖30 g/L+6-BA 1.5 mg/L+NAA 0.1 mg/L+TDZ 0.08 mg/L+琼脂6 g/L（p H=5.8）,增值系数为4.45。抗生素敏感性试验表明,Cef对愈伤组织致死的最大浓度为200 mg/L,Kan对愈伤组织致死的最小浓度为50 mg/L。
杨晓伟[4]（2021）在《湖南铁心杉育种亲本群体的构建》文中认为杉木（Cunninghamia lanceolate）,是我国南方栽培最广、生长快、经济价值高的用材树种。解放后我国林业工作者在杉木育种方面做出了巨大贡献,已成功完成第四代种子园的建设工作,但是杉木育种也出现了只追求速生而忽略了优质的问题。2012年,在湖南小溪国家自然保护区发现一种杉木的变种,心材呈油亮的黑褐色,且心材比重大,耐腐,区别于红心杉（Red-heart wood Chinese fir）,是一种优质天然的杉木种质资源,被称为铁心杉（Black-heart wood Chinese fir）。本研究从铁心杉种质资源的保存与收集、铁心杉种群遗传结构和空间遗传结构、基于SSR标记的核心种质资源构建和优良半同胞子代父本鉴定等几个方面来构建铁心杉育种亲本群体,为今后铁心杉种质资源的保护、开发和利用奠定理论基础。主要研究结果如下:（1）2019年3月,通过人工选择,在天然林中选取35株优良无性系,构建铁心杉种质资源圃,每个无性系嫁接不少于10株,嫁接成活率高达83%;同年10月收集27株铁心杉种子,测定种子活力,最高发芽率达68%。（2）选取15对稳定、多态且特异的SSR引物对湖南铁心杉154份材料进行种群结构和遗传多样性分析。结果显示:15对SSR引物共检测出72个等位基因,每对标记的等位基因数在2～16之间,平均7.07;平均观测杂合度、平均期望杂合度分别为 0.463、0.599;15 对 SSR 标记的 PIC 值在 0.350～0.866 之间,平均 PIC 为 0.599。以地理位置和山头分布将样本划分为6个群体,并进行遗传多样性和遗传结构分析,结果表明:湖南铁心杉在不同亚群体间的遗传差异较小,遗传距离变幅在0.048～0.315之间;遗传分化显示,群体之间的遗传差异仅占总体差异的10%,说明种质资源的差异主要来源于种质内的个体间;NJ聚类分析、PCA主成分分析和STRUCTURE遗传结构分析、Apcluster聚类分析均将供试材料分为两大类群,154份湖南铁心杉种质资源并没有按照地理来源和山头分布进行分组,表明湖南铁心杉具有丰富的遗传多样性;Mantel test检验R2=0.1963,说明铁心杉各个亚群体之间的遗传距离与地理距离之间不具有显着相关性,仅存在19.63%的遗传变异与地理距离相关,而剩余80.37%的遗传变异由其他人为或者自然因素所导致而成。（3）选取JZW1作为铁心杉精细空间遗传结构的对象,发现铁心杉空间遗传结构Sp=0.00376,样地内铁心杉种子传播的距离在7.32～121.35m之间,花粉传播的距离在48.78～195.12m之间。种子传播的平均距离为48.98m,花粉传播的平均距离为110.57m。（4）基于SSR分子标记,3种遗传距离、2种取样策略及1种聚类方法、R语言Genetic subsetter包进行核心种质构建比较分析,最后采取“SM遗传距离+UPGMA聚类法多次聚类+位点优先取样”对154份湖南铁心杉木种质资源进行核心种质构建,获得30份核心种质,占总数的19.48%;核心种质保留了初始种质的全部等位基因且各个遗传参数的t检验结果表明核心种质能够较好的代表初始种质。（5）收集10株优良母本种子播种育苗,构建半同胞子代幼苗,筛选优株,利用SSR标记和CERVUS软件进行父本鉴定,组建优良杂交亲本组合。结果显示:50个子代在403个疑似父本中共鉴定出42个父本,其中TXS-14的繁殖贡献率最高为6%,TXS-20、TXS-201、TXS-204、TXS-399、TXS-5 的繁殖贡献率次之,为 4%,其余均为2%,共筛选出高配合力亲本50对。（6）通过铁心杉种质资源圃的构建、种群遗传结构和空间遗传的分析、基于SSR标记的核心种质构建和父本鉴定,完成了铁心杉育种亲本群体的构建,为今后铁心杉异地保存和保护及有效开发利用提供技术支撑。
梁德洋[5]（2021）在《红松种子园亲本无性系及其子代变异选择研究》文中提出红松亲本无性系及其半同胞子代家系的评价选择是种子园改建和升级的重要依据。本研究以吉林省龙井市开山屯红松国家级良种基地的50个红松亲本无性系及其半同胞子代家系为材料,对亲本生长性状、木材性状、种实性状、光合性状、针叶元素含量、激素含量变化及子代生长性状进行测定分析,利用多性状综合评价,聚类分析、通径分析等方法评价选择优良亲本无性系及子代家系,并利用SSR分子标记分析50个红松无性系的亲缘关系并构建指纹图谱,为红松良种选育与种子园升级换代提供理论依据和优良材料。研究结果如下:（1）为选育树高、胸径和材积等生长性状优良的红松材料,本研究以50个红松亲本无性系为实验材料,对其树高、地径、胸径和材积等16个生长性状进行测定分析。结果表明:不同生长性状在各无性系间差异显着,各性状表型变异系数范围为4.37%～48.03%,重复力范围为0.013～0.900。树高、胸径、3 m径、5 m径和材积间存在显着正相关,且遗传相关性水平与表型相关性水平相似。以4个生长性状（树高、胸径、材积和冠幅）为综合评价指标,以10%的入选率选出综合得分在前5的无性系（PK11、PK19、PK04、PK14、PK28）为优良无性系。选出的优良无性系的4个生长性状分别高出总体平均值10.46%、15.88%、39.90%和6.72%,遗传增益分别为8.58%、13.02%、32.72%和3.83%;此研究结果为红松育种方案的改进提供重要信息,为红松良种选育提供优良材料。（2）为选育木材性状优良的红松资源,本研究对50个红松无性系的生长性状（树高、胸径、材积）和木材性状（基本密度、木质素含量、半纤维素含量、纤维素含量、棕纤维素含量、碳含量、纤维长度、纤维宽度）进行测定并分析。方差分析结果表明:除木质素含量外（P=0.114）,无性系间各性状差异均达到极显着水平（P<0.01）;各指标表型变异系数变化范围为5.09%～24.04%;除木质素含量（0.27）外,各指标重复力变化范围为0.58～0.88,属于高重复力;相关性分析结果表明,树高、胸径和材积间均呈极显着正相关（r>0.787）,木材性状间木质素、纤维素、半纤维素和综纤维素含量之间呈显着相关,纤维长度和纤维宽度间呈极显着正相关（r=0.549）,其余性状相关未达显着水平。利用综合评价法对50个无性系进行评价,以生长性状为评价指标,以10%的入选率对50个无性系进行评价选择,无性系PK11、PK19、PK04、PK14和PK01入选,入选无性系的树高、胸径和材积分别高出总体平均值10.87%、12.50%和28.57%;以木材性状为评价标准,以10%的入选率对50个无性系进行评价选择,无性系PK20、PK34、PK27、PK03和PK02入选,入选无性系各木材性状高出总体平均值4.15%～21.27%;以生长和木材联合选择,无性系PK20、PK19、PK29、PK27和PK49等5个无性系入选,入选无性系各性状高出总体平均值1.38%～18.02%。该研究为红松优良无性系评价和种子园的改建提供理论依据和优良材料。（3）为选取种子产量高、营养含量丰富的优良红松无性系,本研究测定了 50个红松无性系的种实性状与营养含量。结果显示,除含水率外,各无性系间其余性状均有极显着差异;变异参数分析结果可知,除种子长度、种子宽度、种子长宽比、种仁长度和出仁率外,其余性状的表型变异系数均高于10%;除含水率外,其余性状的重复力均大于0.8,属于高重复力;种子宽度与种子重量、种仁长、种仁宽、种仁重、千粒重间均存在极显着正相关关系,碳水化合物含量与油脂含量、蛋白质含量、多糖含量均呈显着负相关关系;由通径分析结总影响可知,蛋白质含量、千粒重和含水率对油脂含量均具有正影响,其中蛋白质含量的正影响最大;种仁长度对千粒重具有负影响,种仁宽度、单粒种子重和单果种子重量对千粒重均具有正影响,其中单粒种子重的影响最大。按照10%的入选率,在种子表型性状方面,无性系PK04、PK49、PK08、PK32和PK03等5个无性系入选为优良无性系,入选无性系的单果种子重、单粒种子重、种仁长度、种仁宽度和千粒重分别高出总体平均值29.26%、25.42%、5.36%、9.23%和27.05%;种子营养含量方面,无性系PK33、PK16、PK47、PK26和PK39等5个无性系入选为优良无性系,入选无性系的千粒重、油脂、蛋白质、含水量和灰分分别高出总体平均值7.75%、11.40%、31.56%、5.29%和-38.35%;联合选择时,无性系PK23、PK49、PK29、PK31和PK10等5个无性系入选为优良无性系,入选无性系各性状分别高出总体平均值-35.64%～24.05%;各评价方法遗传增益范围分别为5.30%～27.02%、-38.32%～30.92%和-35.61%～23.56%。（4）为了解红松光合特性的遗传变异规律,本研究利用Lico-6400光合测定系统,对50个红松无性系进行了光合指标的测定。光合指标日变化测定分析结果表明:净光合速率（Pn）、气孔导度（Gs）和蒸腾速率（Tr）日变化曲线均呈现典型双峰曲线,胞间CO2浓度（Ci）日变化曲线呈“V”字型曲线。对3个红松无性系的光响应和二氧化碳响应曲线测定结果表明,各曲线均呈“S”型,并且符合二次曲线模型。在饱和光强下,3个无性系的最大 Pn 变化范围为:P27（15.00 μmol·m-2·s-1）～PK15（15.99 μ mol·m-2·s-1）。饱和光强和饱和环境二氧化碳条件下（Ca）,3个无性系最大Pn变化范围为25.08 μmol·m-2·s-1～27.35 μ mol·m-2·s-1,。对50个红松无性系瞬时光合指标测定结果表明,50个无性系间Pn、Gs、Ci和Tr间均达极显着差异水平（P<0.01）,各光合指标变异系数范围为9.04%～38.25%,重复力范围为0.57～0.94,属于高重复力。相关性分析结果表明红松无性系光合指标间、光合指标与环境因子间均呈现极显着相关水平。该研究为红松遗传改良提供理论依据。（5）为了解红松针叶微量元素含量的变异规律,本研究对50个红松亲本无性系针叶中的铜、锌、钙、镁、锰和钾等微量元素含量进行测定分析,方差分析结果表明,各性状在不同无性系间差异均达极显着水平。各性状表型变异系数变化范围为17.91%（K）～64.69%（Cu）,其中Mn、Cu和Ca元素表型变异系数较大,均超过35%。此外,各性状重复力较高,均超过0.95,属高重复力。相关性分析结果表明,净光合速率与Mg和Mn元素含量呈显着正相关,Zn元素含量与树高、胸径和材积呈显着负相关。根据聚类分析选出各元素含量较高的无性系9个（PK02、PK48、PK43、PK45、PK13、PK32、PK41、PK46和PK47）,这9个无性系在各元素含量的分别均值高出整体平均值 10.90%（镁）、7.65%（锰）、12.42%（锌）、7.03%（钾）和 59.58%（钙）。本研究可选出对微量元素利用率高的红松优良材料。（6）为探究不同部位、不同形态芽的激素含量随时间的变化规律,本研究利用50个红松亲本无性系为材料,进行不同部位叶芽激素含量测定。方差分析结果表明,各激素在不同时间之间存在显着差异,激素GA3和GA7在不同芽之间达到显着差异水平。各激素在不同时间、不同部位之间以及时间与部位的交互作用均存在显着差异。根据激素含量在不同部位、不同形态芽中的变化规律,发现GA3、GA4、GA7的含量在红松不同发育阶段占据主要位置,且变化规律相似。无性系PK08、PK29、PK04、PK03和PK41入选为优良无性系。入选优良无性系的GA3、GA4和GA7含量分别高出平均值23.94%、54.26%和 17.26%;遗传增益分别为 22.98%、51.00%和 24.53%。该研究为果用红松良种选育辅助选择提供技术支撑。（7）为选育生长快的优良红松子代家系与优良亲本,本研究测定了红松子代家系的生长性状、成活率和存活率,除4年地径外,其余性状在各变异来源间均存在极显着差异,除成活率外,其余性状表型变异系数均大于10.00%,各性状遗传力均高于0.30,属于中高等遗传力,高变异、高遗传力有利于家系的评价选择。通过一般配合力选出5个优良亲本无性系PK38、PK21、PK26、PK20和PK49。通过多性状综合评价选出5个优良子代家系PK29、PK38、PK21、PK37和PK48。本研究可为红松种子园的改良和升级换代提供优良材料和理论基础。（8）为申报红松良种提供分子基础,本研究对50个红松无性系进行指纹图谱构建与亲缘关系分析,研究结果表明,16对引物可以清晰的将50个无性系分开,构建了 50个红松无性系的特异性指纹图谱,并构建各无性系指纹图谱的二维码。聚类分析表明,50个红松无性系被分为3类,同一类别内的无性系亲缘关系较近,无性系PK01、PK05、PK07、PK12、PK13、PK14和PK15等19个无性系的亲缘关系较近,无性系PK02、PK06、PK20、PK27、PK32、PK33 和 PK45 的亲缘关系较近,无性系 PK03、PK04、PK08、PK09、PK10和PK11等24个无性系的亲缘关系较近。该研究获得的指纹图谱二维码对红松种质创新、品种选育、品种鉴定及红松种子市场高效监管均有积极的作用。
杜庆章,战鹏宇,李鹏,李先义,廖晨翰,郭诗曼,张德强[6]（2020）在《基因组选择研究进展及其在林木中的发展趋势》文中研究表明随着新一代基因组测序技术的快速发展,基因组选择技术在促进优良基因型精准高效选育方面展现了前所未有的应用前景。近年来,基因组选择在动植物数量性状遗传育种领域的研究进展引起了广泛关注,关于其在林木改良驯化中的应用也逐渐被报道。本文通过综述基因组选择的基本概况、主要模型方法及其在动植物中的研究进展,进一步探讨了基因组选择在林木育种研究中的现状和发展趋势,强调了对预测模型优化与机器学习等新兴技术的引入与方法创新,提出了联合利用全基因组关联分析与基因组编辑技术的优化育种方案,为加快林木优良品种的精准选育提供了新思路。
朱嵊,黄敏仁[7]（2020）在《基因组选择在林木遗传育种研究中的进展与展望》文中进行了进一步梳理基因组选择技术是目前动植物遗传育种的关键技术和研究热点,已在一些动植物的遗传改良工作中取得了重要进展。林木具有世代间隔长的生物学特性,因而育种周期长,早期选择是缩短林木育种周期和加快林木育种进程的有效方法。林木早期选择研究可以粗略分为3个阶段:基于性状表型早晚期相关的早期选择、分子标记辅助选择的早期选择以及基因组选择。林木遗传改良的目标性状主要是生长性状和木材品质性状,其大都是复杂的数量性状,在生长进程中受到更加持久的环境影响。同时生长性状的遗传力是随着生长进程而发生变化的。基因组选择在林木遗传改良中的应用受限于多年生林木自身特点以及研究基础薄弱,包括世代间隔长、体型高大、幼龄期长、基因组和表型组等组学数据匮乏以及相关研究技术平台不完善等因素。为了推动基因组选择技术在林木遗传改良中的应用进程,本文介绍基因组选择技术的原理与方法,总结基因组选择技术在林木遗传育种中的研究进展,探讨基因组选择技术在林木遗传改良中应用的限制性因素。简要介绍基因组选择的线性模型、统计学估计方法（SNP-BLUP、GBLUP和Bayesian估计模型）和分析工具（rr BLUP、synbreed、BGLR、GVCBLUP、GAPIT、sommer和BLUPGA,等）。概括总结基因组选择技术在林木育种中应用的优势,简要概述阔叶树种（杨属、桉属、油棕属和橡胶树属）和针叶树种（松属和云杉属）的基因组选择研究案例,以油棕基因组选择研究作为典型案例分析。林木树种的基因组选择研究案例均表明基因组选择技术有助于提高林木选育效率和加快林木育种进程。深入探讨林木树种的参考基因组、全基因组关联分析、育种群体、连锁不平衡和多年生属性5个方面对林木基因组选择研究的影响。基因组选择在林木遗传育种研究中具有潜在应用前景,但其可行性仍需要大量的模拟数据和真实数据评估。当前林木基因组选择研究所面临的重要问题:1)林木树种的基因组组装质量普遍不高; 2)如何开展林木多性状全基因组选择研究; 3)针对多年生林木树种自身特点,设计出合理的试验方案,开发具备纵向性状数据处理能力的统计模型和分析软件。
吴昊[8]（2020）在《榧树遗传图谱构建及苗期生长性状相关QTL定位研究》文中研究表明“全基因”模型认为,包括林木在内的生物复杂表型受到少数直接与表型变异相联的“核心”基因控制,而大量的“边缘基因”通过受调节的基因网络发挥作用。这个模型基本类似于QTL的“全基因”模型。研究QTL的作用以遗传图谱构建为前提。榧树是浙江重要的经济树种香榧培育砧木的产种树,不仅生命周期长,且童期也长,其生长影响香榧的生长。本文以71个天然居群榧树及其自由授粉子代建立的半同胞家系为研究群体,构建了基于AFLP标记的榧树遗传图谱,并定位了苗期生长相关的QTL。研究结果可为榧树复杂性状调控基因的定位和功能解析及后续榧树系统作图打下一定的基础,深化榧树及木本植物的基础理论研究。主要研究结果如下:1.建立了基于荧光检测的毛细管电泳榧树AFLP分析体系,并用筛选出的6对引物从研究群体中获得了2816个遗传位点,其中多态位点2383个,多态位点比率为84.62%。2.基于AFLP标记分析结果,利用Linkage Map View v 2.1.2构建了两张榧树遗传图谱。榧树遗传图谱A由157个AFLP标记划分的10个连锁群（LOD=6）组成,该图谱覆盖榧树基因组1307.6 c M,各个连锁群上的标记数为3-66,平均图距8.33 c M。另一张榧树遗传图谱B则由10个连锁群（LOD=6）120个位点组成,覆盖度为784.3c M,各连锁群的位点数为3-29,平均图距为6.54 c M。3.就榧树苗期生长性状相关数量性状位点（QTL）定位,在遗传图谱A中定位了1个与1年生苗高相关的QTL,2个与2年生地径相关的QTL。在遗传图谱B中定位了2个与1年生苗高相关的QTL,8个与2年生地径相关的QTL。影响苗高生长的QTL在第2年作用有所减弱,而影响地径生长的QTL在第1年作用弱,随着苗木生长其作用逐渐显现。发现作图标记数量的增减,不仅影响图谱的构建,且影响QTL的发现。4.榧树幼苗生长头2年仅地径在半同胞间存在显着差异。半同胞子代的遗传变异主要来自家系内（70%）。亲子代群体遗传差异极显着。
董明亮[9]（2020）在《华北落叶松高密度遗传连锁图谱构建及重要性状QTL分析》文中研究表明华北落叶松（Larix principis-rupprechtii Mayr）是我国华北地区重要的造林树种,兼具经济和生态价值。华北落叶松的育种目标是培育出生长快、材性好、抗性强的新品种。但由于其生长周期较长、遗传背景复杂、多数经济性状为数量性状,依靠传统育种方法进行新品种选育,通常效率很低。利用DNA分子标记进行遗传连锁图谱构建和QTL定位,并在此基础上开展分子标记辅助选择,可以缩短育种周期,提高育种效率。然而,由于华北落叶松缺乏基因组数据和高质量分子标记,到目前为止,尚未有关于该树种的遗传图谱构建和QTL定位的报道。本研究利用华北落叶松转录组测序数据开发多态性EST-SSR标记,并通过开展群体遗传多样性分析来验证这些标记的实用性;利用部分新开发标记对华北落叶松F1作图群体进行杂种鉴定后,采用SLAF-seq技术进行大规模SNP标记开发并构建首张华北落叶松高密度遗传图谱;利用连续两年的表型测定数据,对8个生长和针叶性状进行QTL分析。以上研究对增加华北落叶松高质量分子标记数量,解析重要数量性状遗传结构,促进分子水平上的遗传改良具有重要的理论和实践意义。主要研究结果如下:（1）基于转录组测序开发了一批落叶松属内通用的多态性EST-SSR标记。利用1300条Unigene序列成功设计SSR引物1065对,从中随机抽取的240对引物经筛选后获得多态性引物52对,再选取扩增最理想的20对多态性引物对66个华北落叶松无性系进行基因分型,共检测到77个等位位点,每个标记位点的等位基因数为2～7。此外,所有的20对引物在落叶松属其他3个物种中均能扩增出清晰而稳定的条带,有效扩增率高达100%。（2）利用新开发的EST-SSR标记分析了华北落叶松种子园66个无性系的遗传多样性。20个位点的平均等位基因数为3.85,平均多态信息含量为0.424,显示了该种子园具有中等水平的遗传多样性。66个无性系之间的遗传距离为0.012～0.585,平均值为0.317,相对较宽的遗传距离变化范围表明了66个无性系具有多样化的遗传背景。聚类分析和主坐标分析可以将66个无性系划分为3个类群,但由于这些无性系的信息资料不完整和记录混乱,无法确定分群结果是否与无性系的地理来源相关。（3）通过华北落叶松2个优良无性系的杂交试验构建了由145个子代单株组成的F1作图群体,杂种真实性鉴定后利用SLAF-seq技术在全基因组范围内大规模挖掘了SNP标记。SLAF-seq共产生1501.22 M双末端reads,大约300.20 Gb的原始数据。序列比对和聚类后,共获得6,323,943个SLAF位点。以每个SLAF位点上拷贝数最高的序列为参考序列进行SNP标记挖掘,在检测到324,352个SNP标记中,有122,785个呈现多态性,多态性比率为37.86%。最终获得6931个在亲本中平均测序深度大于10-fold、在F1群体中完整度高于75%、且符合孟德尔分离比率的有效SNP标记。（4）构建了首张华北落叶松高密度遗传连锁图谱。该图谱上的6099个SNP标记分属于12个连锁群,连锁群数目与落叶松及松科的其他大多数树种的单倍体染色体数目相同。图谱总长度为2415.58 c M,覆盖了华北落叶松基因组总长度的99.6%,标记间平均遗传距离为0.40 c M。最终上图的SNP标记在亲本和子代中的平均测序深度分别为65.84-和17.73-fold,在F1群体中的平均完整度高于99%。（5）根据遗传图谱信息,利用复合区间作图法对连续两年测定的8个生长和针叶性状进行了QTL定位。当LOD阈值为2.5时,共检测到36个QTLs,其中控制针叶面积的QTL有7个,控制苗高、地径和针叶宽的QTL各有5个,控制针叶长和针叶厚的QTL各有4个,控制针叶长宽比和气孔线数的QTL各有3个。这些QTLs分布在除LG7和LG10之外的10个连锁群上,每个QTL可以解释表型变异的4.2%～18.2%。两个测试年份共检测到6个QTL聚集区域,其中位于LG8连锁群上136.365～161.717 c M区域和LG9连锁群上43.453～65.422 c M区域包含较多数目控制不同性状的QTLs,且每个QTL对表型变异的贡献率均较高,将是后续研究重点关注区域。本研究基于转录组测序和SLAF-seq技术,在全基因组水平上大批量开发了高质量SSR和SNP分子标记,构建了华北落叶松第一张高密度遗传连锁图谱,并首次开展了华北落叶松生长和针叶性状的QTL分析,获得了一些控制重要表型性状的QTLs,为加速华北落叶松的遗传改良提供有力的分子工具和信息支持。
轩安然[10]（2020）在《毛白杨细胞分裂素转录调控通路基因的鉴定及其遗传效应解析》文中指出森林作为地球上最大的陆地生态系统,在调节气候变化与维持生态平衡中发挥了不可替代的作用。随着人类社会经济的迅速发展,对木材产量与质量的需求也在不断增加,现代林木遗传改良工作在林业中的重要性也日益凸显。因此,当前,林木育种的主要目标是利用现代生物技术手段来缩短育种周期、提高木材品质与改良繁殖效率等重要性状。细胞分裂素作为世界上公认的六大植物激素之一,在植物生长与发育过程中发挥着重要且广谱性的调控作用。在林木中,细胞分裂素可以影响树木根和茎的生长、维管形成层的发育及叶片衰老等过程,但其具体的调控机制还未被探索和揭示。因此,探究细胞分裂素代谢的调控机制,揭示其对林木生长和木材品质的遗传调控作用,为分子标记辅助育种提供理论指导。为此,本论文以毛白杨（Populus tomentosa）种质资源群体为材料,利用广泛靶向代谢组LS/MS-MS技术系统分析了植物激素代谢物在群体中的遗传变异规律。利用高通量测序技术和生物信息学手段系统阐明了毛白杨响应细胞分裂素的生理、光合及分子水平变异模式。进一步在毛白杨全基因组中鉴定细胞分裂素通路基因,并利用生物信息学方法预测参与通路调控的转录因子。利用多组学手段构建细胞分裂素代谢通路调控网络,解析细胞分裂素合成代谢通路相关基因响应植物激素的遗传调控作用。最后利用联合遗传学解析候选基因等位变异对毛白杨生长和木材品质的遗传效应,同时揭示了等位特异性表达（Allele-specific expression,ASE）中显性效应的内在机制。主要研究结果与结论如下:1. 以毛白杨种质资源群体中435株个体为材料,利用广泛靶向代谢组方法进行植物激素相关代谢物的群体遗传变异分析。共检测到15种植物激素类代谢物,包括吲哚-3-羧酸、激动素9-核糖苷、反式玉米素N-葡萄糖苷、反式玉米素O-葡萄糖苷、吲哚-3-乙酸、N6-异戊烯腺嘌呤、反式玉米素、顺式玉米素、二氢茉莉酸、1-萘乙酸、水杨酰己糖苷、茉莉酸、水杨酸、赤霉素A3与茉莉酸-异亮氨酸。通过变异系数分析与遗传力估算,表明这些代谢物主要受遗传控制,尤其是细胞分裂素类物质代谢。皮尔森相关性检验显示细胞分裂素与多种代谢物之间存在潜在的互作关系。2. 以一年生毛白杨无性系植株为材料,进行外源细胞分裂素（6-BA）处理试验,测定处理组和对照组的生理指标和光合指标参数。结果显示,当在6-BA处理24 h之内,毛白杨的总蛋白含量、蔗糖磷酸合酶（Sucrose phosphate synthase,SPS）活性、过氧化物酶（Peroxidase,POD）活性和丙二醛（Malonaldehyde,MDA）含量均发生显着变化,其中当6-BA处理后6 h时,毛白杨的生理变化最为显着,处理后28天,6-BA可以显着降低毛白杨的Pn、Gs和Tr。结果表明外源细胞分裂素可显着影响毛白杨的生理与光合性状。3. 利用RNA-seq技术检测到响应6-BA差异表达的501个基因。通路富集分析显示响应基因与催化和代谢过程相关。在毛白杨全基因组范围内检测到6,283个lnc RNA,这些lnc RNA表现出比编码蛋白的m RN A长度较短、表达量较低。其中,共发现响应6-BA的262个lnc RNA,靶基因预测发现210个潜在的顺式靶基因和214个潜在的反式靶基因。基因功能注释与通路富集分析显示这些lnc RNA的潜在靶基因可能参与多种代谢水解与氧化还原过程。利用small-RNA测序技术进行24nt siRNA检测,结果表明,在6-BA处理下,24nt siRNAs的多样性和丰度急剧下降。共发现响应6-BA的15,793个24nt siRNA clusters,其绝大部分存在于基因间隔区。在此基础上,利用了RNA-seq进行了等位不平衡位点的鉴定和筛选,共检测到响应6-BA的102,819个位点发生了等位不平衡表达水平变异,并且多存在与基因外显子区。利用高通量甲基化测序技术检测到响应6-BA变化的566个差异甲基化区域（英文全称,DMR）。通过对DMR区域内的基因组元件进行表达水平分析及ASE水平分析,解析了DNA甲基化对基因组元件的转录调控作用。结果发现在6-BA处理下,蛋白编码基因等位差异性表达的程度减小。而lnc RNAs基因在6-BA作用下等位差异性表达调控则趋于不平衡,即等位差异性程度增大。4. 依据公共数据库中已知信息,在毛白杨基因组中鉴定到69个细胞分裂素通路基因及其相关的121个转录因子。构建由细胞分裂素响应基因、细胞分裂素通路基因及其相关转录因子组成的候选基因集。对其在6-BA处理下的表达模式进行检测,结果显示,86.78%的候选基因响应6-BA处理,表明其在细胞分裂素合成、代谢及信号转导中的重要作用。利用毛白杨群体重测序数据,在569个基因内共检测到37,916个常见SNPs（MAF≥0.05,missing≤20%）,核苷酸多态性与连锁不平衡水平较低,且在长度为735bp距离内,r2衰退至0.2以下,表明基于候选基因的关联作图是可行的。5. 利用多组学手段在569个候选基因内检测到37,916个变异位点、271个基因的表达量,以及15种植物激素代谢物含量,并进行了代谢组关联分析、eQTL分析和共表达相关性分析,结果共发现调控4种代谢物的954个SNPs,2,634,581个eQTL位点,以及122组代谢物含量与基因表达量显着相关。基于关联分析和eQTL分析共同检测到的SNP位点构建了毛白杨叶片中代谢物-基因表达水平-遗传位点的三维互作关系,其中包含2种代谢物、146个SNPs和10个基因。对调控两种代谢物的主效SNPs进行了深入研究,结果发现Pto WRKY42基因上的主效位点G547＿115作为trans-eQTL调控了Pto UGT76C1的表达且影响了反式玉米素氮葡萄糖苷（ZNG）含量,Pto UGT76C1编码蛋白可催化反式玉米素的降解为反式玉米素氮葡萄糖苷,影响了内源细胞分裂素的代谢过程。此外,Pto WRKY49基因上存在主效位点G501＿5,可作为trans-eQTL调控突触融合蛋白编码基因Pto SYP121的表达且影响了吲哚-3-羧酸（ICA）含量,该基因在ICA的作用下可促进淀粉水解生成胼胝体,从而抵抗腐殖性病菌的侵染,在植物抗生物胁迫中发挥重要作用。6. 利用联合遗传学策略解析了569个候选基因遗传变异对毛白杨生长与木材品质的遗传效应,共检测定到152个SNPs,与7个生长和木材品质性状（DBH、V、HEC、HC、AC、LC、FW）组成了182对关联（P<2.62E-5）。其中24个SNPs表现出显着的显性效应（d/a>2）。利用ASE分析解析显性效应机制,发现受siRNA＿cluster＿32657调控的DMR＿Chr02＿24663250发生半甲基化,介导TCONS＿00053467-MIK2同源基因的等位差异性表达,在TCONS＿00053467对胸径和材积的显性效应中发挥重要作用。
二、分子标记技术及其在林木遗传改良研究中的应用（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、分子标记技术及其在林木遗传改良研究中的应用（论文提纲范文）
（1）杨树驻芽和萌芽时间QTL定位分析（论文提纲范文）
| 致谢 |
| 摘要 |
| abstract |
| 第一章 前言 |
| 1.1 杨树资源概述及研究进展 |
| 1.1.1 杨树资源概述 |
| 1.1.2 杨树杂交研究进展 |
| 1.2 休眠与萌发 |
| 1.2.1 芽休眠与萌发 |
| 1.2.2 休眠和萌发的影响因素 |
| 1.3 林木QTL定位及研究进展 |
| 1.3.1 作图群体 |
| 1.3.2 遗传连锁图谱 |
| 1.3.3 QTL定位基本原理与方法 |
| 1.3.4 QTL作图软件 |
| 1.3.5 杨树QTL定位研究进展 |
| 1.4 研究目的及意义 |
| 第二章 杨树萌芽与驻芽时间QTL定位 |
| 2.1 材料和方法 |
| 2.1.1 实验材料 |
| 2.1.2 表型数据的测定及分析 |
| 2.1.3 杨树高密度遗传图谱构建 |
| 2.1.4 驻芽和萌芽时间QTL定位 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 杨树驻芽和萌芽时间表型数据分析 |
| 2.2.2 驻芽和萌芽时间QTL定位分析 |
| 2.3 讨论 |
| 2.3.1 杨树驻芽和萌芽时间性状表型分析 |
| 2.3.2 影响QTL作图的因素分析 |
| 2.3.3 驻芽和萌芽时间的QTL定位分析 |
| 第三章 杨树驻芽与萌芽时间关联分析 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 试验材料与表型数据测定 |
| 3.1.2 SNP标记数据获取 |
| 3.1.3 驻芽和萌芽时间关联分析 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 RAD测序数据 |
| 3.2.2 驻芽时间关联分析 |
| 3.2.3 萌芽时间关联分析 |
| 3.3 讨论 |
| 第四章 候选基因功能注释与富集分析 |
| 4.1 候选基因研究 |
| 4.1.1 候选基因挖掘 |
| 4.1.2 候选基因富集分析 |
| 4.2 GenAE软件包开发 |
| 4.2.1 GenAE软件包的使用说明 |
| 4.2.2 GenAE软件测试 |
| 4.3 结果分析 |
| 4.3.1 候选基因功能注释 |
| 4.3.2 候选基因富集分析 |
| 4.4 讨论 |
| 第五章 结论与展望 |
| 5.1 本研究的主要结论 |
| 5.2 本研究的创新点 |
| 5.3 研究中存在的问题及展望 |
| 攻读硕士学位期间发表的学术论文 |
| 参考文献 |
| 附录 |
（2）香合欢种质资源遗传多样性研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第1章 绪论 |
| 1.1 香合欢的研究概况 |
| 1.2 遗传多样性的研究进展 |
| 1.2.1 遗传多样性及遗传结构的概念 |
| 1.2.2 遗传多样性的影响因素 |
| 1.2.3 遗传多样性的研究方法 |
| 1.3 研究内容及技术路线 |
| 1.3.1 研究内容 |
| 1.3.2 技术路线 |
| 1.4 研究目的与意义 |
| 第2章 香合欢EST-SSR标记开发及种间通用性研究 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.2 主要实验仪器和试剂 |
| 2.2.3 香合欢基因组DNA的提取 |
| 2.2.4 引物的获得 |
| 2.2.5 PCR扩增 |
| 2.2.6 扩增产物的检测 |
| 2.2.7 数据统计与处理 |
| 2.3 结果与分析 |
| 2.3.1 香合欢基因组DNA的提取 |
| 2.3.2 香合欢转录组中SSR重复单元类型 |
| 2.3.3 香合欢EST-SSR引物的有效性 |
| 2.3.4 香合欢EST-SSR引物的通用性分析 |
| 2.4 讨论 |
| 2.4.1 香合欢EST-SSR引物的通用性 |
| 2.4.2 香合欢EST-SSR引物的多态性 |
| 2.5 本章小结 |
| 第3章 香合欢天然群体遗传多样性 |
| 3.1 试验材料 |
| 3.2 实验方法 |
| 3.2.1 主要实验仪器和试剂 |
| 3.2.2 香合欢基因组DNA的提取 |
| 3.2.3 SSR引物筛选 |
| 3.2.4 SSR-PCR扩增反应 |
| 3.2.5 分子标记数据的获取与分析 |
| 3.3 结果与分析 |
| 3.3.1 香合欢EST-SSR引物的筛选 |
| 3.3.2 广西香合欢天然群体遗传多样性分析 |
| 3.3.3 海南香合欢天然群体遗传多样性分析 |
| 3.4 讨论 |
| 3.4.1 广西香合欢群体的遗传多样性与遗传结构 |
| 3.4.2 海南香合欢群体的遗传多样性与遗传结构 |
| 3.4.3 广西和海南香合欢群体遗传多样性比较 |
| 3.5 本章小结 |
| 第4章 香合欢子代遗传变异分析 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 实验材料 |
| 4.1.2 数据分析方法 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 广西香合欢天然群体子代遗传变异分析 |
| 4.2.2 海南香合欢天然群体子代遗传变异分析 |
| 4.3 讨论 |
| 4.3.1 广西香合欢子代遗传变异 |
| 4.3.2 海南香合欢子代遗传变异 |
| 4.4 本章小结 |
| 第5章 香合欢种子园遗传多样性 |
| 5.1 试验材料 |
| 5.2 实验方法 |
| 5.3 结果与分析 |
| 5.4 讨论 |
| 5.5 本章小结 |
| 第6章 香合欢天然更新林的遗传多样性 |
| 6.1 实验材料 |
| 6.2 实验方法 |
| 6.3 结果与分析 |
| 6.3.1 遗传多样性分析 |
| 6.3.2 聚类分析 |
| 6.4 讨论 |
| 6.5 本章小结 |
| 第7章 结论与展望 |
| 7.1 结论 |
| 7.2 展望 |
| 参考文献 |
| 攻读硕士学位期间发表论文情况 |
| 致谢 |
（3）山桐子油脂合成相关基因的克隆及功能分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 缩略词表 |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 研究背景 |
| 1.2 山桐子的研究进展 |
| 1.2.1 山桐子概述 |
| 1.2.2 国内外山桐子研究现状 |
| 1.3 植物油脂的生物合成 |
| 1.3.1 植物油脂的合成步骤 |
| 1.3.2 植物油脂合成相关基因的研究进展 |
| 1.4 植物功能基因的研究方法 |
| 1.4.1 基因测序技术 |
| 1.4.2 基因克隆技术 |
| 1.4.3 植物基因的功能验证 |
| 1.5 植物的遗传转化方法 |
| 1.6 本研究的目的意义与研究内容 |
| 1.6.1 目的意义 |
| 1.6.2 研究内容 |
| 1.7 技术路线 |
| 第二章 山桐子果实发育过程中油脂含量及脂肪酸组分的动态变化 |
| 2.1 试验材料与方法 |
| 2.1.1 试验材料 |
| 2.1.2 主要仪器和试剂 |
| 2.1.3 山桐子果实油脂的提取 |
| 2.1.4 山桐子果实脂肪酸组分的测量 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 山桐子果实的含油率 |
| 2.2.2 山桐子果实的脂肪酸组分 |
| 2.3 讨论 |
| 2.3.1 山桐子果实发育过程中油脂含量的动态变化 |
| 2.3.2 山桐子果实发育过程中酸组分的动态变化 |
| 2.4 小结 |
| 第三章 山桐子果实转录组分析及油脂合成相关基因的挖掘 |
| 3.1 试验材料与方法 |
| 3.1.1 试验材料 |
| 3.1.2 主要仪器和试剂 |
| 3.1.3 山桐子果实RNA的提取及检测 |
| 3.1.4 cDNA文库构建及转录组测序 |
| 3.1.5 转录组数据的过滤及从头组装 |
| 3.1.6 Unigene的功能注释 |
| 3.1.7 Unigene的差异表达检测 |
| 3.1.8 差异表达Unigene的Pathway功能分析 |
| 3.1.9 q-PCR分析验证转录组测序准确性 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 RNA质量检测 |
| 3.2.2 转录组数据分析及组装 |
| 3.2.3 山桐子Unigene的功能注释 |
| 3.2.4 山桐子差异表达基因分析 |
| 3.2.5 山桐子差异表达基因的功能注释 |
| 3.2.6 参与山桐子油脂合成基因的鉴定 |
| 3.2.7 转录组测序的q-PCR验证 |
| 3.3 讨论 |
| 3.3.1 山桐子油脂的生物合成模型 |
| 3.3.2 参与山桐子脂肪酸合成的关键基因 |
| 3.3.3 参与山桐子TAG合成的关键基因 |
| 3.4 小结 |
| 第四章 山桐子不饱和脂肪酸合成相关基因的克隆及表达分析 |
| 4.1 试验材料与方法 |
| 4.1.1 试验材料 |
| 4.1.2 主要仪器和试剂 |
| 4.1.3 引物设计 |
| 4.1.4 山桐子果实RNA的提取及检测 |
| 4.1.5 山桐子不饱和脂肪酸合成相关基因核心序列的克隆 |
| 4.1.6 山桐子不饱和脂肪酸合成相关基因全长序列的克隆 |
| 4.1.7 山桐子不饱和脂肪酸合成相关基因的生物信息学分析 |
| 4.1.8 山桐子不饱和脂肪酸合成相关基因的表达分析 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 山桐子不饱和脂肪酸合成相关基因的全长序列 |
| 4.2.2 山桐子不饱和脂肪酸合成相关基因的生物信息学分析 |
| 4.2.3 山桐子不饱和脂肪酸合成相关基因的表达分析 |
| 4.3 讨论 |
| 4.3.1 山桐子不饱和脂肪酸合成相关基因的基本信息 |
| 4.3.2 山桐子不饱和脂肪酸合成相关基因的表达模式 |
| 4.4 小结 |
| 第五章 山桐子亚油酸合成关键基因Ip FAD2 和Ip DGAT2 的功能分析 |
| 5.1 试验材料与方法 |
| 5.1.1 试验材料 |
| 5.1.2 主要仪器和试剂 |
| 5.1.3 引物设计 |
| 5.1.4 山桐子Ip FAD2 和Ip DGAT2 基因表达载体的构建 |
| 5.1.5 山桐子Ip FAD2 和Ip DGAT2 基因的原核表达 |
| 5.1.6 山桐子Ip FAD2 和Ip DGAT2 基因的真核表达 |
| 5.2 结果与分析 |
| 5.2.1 山桐子Ip FAD2 和Ip DGAT2 基因的的原核表达 |
| 5.2.2 山桐子Ip FAD2 基因的的真核表达 |
| 5.2.3 山桐子Ip DGAT2基因的的真核表达 |
| 5.3 讨论 |
| 5.3.1 山桐子Ip FAD2 基因的功能验证 |
| 5.3.2 山桐子Ip DGAT2基因的功能验证 |
| 5.4 小结 |
| 第六章 山桐子遗传转化受体系统的建立 |
| 6.1 试验材料与方法 |
| 6.1.1 试验材料 |
| 6.1.2 主要仪器和试剂 |
| 6.1.3 叶片愈伤组织再生体系的建立 |
| 6.1.4 愈伤组织的抗生素敏感性试验 |
| 6.2 结果与分析 |
| 6.2.1 叶片的消毒与灭菌 |
| 6.2.2 愈伤组织的诱导 |
| 6.2.3 愈伤组织的继代 |
| 6.2.4 不定芽的诱导 |
| 6.2.5 不定芽的复壮 |
| 6.2.6 抗生素敏感性 |
| 6.3 讨论 |
| 6.3.1 山桐子叶片愈伤组织再生体系 |
| 6.3.2 山桐子叶片愈伤组织的抗生素敏感性 |
| 6.4 小结 |
| 第七章 结论 |
| 7.1 结论 |
| 7.2 创新点 |
| 7.3 问题与展望 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 个人简历 |
（4）湖南铁心杉育种亲本群体的构建（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 1 绪论 |
| 1.1 选题背景 |
| 1.2 种质资源研究现状 |
| 1.2.1 林木种质资源的概念、收集与保存 |
| 1.2.2 杉木种质资源的保存、收集及评价 |
| 1.3 杉木常规育种研究进展 |
| 1.3.1 杉木种源选择 |
| 1.3.2 杉木的多世代遗传改良及其遗传测定 |
| 1.3.3 杉木无性系选育 |
| 1.4 杉木分子标记研究进展 |
| 1.4.1 杉木群体结构和遗传多样性的研究进展 |
| 1.4.2 杉木分子标记辅助育种的研究进展 |
| 1.5 研究目的、内容及意义 |
| 1.6 技术路线 |
| 2 湖南铁心杉种质资源收集与保存 |
| 2.1 铁心杉种质资源收集的对象、内容及方法 |
| 2.2 铁心杉优良母树筛选及种子收集 |
| 2.3 结果与分析 |
| 2.3.1 铁心杉种质资源圃的建立 |
| 2.3.2 铁心杉种质资源圃的嫁接与管理 |
| 2.3.3 基础设施建设 |
| 2.3.4 嫁接成活率统计 |
| 2.3.5 铁心杉种子活力测定 |
| 3 铁心杉群体遗传多样性分析 |
| 3.1 材料方法 |
| 3.1.1 试验设计与采样 |
| 3.1.2 DNA基因组提取 |
| 3.1.3 SSR引物筛选及合成 |
| 3.1.4 PCR扩增及毛细管电泳 |
| 3.1.5 数据分析 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 基于SSR标记的湖南铁心杉遗传多样性分析 |
| 3.2.2 湖南铁心杉NJ(Neighbor-joining)聚类分析 |
| 3.2.3 湖南铁心杉主成分分析 |
| 3.2.4 湖南铁心杉Structure遗传结构分析 |
| 3.2.5 APcluster聚类分析 |
| 3.2.6 Mantel test检验 |
| 4 铁心杉精细空间遗传结构 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 植物总DNA的提取 |
| 4.1.2 数据统计与分析 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 铁心杉空间分布与年龄结构 |
| 4.2.2 铁心杉种子流和花粉流 |
| 5 基于SSR标记的湖南铁心杉核心种质的构建 |
| 5.1 材料与方法 |
| 5.1.1 试验材料 |
| 5.1.2 试验方法 |
| 5.1.3 铁心杉核心种质的构建 |
| 5.1.4 核心种质的评价 |
| 5.2 结果与分析 |
| 5.2.1 核心种质的构建 |
| 5.2.2 核心种质的评价 |
| 6 湖南铁心杉半同胞子代优良单株幼苗父本鉴定 |
| 6.1 材料与方法 |
| 6.1.1 材料 |
| 6.1.2 方法 |
| 6.2 结果与分析 |
| 6.2.1 铁心杉半同胞子代幼苗优株建立 |
| 6.2.2 父本鉴定 |
| 6.2.3 半同胞子代幼苗优株父本鉴定 |
| 7 讨论与结论 |
| 7.1 铁心杉种质资源圃的构建 |
| 7.2 铁心杉亚群体遗传结构和遗传多样性分析 |
| 7.3 铁心杉精细空间遗传结构 |
| 7.4 铁心杉核心种质构建 |
| 7.5 铁心杉优良子代父本鉴定 |
| 7.6 铁心杉遗传资源保护策略 |
| 7.6.1 就地基因保存 |
| 7.6.2 异地基因保存 |
| 7.7 结论 |
| 创新点 |
| 展望 |
| 参考文献 |
| 附录A |
| 附录B 攻读学位期间的主要学术成果 |
| 致谢 |
（5）红松种子园亲本无性系及其子代变异选择研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 1 绪论 |
| 1.1 种子园研究进展 |
| 1.2 生长性状选育进展 |
| 1.3 木材性状研究进展 |
| 1.4 种子性状研究进展 |
| 1.5 光合特性研究进展 |
| 1.6 遗传改良和分子标记 |
| 1.7 激素研究进展 |
| 1.8 本研究目的意义和技术路线 |
| 1.8.1 研究目的与意义 |
| 1.8.2 技术路线 |
| 2 红松亲本无性系生长性状变异研究 |
| 2.1 试验材料和方法 |
| 2.1.1 试验地点及材料 |
| 2.1.2 试验方法 |
| 2.1.3 统计分析方法 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 红松无性系各生长性状方差分析结果 |
| 2.2.2 红松无性系各生长遗传变异参数分析 |
| 2.2.3 红松无性系各生长性状均值分析 |
| 2.2.4 红松无性系各生长相关性分析 |
| 2.2.5 红松无性系多性状综合评价 |
| 2.3 本章小结 |
| 2.4 讨论 |
| 3 红松亲本无性系木材性状变异研究 |
| 3.1 试验材料和方法 |
| 3.1.1 试验地点及材料 |
| 3.1.2 试验方法 |
| 3.1.3 统计分析方法 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 红松无性系各性状方差分析 |
| 3.2.2 红松无性系各性状变异参数分析 |
| 3.2.3 红松无性系各性状的平均值分析 |
| 3.2.4 红松无性系各性状相关性分析 |
| 3.2.5 红松无性系多性状综合评价 |
| 3.3 本章小结 |
| 3.4 讨论 |
| 4 红松亲本无性系种子表型性状及营养含量变异研究 |
| 4.1 试验材料和方法 |
| 4.1.1 试验地点及材料 |
| 4.1.2 试验方法 |
| 4.1.3 统计分析方法 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 红松无性系各性状方差分析 |
| 4.2.2 红松无性系各性状变异参数分析 |
| 4.2.3 红松无性系各性状相关性分析 |
| 4.2.4 红松无性系种子表型性状均值分析 |
| 4.2.5 红松无性系营养含量均值分析 |
| 4.2.6 油脂含量通径分析 |
| 4.2.7 红松无性系多性状综合评价 |
| 4.3 本章小结 |
| 4.4 讨论 |
| 5 红松亲本无性系光合性状变异分析 |
| 5.1 试验材料和方法 |
| 5.1.1 试验地点及材料 |
| 5.1.2 试验方法 |
| 5.1.3 统计分析方法 |
| 5.2 结果与分析 |
| 5.2.1 无性系PK27光合指标日变化 |
| 5.2.2 3个红松无性系的光合-光强(Pn-Par)响应曲线 |
| 5.2.3 3个红松无性系Pn-Ca响应曲线 |
| 5.2.4 红松无性系各光合指标方差分析 |
| 5.2.5 红松无性系各光合指标变异参数分析 |
| 5.2.6 50个红松无性系各光合指标平均值 |
| 5.2.7 红松无性系光合指标与环境因子相关性分析 |
| 5.2.8 光合因子回归方程构建 |
| 5.3 本章小结 |
| 5.4 讨论 |
| 6 红松亲本无性系叶片元素含量的变异研究 |
| 6.1 试验材料和方法 |
| 6.1.1 试验地点及材料 |
| 6.1.2 试验方法 |
| 6.1.3 统计分析方法 |
| 6.2 结果与分析 |
| 6.2.1 各性状方差分析 |
| 6.2.2 红松无性系各性状变异参数分析 |
| 6.2.3 各无性系元素含量均值分析 |
| 6.2.4 无性系各性状的相关性分析 |
| 6.2.5 聚类分析 |
| 6.3 本章小结 |
| 6.4 讨论 |
| 7 红松亲本无性系芽激素含量变异研究 |
| 7.1 试验材料和方法 |
| 7.1.1 试验地点及材料 |
| 7.1.2 试验方法 |
| 7.1.3 统计分析方法 |
| 7.2 结果与分析 |
| 7.2.1 各性状方差分析 |
| 7.2.2 红松无性系激素浓度变化分析 |
| 7.2.3 50个红松无性系开花期激素含量方差分析 |
| 7.2.4 红松无性系各性状变异参数分析 |
| 7.2.5 红松无性系激素含量与种子性状相关性分析 |
| 7.2.6 红松无性系多性状综合评价 |
| 7.3 本章小结 |
| 7.4 讨论 |
| 8 红松子代家系生长性状变异研究 |
| 8.1 试验材料和方法 |
| 8.1.1 试验地点及材料 |
| 8.1.2 试验方法 |
| 8.1.3 统计分析方法 |
| 8.2 结果与分析 |
| 8.2.1 红松子代家系各性状方差分析结果 |
| 8.2.2 红松子代家系各性状遗传变异参数分析 |
| 8.2.3 红松子代家系各性状平均值分析 |
| 8.2.4 红松子代家系各性状相关性分析 |
| 8.2.5 一般配合力 |
| 8.2.6 红松子代家系多性状综合评价 |
| 8.3 本章小结 |
| 8.4 讨论 |
| 9 红松亲本无性系指纹图谱构建 |
| 9.1 试验材料和方法 |
| 9.1.1 试验地点及材料 |
| 9.1.2 试验方法: |
| 9.1.3 数据处理: |
| 9.2 结果与分析 |
| 9.2.1 指纹图谱鉴定 |
| 9.2.2 红松亲本无性系聚类分析及亲缘关系 |
| 9.3 本章小结 |
| 9.4 讨论 |
| 结论 |
| 展望 |
| 参考文献 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 |
| 致谢 |
| 东北林业大学博士学位论文修改情况确认表 |
（7）基因组选择在林木遗传育种研究中的进展与展望（论文提纲范文）
| 1 基因组选择原理与方法 |
| 1.1 线性模型 |
| 1.2 GS统计学估计模型 |
| 1.2.1 SNP-BLUP模型 |
| 1.2.2 GBLUP模型 |
| 1.2.3 Bayesian模型 |
| 1.3 GS分析工具 |
| 2 林木基因组选择研究进展 |
| 2.1 GS技术在林木育种中应用的优势 |
| 2.2 林木GS研究概述 |
| 2.3 典型案例分析———以油棕GS研究为例 |
| 3 林木基因组选择研究的影响因素 |
| 3.1 参考基因组 |
| 3.2 全基因组关联分析 |
| 3.3 育种群体 |
| 3.4 连锁不平衡(LD) |
| 3.5 林木多年生属性 |
| 4 问题和展望 |
（8）榧树遗传图谱构建及苗期生长性状相关QTL定位研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 1 文献综述 |
| 1.1 榧树研究 |
| 1.1.1 榧树简介 |
| 1.1.2 榧树的生殖生物学 |
| 1.1.3 榧树基于分子标记的研究 |
| 1.2 复杂性状及其调控机理的研究 |
| 1.2.1 数量性状 |
| 1.2.2 林木遗传图谱的构建 |
| 1.2.2.1 遗传图谱 |
| 1.2.2.2 分子标记 |
| 1.2.3 QTL定位 |
| 1.2.3.1 QTL分析原理 |
| 1.2.3.2 QTL统计分析方法 |
| 2 研究意义、内容与技术路线 |
| 2.1 研究意义 |
| 2.2 研究内容 |
| 2.3 技术路线 |
| 3 材料与方法 |
| 3.1 试验材料 |
| 3.1.1 作图群体 |
| 3.1.2 试验试剂 |
| 3.1.3 试验设备与仪器 |
| 3.2 方法 |
| 3.2.1 榧树基因组DNA的提取及检测 |
| 3.2.2 AFLP分析 |
| 3.2.2.1 基因组DNA的酶切与人工接头连接 |
| 3.2.2.2 PCR预扩增与选择性扩增体系 |
| 3.2.3 AFLP标记数据处理 |
| 3.2.4 榧树多样性分析 |
| 3.2.5 遗传图谱构建 |
| 3.2.5.1 基因频率和重组率的计算 |
| 3.2.5.2 连锁群划分及标记排序 |
| 3.2.6 QTL的检测与定位 |
| 4 结果与分析 |
| 4.1 作图群体 |
| 4.2 AFLP分析 |
| 4.2.1 DNA提取及检测 |
| 4.2.2 AFLP体系的优化 |
| 4.2.2.1 DNA酶切与连接 |
| 4.2.2.2 PCR预扩增 |
| 4.2.2.3 选择性扩增 |
| 4.2.2.4 扩增产物荧光毛细管电泳检测 |
| 4.2.2.5 引物筛选 |
| 4.2.3 样品分析 |
| 4.2.4 榧树标记间的比较 |
| 4.2.4.1 AFLP不同检测方法间的比较 |
| 4.2.4.2 不同分子标记间的比较 |
| 4.3 榧树多样性分析 |
| 4.3.1 母本居群遗传多样性分析 |
| 4.3.2 半同胞子代群体多样性分析 |
| 4.3.2.1 半同胞子代生长量方差分析 |
| 4.3.2.2 半同胞子代遗传多样性分析 |
| 4.3.3 亲子代群体遗传多样性分析 |
| 4.4 榧树遗传连锁图谱的构建 |
| 4.5 榧树苗期生长性状相关的QTL分析 |
| 4.5.1 生长性状数据的正态分布检验 |
| 4.5.2 QTL的检测与定位 |
| 5 讨论 |
| 6 结论 |
| 参考文献 |
| 个人简介 |
| 致谢 |
（9）华北落叶松高密度遗传连锁图谱构建及重要性状QTL分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 引言 |
| 1 文献综述 |
| 1.1 落叶松育种研究进展 |
| 1.1.1 落叶松传统育种的研究进展 |
| 1.1.2 基因克隆与转基因技术在落叶松育种中的研究进展 |
| 1.2 分子标记技术及其在落叶松中的应用 |
| 1.2.1 DNA分子标记 |
| 1.2.2 分子标记在落叶松中的应用 |
| 1.3 林木遗传连锁图谱构建途径 |
| 1.3.1 作图群体的建立 |
| 1.3.2 分子标记选择 |
| 1.3.3 分离标记的连锁分析 |
| 1.3.4 林木遗传图谱构建研究进展 |
| 1.4 林木数量性状基因定位 |
| 1.4.1 QTL定位的原理和方法 |
| 1.4.2 林木QTL定位研究进展 |
| 1.5 本研究的目的和意义 |
| 1.6 本研究的主要内容 |
| 2 华北落叶松EST-SSR标记开发及其多态性评价 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 试验材料 |
| 2.1.2 Illumina测序和转录组组装 |
| 2.1.3 SSR挖掘和引物设计 |
| 2.1.4 DNA制备和检测 |
| 2.1.5 PCR扩增及SSR标记检测 |
| 2.1.6 数据分析 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 华北落叶松转录组测序数据的组装 |
| 2.2.2 EST-SSR位点识别及分布特征 |
| 2.2.3 EST-SSR标记的开发、验证及通用性分析 |
| 2.2.4 华北落叶松无性系间的遗传关系 |
| 2.3 小结 |
| 3 华北落叶松高密度遗传连锁图谱构建 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 华北落叶松F1作图群体的构建 |
| 3.1.2 作图群体DNA提取和检测 |
| 3.1.3 SLAF文库构建和高通量测序 |
| 3.1.4 SLAF测序数据分析和SNP位点识别 |
| 3.1.5 遗传连锁图谱构建 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 华北落叶松基因组DNA提取 |
| 3.2.2 SLAF测序数据分析 |
| 3.2.3 SNP标记挖掘 |
| 3.2.4 遗传连锁图谱构建 |
| 3.2.5 遗传图谱质量评价 |
| 3.3 小结 |
| 4 华北落叶松苗期生长和针叶性状的QTL定位 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 试验材料 |
| 4.1.2 表型性状的测定 |
| 4.1.3 遗传图谱构建 |
| 4.1.4 QTL分析 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 作图群体数量性状的变异分析 |
| 4.2.2 表型性状间的相关性分析 |
| 4.2.3 生长和针叶性状的QTL定位 |
| 4.2.4 QTL在连锁群上的成簇聚集 |
| 4.3 小结 |
| 5 讨论 |
| 5.1 华北落叶松转录组测序和SSR位点特征 |
| 5.2 EST-SSR标记的开发及其通用性 |
| 5.3 种子园无性系的遗传多样性 |
| 5.4 SLAF-seq与分子标记开发 |
| 5.5 遗传连锁图谱构建及其应用 |
| 5.6 基因分型技术比较 |
| 5.7 华北落叶松F1作图群体表型性状的遗传变异 |
| 5.8 表型性状的QTL分析 |
| 6 结论 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 个人简介 |
| 导师简介 |
| 获得成果目录清单 |
| 致谢 |
（10）毛白杨细胞分裂素转录调控通路基因的鉴定及其遗传效应解析（论文提纲范文）
| 基金项目 |
| 摘要 |
| Abstract |
| 主要符号对照表 |
| 引言 |
| 1 文献绪论 |
| 1.1 细胞分裂素的合成、代谢和信号转导机制研究 |
| 1.1.1 细胞分裂素的合成 |
| 1.1.2 细胞分裂素的代谢 |
| 1.1.3 细胞分裂素的信号转导 |
| 1.1.4 细胞分裂素对植物生长发育的影响 |
| 1.2 植物响应细胞分裂素的分子水平研究进展 |
| 1.2.1 细胞分裂素响应的转录调控 |
| 1.2.2 细胞分裂素响应的表观遗传调控 |
| 1.3 植物代谢组学 |
| 1.3.1 植物代谢组学的研究概况 |
| 1.3.2 植物代谢组学在植物育种中的应用 |
| 1.3.3 植物代谢物的遗传变异 |
| 1.4 关联分析在植物中的研究进展 |
| 1.4.1 关联分析在植物研究中的应用 |
| 1.4.2 基于植物代谢组学的关联分析研究 |
| 1.5 研究目的与意义 |
| 2 毛白杨种质资源群体植物激素代谢组分析 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 毛白杨材料来源 |
| 2.1.2 样品提取及LC-MS/MS代谢数据测定 |
| 2.1.3 代谢性状统计分析 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 植物激素类代谢物在毛白杨种质资源群体中的遗传变异 |
| 2.2.2 毛白杨激素类代谢物的相关性分析 |
| 2.3 讨论 |
| 2.4 小结 |
| 3 外源细胞分裂素对毛白杨生理和光合作用的影响 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 试验材料 |
| 3.1.2 外源细胞分裂素最佳处理浓度筛选 |
| 3.1.3 外源细胞分裂素处理 |
| 3.1.4 毛白杨生理指标测定 |
| 3.1.5 毛白杨光合指标测定 |
| 3.1.6 统计分析 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 6-BA对毛白杨生理指标的影响 |
| 3.2.2 6-BA对毛白杨光合指标的影响 |
| 3.3 讨论 |
| 3.4 小结 |
| 4 毛白杨响应外源细胞分裂素的转录调控作用解析 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 试验材料 |
| 4.1.2 毛白杨转录组测序 |
| 4.1.3 毛白杨sRNA测序 |
| 4.1.4 毛白杨重硫酸氢盐测序 |
| 4.1.5 6-BA响应基因的鉴定 |
| 4.1.6 6-BA响应lncRNA的鉴定及其靶基因预测 |
| 4.1.7 6-BA响应24nt-siRNA的鉴定 |
| 4.1.8 6-BA响应等位特异性表达(ASE)位点鉴定 |
| 4.1.9 6-BA响应差异甲基化区域(DMR)的鉴定 |
| 4.1.10 CpG位点的分型 |
| 4.1.11 Gene ontology(GO)分析 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 响应6-BA基因的发现及表达分析 |
| 4.2.2 响应6-BA的 lncRNA的表达模式解析 |
| 4.2.3 响应6-BA的 lncRNA靶基因的预测和功能分析 |
| 4.2.4 响应6-BA的24nt-siRNA表达模式解析 |
| 4.2.5 响应6-BA的等位不平衡表达(ASE)分析 |
| 4.2.6 响应6-BA的DNA甲基化变异解析 |
| 4.2.7 响应6-BA的DMR分析 |
| 4.2.8 响应6-BA的 DMRs对转录调控与ASE的影响 |
| 4.3 讨论 |
| 4.3.1 毛白杨响应6-BA的ASE位点鉴定 |
| 4.3.2 毛白杨DNA甲基化对等位基因转录调控的影响 |
| 4.4 小结 |
| 5 细胞分裂素转录调控通路的构建和特征分析 |
| 5.1 材料与方法 |
| 5.1.1 细胞分裂素通路基因及上游调控元件的鉴定 |
| 5.1.2 外源细胞分裂素响应基因的鉴定 |
| 5.1.3 细胞分裂素候选基因集的SNP检测 |
| 5.1.4 核苷酸多样性检测和连锁不平衡分析 |
| 5.2 结果与分析 |
| 5.2.1 细胞分裂素通路基因及其上游调控元件的鉴定 |
| 5.2.2 响应外源细胞分裂素基因的鉴定 |
| 5.2.3 候选基因的核苷酸多样性检测 |
| 5.2.4 候选基因的连锁不平衡检测 |
| 5.3 讨论 |
| 5.3.1 细胞分裂素通路基因上游调控因子的鉴定 |
| 5.3.2 候选基因的遗传变异及连锁不平衡 |
| 5.4 小结 |
| 6 细胞分裂素候选基因的遗传调控解析 |
| 6.1 材料与方法 |
| 6.1.1 群体转录组测序及数据分析 |
| 6.1.2 群体基因型检测 |
| 6.1.3 群体代谢组检测 |
| 6.1.4 群体生长及木材品质性状测定 |
| 6.1.5 关联分析 |
| 6.1.6 eQTL作图 |
| 6.1.7 加权基因共表达网络(WGCNA)分析 |
| 6.2 结果与分析 |
| 6.2.1 候选基因多组学代谢网络构建 |
| 6.2.2 基于多组学的细胞分裂素代谢调控研究 |
| 6.2.3 候选基因对毛白杨生长和木材品质性状的遗传调控 |
| 6.3 讨论 |
| 6.3.1 候选基因的遗传变异对植物激素代谢的调控 |
| 6.3.2 多组学分析对毛白杨植物激素代谢的研究 |
| 6.3.3 WRKY转录因子的功能解析 |
| 6.3.4 候选基因对毛白杨生长和木材品质的显性调控作用 |
| 6.4 小结 |
| 7 结论与展望 |
| 7.1 结论 |
| 7.2 展望 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 个人简介 |
| 导师简介 |
| 成果目录清单 |
| 致谢 |
四、分子标记技术及其在林木遗传改良研究中的应用（论文参考文献）
- [1]杨树驻芽和萌芽时间QTL定位分析[D]. 赵薇. 南京林业大学, 2021(02)
- [2]香合欢种质资源遗传多样性研究[D]. 安琪. 广西师范大学, 2021(09)
- [3]山桐子油脂合成相关基因的克隆及功能分析[D]. 范睿深. 西北农林科技大学, 2021(01)
- [4]湖南铁心杉育种亲本群体的构建[D]. 杨晓伟. 中南林业科技大学, 2021(01)
- [5]红松种子园亲本无性系及其子代变异选择研究[D]. 梁德洋. 东北林业大学, 2021
- [6]基因组选择研究进展及其在林木中的发展趋势[J]. 杜庆章,战鹏宇,李鹏,李先义,廖晨翰,郭诗曼,张德强. 北京林业大学学报, 2020(11)
- [7]基因组选择在林木遗传育种研究中的进展与展望[J]. 朱嵊,黄敏仁. 林业科学, 2020(11)
- [8]榧树遗传图谱构建及苗期生长性状相关QTL定位研究[D]. 吴昊. 浙江农林大学, 2020
- [9]华北落叶松高密度遗传连锁图谱构建及重要性状QTL分析[D]. 董明亮. 北京林业大学, 2020(01)
- [10]毛白杨细胞分裂素转录调控通路基因的鉴定及其遗传效应解析[D]. 轩安然. 北京林业大学, 2020(01)