一、中国地方品种丝羽乌骨鸡白细胞介素2基因的克隆及遗传进化分析（论文文献综述）
牛建芹[1]（2018）在《坝上长尾鸡及其杂交利用的研究》文中提出为了加强对坝上长尾鸡的进一步利用,试验选用0-42周龄的坝上长尾鸡、来航鸡、东乡黑鸡及其杂交后代各100只母鸡,对其生长发育和产蛋性能进行研究,结果表明:1.早期料重比（1-10周）:三元杂交早期平均料肉比最小为2.83:1,而白来航鸡的早期平均料肉比最大为2.97:1,坝上长尾鸡、来航鸡和二元杂交料肉比的值较为相近。比值由小到大依次为:来航鸡>二元杂交鸡>坝上长尾鸡>三元杂交鸡。2.0-36周龄体重非线性拟合:Logistic、Gompertz和Bertalanffy模型的拟合度都达到0.97以上,Bertalanffy对坝上长尾鸡和三元杂交鸡的拟合度最好（坝上长尾鸡:R2=0.974、三元杂交鸡:R2=0.971）、Gompertz对白来航鸡和二元杂交鸡的体重拟合最好（白来航鸡:R2=0.987、二元杂交鸡:R2=0.964）。坝上长尾鸡的拐点周龄为9.500、拐点体重为562.762g,白来航鸡的拐点周龄为8.620、拐点体重为539.663g。二元杂交鸡的拐点周龄为8.068,拐点体重为538.086g。三元杂交鸡的拐点周龄为8.038,拐点体重为513.508g。3.产蛋性能:（1）平均蛋重和料蛋比:来航鸡>三元杂交鸡>二元杂交鸡>坝上长尾鸡,蛋重二元杂种优势率为1.005,三元为1.040,料蛋比二元杂种优势率为1.009,三元为0.920。（2）产蛋率:来航鸡>二元杂交鸡>三元杂交鸡>坝上长尾鸡,二元杂种优势率为1.630,三元为0.940。可见坝上长尾鸡的产蛋性能较差,杂交鸡优于坝上长尾鸡,来航鸡最好。4.蛋品质:（1）蛋白和蛋壳品质,来航鸡>三元杂交>二元杂交>坝上长尾鸡;（2）蛋黄品质,坝上长尾鸡>三元杂交>二元杂交>来航鸡;（3）蛋重与蛋壳重、蛋白重、蛋黄重之间呈极显着正相关。蛋白比率与蛋白高度、哈氏单位呈极显着正相关、与蛋黄比率呈极显着负相关。
刘晓婷[2]（2018）在《中药复方多糖对不同MHC B-LβⅡ基因型蛋仔鸡免疫调节作用的影响》文中认为辨证论治的个体化用药是中医药亘古不变的观念,基因组遗传学的发展为个体化用药提供了理论支持。中药多糖作为一种能够被MHC II类分子处理和呈递的T细胞依赖性抗原,可与TCR识别并结合,参与机体免疫活动。不同个体间由于MHC B-LβII基因的高度多态性,使得MHC II类分子表位结合槽对外原性抗原表位的接纳与提呈,以及诱导T、B细胞特异性免疫具有一定的选择性,从而使不同个体对外来抗原---多糖存在免疫应答强弱的差异,进而可能影响多糖最适免疫调节剂量的筛选。目的:探究中药复方多糖（纯度为77.1%）对不同MHC B-LβII基因型蛋雏鸡的免疫调节作用,为该中药复方多糖开发成为免疫增强剂提供一定的理论基础与依据。方法:1.采用PCR-SSCP技术对500羽京红1号蛋鸡MHC B-LβII基因第3外显子进行不同基因型的筛选,并依据基因型对试验用鸡进行分组,将同种基因型鸡再分成四组,分别于8日龄肌肉注射50mg/m L（高剂量）、25 mg/mL（中剂量）、12.5 mg/mL（低剂量）的中药复方多糖及生理盐水（空白对照组）,连续用药7天后,检测以下项目。2.21、35、49日龄时取鸡的胸腺、脾脏和法氏囊,计算其免疫器官指数;用动物血液分析仪检测21、27、35、42、49日龄鸡外周血血常规;28日龄时,每只试验鸡腿部肌肉注射1 mL绵羊红细胞溶液,用红细胞凝集法检测35、42、49日龄鸡血清中SRBC抗体滴度。3.采用ELISA方法检测21、27、35、42、49日龄鸡血清中IL-1β、IL-10、IL-15、G-CSF、GM-CSF的质量浓度和IBDV抗体效价;采用微量血凝抑制试验（HI）检测27、35、42、49日龄鸡血清中H5与H9亚型AI-HI抗体效价。结果:1.根据PCR-SSCP分型,共发现AA（103羽）、BB（266羽）、BC（131羽）三种基因型。经基因测序比对分析发现,AA基因型与Genbank发表的序列一致,无变异位点;BB基因型有G1722A一个变异位点,所对应编码氨基酸由Val变成Met;BC基因型有T1597A、G1722A两个变异位点,所对应编码氨基酸分别由Leu变成Gln、Val变成Met。2.与对照组相比,高剂量中药复方多糖组可显着提高AA基因型鸡法氏囊指数（P<0.05）,中剂量组可显着提高AA基因型鸡胸腺指数（P<0.05）,中、高剂量组可明显提高BC基因型雏鸡试验前期胸腺、脾脏和法氏囊脏器指数,同时可显着提高AA基因型鸡和BC基因型鸡的白细胞总数和淋巴细胞数（P<0.05）;肌注绵羊红细胞一周后,试验组血清SRBC滴度与对照组相比,试验组比对照组高0.6-1.36个滴度。3.与对照组比较,各中药复方多糖组均可明显提高鸡血清中IL-1β、IL-15、GM-CSF的质量浓度,降低IL-10质量浓度,而G-CSF质量浓度与对照组相比差异不显着。同时,中药复方多糖对不同基因型雏鸡细胞因子含量的影响水平不同:中剂量组与其他剂量组相比,可显着提高AA基因型鸡血清中IL-1β、IL-15的质量浓度（P<0.05）,同时可显着降低IL-10的质量浓度（P<0.05）;高剂量组与其他剂量组相比,可明显提高BB基因型鸡血清中IL-1β、IL-15的质量浓度（P<0.05）;各试验组在BC基因型鸡中无显着差异。另外,各中药复方多糖组均可显着提高27日龄、35日龄、42日龄和49日龄鸡血清中IBDV抗体效价（P<0.05）,且AA基因型鸡以中剂量组提高效果最佳,BB基因型鸡以高剂量组提高效果最佳,BC基因型鸡试验组间无显着差异。与对照组相比,各中药复方多糖组对母源H5、H9亚型禽流感抗体滴度均有一定的维持效果,且在免疫H5、H9二联疫苗后,高、中剂量组可提高各基因型鸡H5、H9亚型禽流感抗体效价0.4-1.6个滴度,并对BC基因型鸡有延长较高H5和H9亚型禽流感抗体水平的趋势。结论:1.在MHC B-LβII基因第3外显子发现存在AA、BB、BC三种基因型,其中BB基因型有一个G1722A变异位点,BC基因型有T1597A、G1722A两个变异位点,且两个变异位点均引起所对应编码氨基酸发生突变,为有效突变。2.使用中药复方多糖后,不同基因型鸡免疫器官指数、白细胞数及SRBC抗体滴度表现出不同程度的提高效果,初步判断中药复方多糖对不同MHC B-LβII基因型蛋雏鸡的免疫增强效果不同,基因多态性的存在可能影响了中药复方多糖剂量的筛选。3.使用中药复方多糖后,不同基因型鸡血清中IL-1β、IL-15的含量及IBDV与H5、H9亚型禽流感疫苗的抗体效价显着提高,IL-10质量浓度显着降低,且中药复方多糖对不同基因型鸡血清中相关细胞因子含量及疫苗抗体效价的调节的最有效剂量不同,再次表明基因多态性的存在可能影响中药复方多糖剂量的筛选。
张乐超[3]（2018）在《PRLR等基因在不同羽型坝上长尾鸡皮肤组织中的表达变化研究》文中指出快慢羽性状被用于雏鸡性别鉴定,并且快羽鸡与慢羽鸡存在生产性能的差异。为了研究不同羽型坝上长尾鸡PRLR、SPEF2等基因在羽毛发育差异中的作用,本研究采集胚胎19和20天以及出雏0日龄的快羽和慢羽坝上长尾鸡的主翼羽和覆主翼羽的羽毛,检测其长度;采集胚胎12、15、19日龄和出雏后0、15、20、35、56日龄的快羽坝上长尾鸡和慢羽坝上长尾鸡毛囊组织,提取DNA和RNA,利用RFLP对坝上长尾鸡的羽速类型进行检测,半定量RT-PCR检测PRLR两种剪接体的表达量,利用Protparam、PSORT II、SignalP4.1、TMHMM、SOPMA和SWISS-MODEL软件预测PRLR基因的两种剪接体编码蛋白的氨基酸理化性质和结构,并对PRLR基因启动子活性区域进行了探究;利用RT-qPCR检测PRLR（aPRLR）、SPEF2、FUSION、FST和BMP2基因的表达量,分析基因表达与羽毛发育间的关系。结果表明,坝上长尾鸡的羽速表型是由PRLR和SPEF2基因的重复造成,而与ev21未占位区重复序列无关。快羽主翼羽和覆主翼羽长度20胚龄均显着高于19胚龄（P<0.05）,而与出雏0日龄没有显着差异（P>0.05）;而慢羽主翼羽长度20胚龄与19胚龄没有显着差异（P>0.05）,而显着低于出雏0日龄（P<0.05）,慢羽覆主翼羽三个节点均存在显着差异（P<0.05）,随日龄显着增长。快慢羽的羽速分化表现在:1920胚龄慢羽相对于快羽主翼羽生长速度降低,和2021胚龄慢羽覆主翼羽仍然保持1920胚龄较高生长速度,而快羽在该胚龄期覆主翼羽生速度降低。RT-PCR检测发现坝上长尾鸡毛囊组织中不存在含外显子8的PRLR剪接体类型,但存在2883(PRLRS1)和2400(PRLRS2)两种剪接体。半定量RT-PCR发现:D0慢羽鸡PRLRS1表达显着低于快羽（P<0.05）,D15慢羽表达显着高于快羽（P<0.05）;E19慢羽鸡PRLRS2表达显着高于快羽（P<0.05）,而D35慢羽表达显着低于快羽（P<0.05）。快羽鸡PRLRS1表达在E15、E19和D56显着高于PRLRS2（P<0.05）,慢羽鸡除在D0的PRLRS1表达显着低于PRLRS2（P<0.05）和出雏后D15二者表达没有显着差异外（P>0.05）,孵化全期和其他出雏后期PRLRS1表达均显着高于PRLRS2（P<0.05）。由两种剪接体表达得出:（1）慢羽PRLRS2在E19-D0高表达可能与E1920慢羽主翼羽生长速度降低有关,PRLRS2发挥抑制慢羽主翼羽生长作用;（2）PRLRS1 D0期在快羽鸡高表达,可能与2021胚龄快羽覆主翼羽生速度降低有关,PRLRS1发挥抑制快羽覆主翼羽生长作用。（3）快慢羽鸡多个时点PRLRS1高表达于PRLRS2,再次说明PRLRS1发挥抑制覆主翼羽生长的作用,D0慢羽鸡PRLRS2的高表达起到抑制慢羽主翼羽生长作用。预测发现PRLRS1蛋白分子式为C4166H6472N1106O1298S40,相对分子质量为94102.25,包含831个氨基酸残基;PRLRS2蛋白分子式为C3461H5382N926O1076S34,相对分子质量为78270.41,包含688个氨基酸残基,均为不稳定的酸性亲水蛋白质。二者共有区域存在5个差异氨基酸位点,PRLRS1为S、M、L、P、S,而PRLRS2依次为N、I、F、S、N。PRLRS1在第24位氨基酸有一个信号肽,而PRLRS2则没有。PRLRS1主要存在于胞外、高尔基体、内质网和细胞膜;而PRLRS2主要存在于细胞核,PRLRS1和PRLRS2均有跨膜区。对这两个蛋白二级结构分析认为二者均属于常规蛋白。克隆PRLR基因上游-37 bp-1738 bp和-10252 bp-8957 bp启动子区P2和P4,构建荧光素酶报告基因的重组质粒载体,以DF-1细胞进行双荧光素酶报告基因的瞬时转染,结果发现这两段的活性比值与阴性对照均没有显着差异（P>0.05）,说明两段序列不具有启动子活性。RT-qPCR检测分析发现,FST表达:E15日龄慢羽表达高于快羽（P<0.05）,麻鸡表达高于黑鸡（P<0.05）;E19慢羽表达低于快羽（P<0.05）,主要表现为慢羽麻鸡的低表达;D35日龄慢羽表达低于快羽（P<0.05）,主要表现为快羽麻鸡的高表达。FST对羽型发育变化的影响需要继续探讨。SPEF2表达:麻色鸡表达在E15显着高于黑色鸡（P<0.05）,表现为快羽麻鸡的高表达。E19-D0的SPEF2基因表达在快慢羽中都有上升,但未达到显着水平（P>0.05）,并且快慢羽之间差异不显着（P>0.05）。说明SPEF2是否对羽毛生长有影响有待进一步的研究。BMP2表达:E19和D0麻鸡表达显着高于黑色鸡（P<0.05）,慢羽表达量显着高于快羽（P>0.05）,表现为慢羽麻鸡的显着高表达。不能认为BMP2与羽型发育存在相关关系。aPRLR表达:E15和E19显着高表达于其他时点（P<0.05）,且慢羽E19表达显着高于快羽（P<0.05）,两种羽色的表达没有差异（P>0.05）,说明PRLR高表达与胚胎后期的羽毛发育有关。FUSION表达:与aPRLR表达特征一致,E15和E19显着高表达于其他时点（P<0.05）,且FUSION仅在慢羽中表达,两种羽色的表达没有差异（P>0.05）,说明FUSION高表达与胚胎后期的慢羽鸡羽毛发育有关。克隆测序发现PRLR有7个突变碱基,包括2个同义突变和5个错义突变,同义突变在PRLRS1序列的位置为第309 bp和1068 bp,错义突变的位置为第106、476、1492、1726和1883 bp,其中106和476位置氨基酸突变位于胞外域的配体结合区,可能影响PRLR与PRL结合;其它3个位于胞内域,而1883位置的突变导致出现了一个N-糖基化位点。综上,快羽和慢羽坝上长尾鸡主翼羽的生长分化出现在E19-E20天,覆主翼羽出现在E20-D0。坝上长尾鸡毛囊中PRLR基因存在PRLRS1和PRLRS2两种剪接体类型;PRLRS1在快羽D0的高表达可能与快羽覆主翼羽在E20到D0生长速度降低有关;PRLRS2在慢羽E19高表达可能与慢羽主翼羽在E19到E20生长速度降低有关。aPRLR基因在胚胎期慢羽的表达高于快羽;FUSION基因仅在慢羽鸡表达,并且在E15和E19显着高表达,可能与慢羽表型的形成有关;FST、SPEF2和BMP2基因的表达与羽型的关系需要继续探讨。PRLR基因上游-37 bp-1738 bp和-10252 bp-8957 bp区域不具有启动子活性。PRLR基因mRNA存在7个SNPs,包括5个错义突变和2个同义突变。
郭影[4]（2016）在《鸡胡须性状的基因定位及功能研究》文中进行了进一步梳理农业动物经历了上千年的自然选择和人工选择,积累了大量的表型变异。农业动物表型和遗传的多样性为我们提供了极好的研究模型,改善了我们对于动物发育和疾病发生等过程中基因功能的理解。羽毛是一种皮肤附属物,广泛分布于鸟类身体表面,具有各种各样的类型和变异,是解析调控羽毛发育与分化机制的重要资源。鸡的胡须（Muffs and beard, Mb）是一种在脸颊两侧（Muffs）以及颔下（Beard）着生的延长生长的羽毛类型,是一种单基因（Mb）控制的常染色体不完全显性性状。为了探究胡须性状形成的遗传学原因以及分子机制,本研究设计了以惠阳胡须鸡（Huiyang Bearded, HB）和岭南黄鸡A03系（High Quility chicken Line A, HQLA）为亲本的资源群体。其中,惠阳胡须鸡是我国重要的地方鸡种,特有的胡须性状使其成为研究羽毛区域特异性发育与分化的理想模型；岭南黄鸡A03系是广东省农业科学院畜牧研究所培育的快大型肉鸡品种,不具有胡须性状。本研究以此群体为基础,开展遗传定位研究工作,并对候选基因的表达及生物功能进行分析,试图从分子遗传学角度对胡须性状形成的机制进行阐述。本研究利用全基因组关联分析（Genome-wide association study, GWAS）、连锁分析（Linkage analysis）、同源相同（Identity by descent, IBD）分析、比较基因组杂交芯片（Array comparative genomic hybridization, array CGH）、全基因组重测序和表达分析等技术手段来研究引起胡须性状的致因基因。研究结果表明胡须性状是由27号染色体上复杂结构变异（Structural variation, SV）导致的,此结构变异由位于27号染色体上1.7 Mb、3.5 Mb以及4.4 Mb位置的三个拷贝数变异（Copy number variation, CNV）组成。三个CNV以串联的形式连接在一起,并插入1.7 Mb处CNV的下游。大量不同群体内的诊断分析验证了此复杂结构变异与胡须性状的完全关联。此复杂结构变异区间内共包含七个注释基因,对七个基因在胡须发育的不同阶段基因的表达情况进行检测,结果表明HOXB8基因在下颔皮肤组织中连续的异位高表达,强烈表明其在胡须性状发育过程中具有重要作用。本研究证明了鸡27号染色体上复杂的结构变异导致HOXB8基因的异位表达是鸡胡须性状形成的分子机制。这为复杂结构变异改变基因的表达模式进而产生表型突变提供了又一有力的证据。除此之外,本研究结果还揭示了HOXB8基因在调控羽毛区域特异性发育过程中的重要作用。
王文浩[5]（2015）在《基于SLAF-seq技术对京海黄鸡生长、屠宰及部分抗病性状的全基因组关联分析》文中指出生长性状和屠宰性状是鸡产业非常重要的两个经济性状,传统方法采用选育的方式对这两个经济性状进行选择；而鸡遗传方面,目前对于抗病性状的研究较少。随着生物技术的发展,标记辅助选择缩短了动物的选育过程,节省了大量的时间、金钱,成为目前育种工作的重点。遗传标记的选择方法主要有候选基因法和数量性状基因座定位法,但这些方法也有其不足之处。简化基因组测序法是将鸡基因组“简化”后通过测序得到的整个基因组范围内的单核昔酸为分子标记,以发现影响复杂性状发生的遗传标记和遗传标记的分布特征为目的,对复杂的经济性状进行直接关联分析的一种方法。该法作为全基因组关联分析的一种,被认为是一种确定影响重要性状（如鸡的生长性状、屠宰性状和抗病性状等）分子标记的有效方法。全基因组关联分析与之前的方法比较其最大优点是不需要构建任何不确定的假设。所以,本研究以京海黄鸡为试验动物,利用SLAF-seq简化基因组测序的方法,对京海黄鸡的10个生长性状、13个屠宰性状和6个抗病性状进行了基因组水平上的关联分析,旨在寻找影响京海黄鸡这些重要性状的关键遗传标记以及遗传标记的分布规律,寻找京海黄鸡上述重要性状的候选基因,促进京海黄鸡重要性状分子标记的研究,为京海黄鸡和其他鸡种的选育提高提供良好的平台。主要研究结果如下：1.对样品DNA进行简化基因组测序,通过adimixture软件计算群体结构,随后利用两种TASSEL模型：一般线性模型（GLM）和混合线性模型（MLM）对基因型数据和京海黄鸡生长性状、屠宰性状和部分抗病性状进行了全基因组关联分析,同时采用连锁不平衡修正的Bonferoni法进行多重比较校正,并重点讨论了GLM模型基因组水平显着和MLM模型基因组潜在显着以上水平的SNPs,并利用COG、GO和KEGG等数据库对候选基因进行功能富集注释。结果表明,TASSEL两种模型均能较好的校正群体分层的影响,并且两种模型识别出的SNPs大部分相同,但是相同SNP在MLM中的P值要略大于GLM。两个模型中,MLM校正更严格,具有较高的准确性,能够较好的避免假阳性结果,但可能会由于过于严格的校正导致假阴性结果,GLM模型具有较好的统计效力,但可能会由于较宽松的校正条件造成假阳性结果,因此本研究采用了GLM和MLM两种模型互为比较和补充,对京海黄鸡的上述三个重要性状进行了全基因组关联分析,以期获得较为准确和全面的结果。2.生长性状的关联分析中,GLM模型发现了19个与生长性状显着关联的SNPs（P<1.87E-06）,筛选出相关基因9个,某些基因与多个生长性状同时显着关联,如LDB2、 QDPR、INTS6、BOD1L1等,发现了102个与生长性状潜在显着关联的SNPs （1.87E-06 <P<3.75E-05）;MLM模型发现了16个达到潜在显着以上水平的SNPs（3个基因组水平显着）,相关候选基因7个,如QDPR、LDB2、FAM124A、NUK1等,这些基因均十分重要。同时注意到LDB2、QDPR基因不管在GLM还是MLM模型中均同时与多个生长性状显着关联。其中部分基因有一些报道,如LDB2、QDPR等,而CHST1、GPR78、VISIG4、 HS3ST1、FHIT等9个基因为本研究首次发现的可能影响京海黄鸡生长性状的候选基因。发现4号染色体上75.6-80.7Mb区域为影响京海黄鸡生长性状的主要功能区域。根据KEGG注释到了2个可能对京海黄鸡生长性状有重要作用的信号通路：叶酸合成通路和粘多糖合成通路（KEGG:00790和KEGG:00533）。最终根据关联分析结果和已有的文献报道,初步确定了一些影响京海黄鸡生长性状的SNPs和候选基因,如LDB2基因附近的rs313973972、QDPR附近的rs14491071、BOD1LI附近的rs14492338、INTS6附近的rs14917720和GPR78附近的rs317168946等。3.屠宰性状的全基因组关联分析中,GLM模型共发现与屠宰性状基因组水平显着的SNPs共16个（P<1.87E-06）,其中4号染色体的75.50-76.14Mb区域内的7个SNPs与屠体重、脚重、翅重均关联显着,同时筛选出相关功能基因12个,如FAM184B、QDPR,LAP3和ECL1等,发现了81个与屠宰性状潜在显着关联的SNPs（1.87E-06<P<3.75E-05）。MLM模型共识别出12个潜在显着以上水平的SNPs（8个达到基因组显着水平）,相关基因8个,且这些位点也均在GLM模型中被检测到。所有的SNPs中,部分SNPs与多个性状显着关联或潜在显着关联。根据KEGG注释到四个可能影响京海黄鸡屠宰性状的通路：脂肪酸代谢通路、叶酸合成通路、基底转录因子通路和精氨酸代谢通路（ko00330、KEGG:00790、KEGG:03022和ko00330）。其中有些基因有一些报道,如FAM184B、 QDPR、LAP3、FGFBP2、LDB2等,同时发现了ECL1、ZNF302、GTF2H5等七个新的候选基因。根据文章得到的结果结合相关文献,初步确定了京海黄鸡屠宰性状的关键SNPs和基因,如FAM184B内的rs14710787、rs16023603对脚重、SKIDA1附近的rs14710787、 rs13755802对腹脂重以及GTF2H5附近的rs14359385、rs315486571和TMEM181附近的rs318008335对全净膛重、FGFBP2内的rs15148082对屠体重、PG02内的rs317080707对翅重等。4.部分抗病性状的全基因组关联分析中,GLM模型共发现4个基因组水平显着SNPs,其中1个与禽流感抗病性状、2个与新城疫抗病性状、1个与γ干扰素抗病性状,相关候选基因3个；MLM模型共识别出8个达到潜在显着以上水平的SNPs,相关基因5个,其中SETBP1基因也被GLM模型检测到。由于鸡遗传方面抗病性状研究较少,因此这些基因在鸡上均未见报道,但结合文献发现有些基因的突变会导致一些重要信号通路的中断,影响多种疾病进程。因此推测这些基因的突变也可能对京海黄鸡的抗病性状有重要的影响,为下一步工作指明了方向,值得进一步研究,如Plexin B1基因内部的rs316966201、rs312624692和PDGFC内的rs317837423对新城疫抗病性状,NSUN7基因内部的rs15613786对禽流感抗病性状和USP7附近的rs313017675对传染性支气管炎抗病性状等。
赵会静,张敬敬,文杰,刘冉冉,郑麦青,李庆贺,马月辉,赵桂苹[6]（2015）在《15个鸡群体IL-2基因的遗传变异分析》文中研究说明为了深入研究鸡IL-2基因的多态性及为鸡抗病育种提供理论依据,本研究以IL-2基因为研究对象,采用直接测序的方法对11个中国地方鸡品种、3个引进鸡品种和1个培育鸡品种共448个个体该基因的遗传变异进行了分析。通过DNA池和直接测序技术,共发现了13个突变位点。对所有个体的一段包含5个SNPs的区域进行分析,发现不同等位基因在15个鸡群体间分布存在显着差异,表明不同品种间IL-2基因具有丰富的遗传变异资源,可为抗病基因的选择提供素材;群体遗传学指标分析表明,H系京星黄鸡的遗传多样性最低,这与其品种形成过程一致,其他品种多样性差异不大;单倍型分析共发现23种单倍型,其中H1（CAACG）、H2（CAATT）、H4（TGTTG）、H9（TGTTG）、H11（TATCG）和H16（CATCG）为中国地方鸡品种特有或优势单倍型,可能与抗病能力相关。
杨晓璐[7]（2014）在《重组鸡α干扰素/白细胞介素-2融合蛋白体外活性及体内最佳使用剂量研究》文中进行了进一步梳理为了研究重组鸡α干扰素/白细胞介素-2融合蛋白（rChIFN-α-Linker-ChIL-2，重组融合蛋白）在鸡体外的生物学活性及在鸡体内的最佳使用剂量，从而为重组融合蛋白作为抗病毒制剂和免疫增强剂在临床上推广应用提供科学依据，本研究采用夹心ELISA方法分别检测重组融合蛋白与抗rChIFN-和rChIL-2单抗发生特异性免疫反应的活性；采用50%细胞病变抑制法进行了重组融合蛋白和rChIFN-蛋白对照在CEF细胞上抗水泡性口炎病毒（VSV）和传染性法氏囊病病毒（IBDV） LX强毒株的活性比较研究；采用MTS法进行了重组融合蛋白和rChIFN-α在体外促外周血T淋巴细胞（PBLC）和脾脏淋巴细胞增殖活性实验。将IBDV LX强毒株人工感染37日龄SPF鸡，同时分别选取在CEF细胞上抗VSV活性单位为200IU、1000IU、3000IU、5000IU的重组融合蛋白和rChIFN-蛋白采用注射方式进行鸡体内活性比较实验，以筛选重组融合蛋白和rChIFN-蛋白在鸡体内发挥最佳抗病毒和免疫增强活性的使用剂量；分别通过临床观察、检测攻毒前和攻毒后（dpc）不同时间鸡体的排毒率、IBDV在不同组织器官的动态分布、外周血带毒时间、外周血中ChIL-2、ChIL-4、ChIL-6、ChIFN-α、ChIFN-γ细胞因子的表达水平，鸡PBLC和脾脏淋巴细胞的增殖活性及外周血中淋巴细胞亚群等指标的差异以揭示重组融合蛋白和rChIFN-蛋白在鸡体内抗病毒和免疫增强作用的机理，并且筛选重组融合蛋白和rChIFN-蛋白在鸡体内发挥最佳抗病毒活性的最适剂量。采用流式细胞术检测14d的SPF鸡注射以上实验筛选出的最佳剂量的重组融合蛋白和rChIFN-蛋白后不同时间对鸡外周血T淋巴细胞亚群含量的影响。结果：重组融合蛋白可分别与抗rChIFN-和抗rChIL-2单抗发生特异性免疫反应，重组融合蛋白中rChIFN-蛋白和rChIL-2蛋白的相对含量分别为4.58×103pg.mL-1和1.06×103pg.mL-1；重组融合蛋白在CEF细胞上抗VSV和IBDV的活性单位分别为8.707×105IU/mL和5.7926×104IU/mL，rChIFN-蛋白对照的活性单位分别为2.1469×105IU/mL和1.4482×104IU/mL，两种蛋白抗VSV活性单位均高于抗IBDV，且重组融合蛋白的抗病毒活性高于rChIFN-α蛋白；重组融合蛋白具有显着的促PBLC和鸡脾脏淋巴细胞的增殖活性，且重组融合蛋白极显着高于rChIFN-α蛋白对照（p<0.01）。不同剂量的重组融合蛋白在鸡体的抗病毒活性存在差异。注射后不同时间，3000IU重组融合蛋白试验组的IBD典型症状持续时间、病死率、排毒率、各组织器官带毒率、外周血持续带毒率（28h、20％、22.2%、16.7%、23.5%）、血清中抗IBDV抗体水平等指标均显着低于其他剂量的重组融合蛋白和rChIFN-α蛋白对照，ChIL-2、ChIL-4、ChIL-6、ChIFN-α、ChIFN-γ五种细胞因子的表达水平均显着高于其他组；12dpc时，不同实验组鸡的外周血T淋巴细胞、脾脏淋巴细胞增殖活性达到峰值，且3000IU重组融合蛋白实验组鸡的OD490值（0.2654、0.3406）均显着高于其他实验组鸡（p<0.05）；12dpc～35dpc期间，不同剂量的攻毒实验组鸡的CD4+/CD8+比值均显着低于相同剂量的重组融合蛋白和rChIFN-α蛋白对照组，其中3000IU的重组融合蛋白攻毒组鸡的CD4+/CD8+比值显着高于其他剂量的攻毒实验组鸡和所有rChIFN-α蛋白对照攻毒实验组；以上各项检测指标表明，重组融合蛋白的体内、外抗病毒和免疫增强活性均高于rChIFN-α蛋白对照，且3000IU的重组融合蛋白在鸡体内具有最佳的抗病毒和免疫增强活性。重组融合蛋白和rChIFN-α蛋白应用SPF鸡体后（3dpi），外周血中CD3+CD4+细胞的含量升高，CD3+CD8+细胞的含量降低，CD4+/CD8+比值大幅升高，且重组融合蛋白实验组CD4+/CD8+比值显着高于rChIFN-α蛋白实验组。结论：重组融合蛋白可与抗rChIFN-和抗rChIL-2单抗发生特异性免疫反应；在体外具有显着的抗VSV和IBDV活性和促外周血T淋巴细胞和脾脏淋巴细胞增殖活性。不同剂量的重组融合蛋白在鸡体内可通过增强外周血T淋巴细胞和脾脏淋巴细胞增殖活性、提高机体IFN-和Th1、Th2型细胞因子的表达水平、提高CD4+/CD8+比值等方式增强机体的细胞免疫和体液免疫应答水平，发挥非特异性抗病毒活性和免疫增强活性；3000IU的重组融合蛋白在鸡体内具有最佳的生物学活性；重组融合蛋白在鸡体内可提高外周血中CD3+CD4+细胞的含量，降低CD3+CD8+细胞的含量，使CD4+/CD8+比值大幅升高，增强机体细胞免疫能力。不同剂量的重组融合蛋白在鸡体内、外的生物学活性均显着优于rChIFN-蛋白对照。
龙艳丽[8]（2014）在《体外注射VD3和LPS对丝羽乌骨鸡维生素D受体及β-防御素基因表达的影响》文中进行了进一步梳理抗菌肽是先天免疫的重要效应分子,在保护宿主免受致病性微生物危害时起至关重要的作用。家禽中主要存在两大类抗菌肽——p-防御素和cathelicidins,其中最主要的是p-防御素。随着对抗菌肽表达调控研究的深入,发现1,25-（OH）2-D3可以通过激活VDR调控人类抗菌肽的表达。提示VDR可能作为一种转录因子在调控鸡p-防御素表达中发挥重要作用。目前,相关研究还多集中在人类、小鼠、牛等哺乳动物上,家禽体内是否存在这种调节机制,通过对机体补充VD3是否能通过诱导VDR的表达而提高鸡p-防御素的表达水平进而提高家禽的抗病能力都还需进一步验证。本研究以丝羽乌骨鸡为试验模型。利用生物信息学手段预测p-防御素基因是否存在维生素D反应元件典型结构；通过荧光定量PCR检测腹腔注射VD3或LPS后小肠组织中VDR基因和β-防御素基因（GAL-3、-4、-5、-6、-7、-9和-10）mRNA相对表达量的变化,研究VD3对鸡p-防御素表达的调控作用。探讨VDR和p-防御素的表达上调是否能够提高鸡的抗病能力及其在机体抵御病原入侵时的预防作用,为鸡抗病育种提供理论依据。主要研究结果如下：1)通过NCBI、Ensembl数据库获得p-防御素基因启动子区域转录起始位点前2000碱基序列,利用NHR-scan分析这些序列发现,鸡14个p-防御素基因中有7个基因启动子区域存在典型的DR3型和ER6型VDRE序列。这7个β-防御素基因分别是GAL-3、-4、-5、-6、-7、-9和-10。2)腹腔注射VD3后,小肠中VDR基因mRNA的相对表达量显着高于注射生理盐水的对照组（P<0.05）；小肠中p-防御素基因GAL-3、-4、-5、-6、-7和-10的mRNA相对表达量也高于对照组,GAL-4、GAL-6和GAL-10基因mRNA表达水平显着上调（P<0.05）。结果表明,机体补充VD3对丝羽乌骨鸡体内p-防御素基因的表达可以起到上调作用,其调节防御素基因表达的信号传导途径可能跟VDR的介导相关。3)注射VD3后,VDR基因表达水平与GAL-5基因表达水平极显着相关（P<0.01）,与GAL-10基因表达水平显着相关（P<0.05）。表明VD3可以通过激活VDR介导部分p-防御素基因在小肠中表达。4)通过对注射VD3后不同时间点小肠中VDR及β-防御素基因mRNA的相对表达量变化分析发现,注射后4h和24 h时VDR基因mRNA表达量显着上调（P<0.05）；p-防御素基因GAL-3、GAL-4、GAL-6和GAL-10的mRNA表达量有明显变化,这4个β-防御素基因在注射后4h时的表达量均显着高于24h和48h时的表达量,24h时的表达量与48h时的表达量几乎相同,无明显差异。结果表明,随着注射到鸡体内VD3的吸收代谢,VDR及p-防御素基因表达量呈现先上升后下降的趋势。5)腹腔同时注射VD3和LPS与仅仅注射LPS比较,小肠中VDR基因表达量在注射后4h和24h时均显着增加,GAL-4、GAL-5、GAL-6和GAL-10基因表达量显着上调（P<0.05）。结果表明,病原微生物入侵会诱导体内p-防御素基因表达,VD3与LPS具有协同作用,诱导p-防御素基因表达量上调,从而提高机体抗病力。
王彩红[9]（2014）在《水稻苗期稻瘟病抗性的全基因组关联分析》文中认为水稻是重要的粮食作物。稻瘟病是全世界水稻主栽区发生最严重的病害之一，平均每年因稻瘟病损失的产量可供6千万人食用。防治稻瘟病最经济、安全的方法是培育含稻瘟病持久抗性基因的新品种。目前对稻瘟病抗性基因的克隆主要是通过构建双亲本遗传群体，运用图位克隆的方法实现。本研究首次应用805,158个SNP标记，对517份中国水稻地方品种资源的稻瘟病抗性进行全基因组关联分析。主要结果如下：1.运用混合线性模型，在P<10-7水平条件下，全基因组关联分析（Genome-Wide AssociatedStudy,GWAS）共检测到126个关联位点。在籼稻群体内共检测到51个与稻瘟病抗性相关联的SNP位点；在粳稻群体内共检测到5个与稻瘟病抗性相关联的SNP位点；在总样本中共检测到72个与稻瘟病抗性相关联的SNP位点。2.在所检测到的SNP位点中，有18个已报道位点，其中包含7个已克隆基因（Pia、Pik、Pi-1、Pik-h/Pi-54、Pik-m、Pik-p、Pi5/Pi3/Pi-i）和8个QTL位点（Pif、Pig、PiGD3、Pik-s、Pik-g（t）、Pitq5、Pitg6、Pi6）。除已知位点外，还发现18个新的SNP位点，共涉及25个尚未报道的R基因；籼稻群体中检测到17个，粳稻群体中仅检测到1个，总样本自然群体中检测到11个。其中有4个候选R基因同时在籼稻群体和总样本群体中均被检测到，1个在粳稻群体和总样本群体中被检测到。3.利用基因功能注释（gene ontology，GO）对其它候选基因进行功能分类，划分为53个功能亚范畴。在蛋白质类型范畴中，核苷酸结合（nucleic acid binding）和水解酶（hydrolase）所占比例最大；在生物途径范畴中，代谢途径（metabolic process）所占比例最大；在代谢途径范畴中，DNA复制（DNA replication）所占比例最大；在分子功能范畴中，催化过程（catalytic activity）和连接（binding）所占比例最大。4.本研究共选取4个显着关联位点：Chr116526998、Chr1214696604、Chr1213690289和Chr1213032951。运用实时定量PCR（Real-time quantitative PCR，RT-PCR）技术及基因表达谱信息，对候选基因进行检测和验证。结果显示：（1）Chr116526998位于稻瘟病抗性基因Pia的组成基因Os11g0225100的编码区；（2）Chr1214696604位于PiGD3（QTL）附近，研究发现基因Os12g0438300（含有NB-ARC和LRR结构域）很可能是PiGD3的最优候选基因；（3）对于Chr1213690289关联位点，基因Os12g0424700和基因Os12g0427000可能相互协作，共同完成稻瘟病抗性调控；（4）对于Chr1213032951关联位点，基因Os12g0416300、Os12g0417100和Os12g0417600被视为最优候选基因。5.候选基因单倍型分析表明大部分SNPs变异均属于非同义突变。6.本研究证实GWAS能够作为一种高效率挖掘抗性候选基因的方法。
王岑[10]（2014）在《扬州鹅α-干扰素的克隆表达及其生物学活性研究》文中提出干扰素是一类重要的细胞因子,具有广谱的抗病毒活性,良好的抑制细胞分裂、抗肿瘤活性以及高效的免疫调节等功能。近来,禽类相关的干扰素研究正不断地深入,尤其是就鸡和鸭干扰素而言,但鹅干扰素的相关研究报道还尚少。本实验选择抗病毒活性较强的Ⅰ型α干扰素,参考GenBank上发表的鹅IFN-a基因序列（HQ115583）设计引物,以地方品种扬州鹅（Yangzhou goose）为实验动物。采用RT-PCR的方法成功扩增出扬州鹅IFN-a全基因与成熟基因片段,大小分别为576bp、486bp。将IFN-a全长基因克隆至pGEM-T载体中,将重组质粒pGEM-T-GoIFN-a送至测序,结果表明扩增出的扬州鹅IFN-a全长基因与HQ115583在核苷酸水平上同源性达99.6%。将IFN-a成熟基因克隆至pET32a（+）载体中,构建了原核表达载体pET32a-mGoIFN-α。转化至大肠杆菌DH5a（DE3）后经IPTG诱导表达得到大小为36.3kDa的重组融合蛋白。对上述包涵体蛋白进行纯化,基本上能够得到单一的特异性条带,并通过Western Blotting检测纯化后蛋白,结果与预期一致。用重组蛋白pET32a-mGoIFN-a免疫BALB/c小鼠,获得鼠抗mGoIFN-a多克隆抗体,ELISA法测得抗体效价为1：16000。通过、Vestern Blotting对高免血清进行特异性检测,结果在36.3kDa位置出现了特异性条带,说明其具有良好的特异性与反应原性。将扬州鹅全长IFN-a基因克隆至pcDNA3.1（-）载体,成功构建了真核表达体系pcDNA3.1-GoIFN-α,并经间接免疫荧光证实了GoIFN-α在鹅胚成纤维细胞中的表达。对表达产物GoIFN-α用细胞病变抑制法测其抗VSV病毒活性,结果证明其能较好的帮助鹅胚成纤维细胞对抗VSV病毒的感染。
二、中国地方品种丝羽乌骨鸡白细胞介素2基因的克隆及遗传进化分析（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、中国地方品种丝羽乌骨鸡白细胞介素2基因的克隆及遗传进化分析（论文提纲范文）
（1）坝上长尾鸡及其杂交利用的研究（论文提纲范文）
| 缩略词 |
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 坝上长尾鸡 |
| 1.1.1 坝上长尾鸡 |
| 1.1.2 坝上长尾鸡的研究现状 |
| 1.2 我国地方品种鸡的利用 |
| 1.2.1 我国地方鸡品种的资源 |
| 1.2.2 我国地方品种鸡的研究和利用 |
| 1.3 研究的目的及意义 |
| 第二章 材料与方法 |
| 2.1 试验材料 |
| 2.1.1 试验鸡种 |
| 2.1.2 试验分组 |
| 2.1.3 试验时间与地点 |
| 2.2 试验方法 |
| 2.2.1 饲养管理 |
| 2.2.2 性能测定与方法 |
| 2.3 试验仪器 |
| 2.4 统计分析 |
| 2.4.1 数据分析 |
| 2.4.2 拟合曲线 |
| 第三章 结果与分析 |
| 3.1 坝上长尾鸡、来航鸡和杂交鸡生长发育 |
| 3.1.1 体重 |
| 3.1.2 坝上长尾鸡、来航鸡及杂交鸡早期料肉比 |
| 3.1.3 坝上长尾鸡、来航鸡及杂交鸡生长曲线的拟合与分析 |
| 3.2 坝上长尾鸡、来航鸡和杂交鸡繁殖性能的比较 |
| 3.2.1 产蛋性能 |
| 3.2.2 蛋重变化 |
| 3.2.3 产蛋率变化 |
| 3.2.4 料蛋比 |
| 3.3 坝上长尾鸡、来航鸡以及杂交鸡常规蛋品质的比较 |
| 3.3.1 蛋白品质的比较 |
| 3.3.2 蛋黄品质的比较 |
| 3.3.3 蛋壳质量的比较 |
| 3.3.4 蛋品质各性状相关性分析 |
| 第四章 讨论 |
| 4.1 坝上长尾鸡、来航鸡以及杂交鸡的生长发育 |
| 4.2 坝上长尾鸡、来航鸡以及杂交鸡的繁殖性能 |
| 4.3 坝上长尾鸡、来航鸡和杂交鸡的蛋品质 |
| 第五章 结论 |
| 参考文献 |
| 发表论文和参加科研情况说明 |
| 致谢 |
（2）中药复方多糖对不同MHC B-LβⅡ基因型蛋仔鸡免疫调节作用的影响（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 英文缩略词表 |
| 引言 |
| 第一章 文献综述 |
| 1 中兽药免疫增强剂的研究进展 |
| 1.1 具有免疫增强作用的单味中药 |
| 1.2 具有免疫增强作用的中药复方制剂 |
| 1.3 中药增强动物免疫功能的物质基础 |
| 2 中药多糖免疫调节作用的研究 |
| 2.1 对免疫器官的影响 |
| 2.2 对血液常规指标的影响 |
| 2.3 对疫苗抗体效价的影响 |
| 2.4 对细胞因子的影响 |
| 2.5 对其他免疫方面的影响 |
| 3 鸡MHC基因的研究进展 |
| 3.1 鸡MHC基因的结构与功能 |
| 3.2 鸡MHC基因多态性的研究进展 |
| 3.3 鸡MHC基因多态性与免疫性状的关系 |
| 第二章 试验研究 |
| 试验一 京红1号蛋鸡MHC B-LβⅡ基因的多态性分析 |
| 1 材料 |
| 1.1 试验动物 |
| 1.2 试验试剂与配制 |
| 1.3 试验仪器 |
| 2 试验方法 |
| 2.1 引物设计与合成 |
| 2.2 基因组DNA的提取 |
| 2.3 反应条件 |
| 2.4 PCR-SSCP基因型检测 |
| 2.5 扩增片段的测序 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 MHC B-LβⅡ基因PCR扩增结果 |
| 3.2 SSCP检测 |
| 3.3 基因序列结果分析 |
| 4 讨论 |
| 5 小结 |
| 试验二 中药复方多糖对不同MHC B-LβⅡ基因型蛋鸡脏器指数、血常规指标及绵羊红细胞抗体滴度的影响 |
| 1 材料 |
| 1.1 试验药物 |
| 1.2 试验试剂 |
| 1.3 试验仪器 |
| 2 试验方法 |
| 2.1 试验动物的处理与分组 |
| 2.2 免疫器官指数 |
| 2.3 血常规 |
| 2.4 绵羊红细胞(SRBC)抗体滴度的测定 |
| 2.5 数据统计分析 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 中药复方多糖对不同MHC B-LβⅡ基因型蛋鸡免疫器官指数的影响 |
| 3.2 中药复方多糖对不同MHC B-LβⅡ基因型蛋鸡血常规指标的影响 |
| 3.2.1 中药复方多糖对不同MHC B-LβⅡ基因型蛋鸡白细胞总数的影响 |
| 3.2.2 中药复方多糖对不同MHC B-LβⅡ基因型蛋鸡淋巴细胞数的影响 |
| 3.2.3 中药复方多糖对不同MHC B-LβⅡ基因型蛋鸡红细胞总数的影响 |
| 3.2.4 中药复方多糖对不同MHC B-LβⅡ基因型蛋鸡血红蛋白含量的影响 |
| 3.3 中药复方多糖对不同MHC B-LβⅡ基因型蛋鸡绵羊红细胞抗体滴度的影响 |
| 4 讨论 |
| 5 小结 |
| 试验三 中药复方多糖对不同MHC B-LβⅡ基因型蛋鸡血清中部分细胞因子的影响 |
| 1 材料 |
| 1.1 试验药物 |
| 1.2 主要试剂 |
| 1.3 试验器材 |
| 2 试验方法 |
| 2.1 试验动物分组及处理 |
| 2.2 检测项目及方法 |
| 2.3 数据统计分析 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 中药复方多糖对不同MHC B-LβⅡ基因型鸡血清中IL-1β质量浓度的影响 |
| 3.2 中药复方多糖对不同MHC B-LβⅡ基因型鸡血清中IL-10质量浓度的影响 |
| 3.3 中药复方多糖对不同MHC B-LβⅡ基因型鸡血清中IL-15质量浓度的影响 |
| 3.4 中药复方多糖对不同MHC B-LβⅡ基因型鸡血清中GM-CSF质量浓度的影响 |
| 3.5 中药复方多糖对不同MHC B-LβⅡ基因型鸡血清中G-CSF质量浓度的影响 |
| 4 讨论 |
| 5 小结 |
| 试验四 中药复方多糖对不同MHC B-LβⅡ基因型蛋鸡传染性法氏囊及禽流感抗体效价的影响 |
| 1 材料 |
| 1.1 试验药物 |
| 1.2 主要试剂 |
| 1.3 试验仪器 |
| 2 试验方法 |
| 2.1 试验动物及分组 |
| 2.2 鸡血清IBDV抗体效价的测定 |
| 2.3 H5与H9亚型禽流感抗体效价的测定 |
| 2.3.1 1%鸡红细胞悬液的制备 |
| 2.3.2 H5与H9亚型禽流感抗体效价的测定 |
| 2.4 数据统计分析 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 中药复方多糖对不同MHC B-LβⅡ基因型鸡血清中IBDV抗体效价的影响 |
| 3.2 中药复方多糖对不同MHC B-LβⅡ基因型鸡H5亚型禽流感抗体效价的影响 |
| 3.3 中药复方多糖对不同MHC B-LβⅡ基因型鸡H9亚型禽流感抗体效价的影响 |
| 4 讨论 |
| 5 小结 |
| 全文结论 |
| 创新点 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 作者简介 |
| 石河子大学硕士研究生学位论文导师评阅表 |
（3）PRLR等基因在不同羽型坝上长尾鸡皮肤组织中的表达变化研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 1 引言 |
| 1.1 毛囊的生长发育 |
| 1.2 催乳素受体的研究进展 |
| 1.2.1 PRLR与羽速的关系 |
| 1.2.2 PRLR基因定位 |
| 1.2.3 PRLR基因的结构 |
| 1.2.4 PRLR基因功能 |
| 1.2.5 PRLR基因表达 |
| 1.2.6 PRLR基因多态性 |
| 1.3 其它羽速相关基因的研究进展 |
| 1.3.1 FST基因 |
| 1.3.2 BMP2基因 |
| 1.4 本试验研究的目的和意义 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 试验材料 |
| 2.1.1 试验动物和样本采集 |
| 2.2 试验方法 |
| 2.2.1 主翼羽和覆主翼羽羽毛长度的测量 |
| 2.2.2 DNA提取 |
| 2.2.3 RNA提取 |
| 2.2.4 坝上长尾鸡羽速表型检测 |
| 2.2.5 PRLR基因剪接体半定量分析 |
| 2.2.6 PRLR氨基酸序列生物信息学分析 |
| 2.2.7 PRLR基因启动子分析 |
| 2.2.8 PRLR等基因表达定量分析 |
| 3 结果 |
| 3.1 DNA和mRNA的提取 |
| 3.1.1 鸡肝脏组织DNA提取结果 |
| 3.1.2 鸡毛囊组织mRNA提取结果 |
| 3.2 未占位区HaeIII酶切鉴定 |
| 3.3 两种羽型坝上长尾鸡主翼羽和覆主翼羽毛长度变化 |
| 3.4 PRLR基因剪接体半定量分析 |
| 3.4.1 PRLR剪接体类型检测 |
| 3.4.2 两种羽型、两种羽色和日龄对PRLR两种剪接体表达影响 |
| 3.4.3 两种羽色PRLRS2表达随日龄变化 |
| 3.4.4 不同日龄和羽型的PRLR两种剪接体的表达变化 |
| 3.4.5 不同日龄、羽色和羽型的PRLR两种剪接体的表达变化 |
| 3.5 PRLR基因氨基酸序列生物信息学分析 |
| 3.5.1 理化性质 |
| 3.5.2 序列比对 |
| 3.5.3 PRLRS1和PRLRS2信号肽预测 |
| 3.5.4 亚细胞定位 |
| 3.5.5 PRLRS1和PRLRS2蛋白跨膜结构域预测 |
| 3.5.6 PRLRS1和PRLRS2蛋白二级结构预测 |
| 3.5.7 PRLRS1和PRLRS1蛋白三级结构预测 |
| 3.6 快羽和慢羽坝上长尾鸡毛囊发育相关基因表达定量分析 |
| 3.6.1 两种羽型、两种羽色和八个时点坝上长尾鸡毛囊aPRLR、BMP2、SPEF2、FST和FUSION表达 |
| 3.6.2 不同日龄的两种羽色鸡FST、SPEF2、BMP2和aPRLR的表达变化 |
| 3.6.3 不同日龄的两种羽型鸡的FST、SPEF2、BMP2和aPRLR表达变化 |
| 3.6.4 不同日龄和羽色慢羽鸡FUSION表达变化 |
| 3.6.5 不同日龄的两种羽色和羽型鸡的BMP2、SPEF2、FST和aPRLR表达变化 |
| 3.7 PRLR突变位点分析 |
| 3.7.1 PRLR基因PCR扩增结果 |
| 3.7.2 PRLR突变位点 |
| 3.8 PRLR基因启动子分析 |
| 4 讨论 |
| 4.1 快慢羽羽毛长度与相关基因分析 |
| 4.2 PRLR基因启动子分析 |
| 4.3 PRLR突变位点分析 |
| 5 结论 |
| 参考文献 |
| 附录Ⅰ |
| 附录Ⅱ |
| 在读期间发表的论文 |
| 作者简介 |
| 致谢 |
| 附件 |
| 详细摘要 |
（4）鸡胡须性状的基因定位及功能研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 英文缩略词表 |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 农业动物在人类生产实践中的重要作用 |
| 1.2 基因组学研究及其在农业动物遗传定位研究中的应用 |
| 1.2.1 基因组学的研究内容 |
| 1.2.2 基因组学的研究技术 |
| 1.2.3 农业动物遗传定位研究进展 |
| 1.3 结构变异与表型变异 |
| 1.3.1 结构变异 |
| 1.3.2 结构变异的研究方法 |
| 1.3.3 农业动物结构变异的研究进展 |
| 1.3.4 结构变异在表型变异形成中的功能与作用 |
| 1.4 羽毛及其变异研究 |
| 1.4.1 羽毛的发育 |
| 1.4.2 鸡中羽毛变异的研究进展 |
| 1.4.3 HOX基因在羽毛发育中的作用 |
| 1.5 本研究的目的与意义 |
| 1.5.1 鸡的重要研究价值 |
| 1.5.2 研究鸡胡须性状的重要意义 |
| 第二章 材料和方法 |
| 2.1 研究材料 |
| 2.1.1 实验群体 |
| 2.1.2 样本采集 |
| 2.1.3 主要实验仪器与耗材 |
| 2.1.4 主要试剂 |
| 2.1.5 试剂的配置 |
| 2.2 研究方法 |
| 2.2.1 技术路线 |
| 2.2.2 禽血DNA提取 |
| 2.2.3 组织样本RNA的提取与反转录 |
| 2.2.4 组织样本总蛋白提取与浓度测定 |
| 2.2.5 长片段PCR |
| 2.2.6 PCR产物的胶回收 |
| 2.2.7 染色体步移(Genome walking) |
| 2.2.8 Western Blot |
| 2.2.9 RACE |
| 2.2.10 质粒提取 |
| 2.2.11 荧光定量PCR |
| 2.2.12 地高辛(DIG)标记的RNA探针合成 |
| 2.2.13 全胚RNA原位杂交 |
| 2.2.14 SNP位点的基因分型 |
| 第三章 实验结果 |
| 3.1 鸡胡须性状的基因定位 |
| 3.1.1 全基因组关联分析 |
| 3.1.2 连锁分析及IBD定位 |
| 3.1.3 致因突变的发现 |
| 3.1.4 致因突变的验证 |
| 3.1.5 基因分型 |
| 3.2 定位区间内候选基因的表达与功能分析 |
| 3.2.1 RACE分析转录本变异 |
| 3.2.2 mRNA表达差异分析 |
| 3.2.3 原位杂交分析 |
| 3.2.4 蛋白差异表达分析 |
| 3.3 讨论 |
| 3.3.1 分型位点的解释与CNV1两个拷贝前后顺序的确定 |
| 3.3.2 候选基因功能分析 |
| 3.3.3 结构变异对HOX基因表达的影响 |
| 3.3.4 HOXB8参与调控胡须羽毛发育 |
| 第四章 结论 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 个人简介 |
（5）基于SLAF-seq技术对京海黄鸡生长、屠宰及部分抗病性状的全基因组关联分析（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 文献综述 |
| 1 鸡生长、屠宰和部分抗病性状的研究进展 |
| 1.1 鸡生长性状研究进展 |
| 1.2 鸡屠宰性状研究进展 |
| 1.3 鸡部分抗病性状研究进展 |
| 2 SNP全基因组水平上的标记开发及SLAF-seq |
| 2.1 传统的QTL定位方法 |
| 2.2 鸡遗传图谱的构建 |
| 2.3 几种SNP全基因组水平上的标记开发及基因型分型方法 |
| 2.4 SNP芯片技术 |
| 2.5 SLAF-seq简化基因组测序技术 |
| 2.5.1 SLAF-seq简化基因组测序技术原理 |
| 2.5.2 SLAF-seq研究现状 |
| 2.5.3 影响SLAF-seq关联分析结果的因素 |
| 3 本研究目的和意义 |
| 第二章 京海黄鸡生长性状的简化基因组关联分析 |
| 第一节 材料与方法 |
| 1. 材料方法 |
| 1.1 试验材料 |
| 1.1.1 试验动物 |
| 1.1.2 主要仪器 |
| 1.1.3 主要实验试剂与溶液配置 |
| 1.2 试验方法 |
| 1.2.1 统计软件 |
| 1.2.2 表型数据 |
| 1.2.3 样本采集 |
| 1.3 鸡血液基因组DNA的提取和检测 |
| 1.3.1 鸡血液基因组DNA的提取 |
| 1.3.2 DNA浓度和纯度的检测 |
| 2. 简化基因组测序及群体结构分析 |
| 2.1 简化基因组测序 |
| 2.1.1 基因组酶切 |
| 2.1.2 5'末端修复 |
| 2.1.3 3'末端加A |
| 2.1.4 连接solexa接头 |
| 2.1.5 电泳切胶 |
| 2.1.6 PCR扩増 |
| 2.1.7 上机测序 |
| 2.1.8 序列比对及SNP质控 |
| 2.2 群体结构 |
| 2.2.1 群体结构分析 |
| 2.2.2 群体分层的校正 |
| 2.2.3 连锁不平衡分析 |
| 2.2.4 多重假设检验校正 |
| 2.2.5 关联分析模型 |
| 2.3 性状间相关性分析 |
| 第二节 生长性状的简化基因组关联分析 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 试验材料 |
| 1.2 仪器设备 |
| 1.3 主要试剂及配制 |
| 1.4 表型数据获取及处理 |
| 1.5 京海黄鸡基因组DNA提取、检测和简化基因组测序 |
| 1.6 统计分析 |
| 1.7 基因注释及候选基因功能挖掘 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 群体分层的检验 |
| 2.2 关联得到的SNPs概述 |
| 2.3 候选基因的功能注释 |
| 3 讨论 |
| 3.1 显着SNP分布 |
| 3.2 一些重要的候选基因 |
| 4 结论 |
| 第三章 京海黄鸡屠宰性状的简化基因组关联分析 |
| 1 材料方法 |
| 1.1 试验材料 |
| 1.2 试验设备、仪器 |
| 1.3 试验所需的主要试剂及其配制 |
| 1.4 表型数据获取及处理 |
| 1.5 京海黄鸡基因组DNA提取、检测和简化基因组测序 |
| 1.6 统计分析 |
| 1.7 基因注释及候选基因功能挖掘 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 群体分层的检验 |
| 2.2 关联得到的SNPs概述 |
| 2.3 候选基因的功能注释 |
| 3 讨论 |
| 3.1 显着SNP分布 |
| 3.2 一些重要的候选基因 |
| 4 结论 |
| 第四章 京海黄鸡部分抗病性状的简化基因组关联分析 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 试验材料 |
| 1.2 仪器设备 |
| 1.3 主要试剂及配制 |
| 1.4 抗体水平及细胞因子浓度测定及数据处理 |
| 1.4.1 禽流感、新城疫、传染性支气管炎抗体水平测定 |
| 1.4.2 白细胞介素-2、肿瘤坏死因子α和γ干扰素血清中浓度测定 |
| 1.4.3 数据处理 |
| 1.5 京海黄鸡基因组DNA提取、检测和简化基因组测序 |
| 1.6 统计分析 |
| 1.7 基因注释及候选基因功能挖掘 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 群体分层的检验 |
| 2.2 关联得到的SNPs概述 |
| 2.3 候选基因的功能注释 |
| 3 讨论 |
| 3.1 禽流感抗病性状 |
| 3.2 新城疫和传染性支气管炎抗病性状 |
| 3.3 三种细胞因子 |
| 4 结论 |
| 全文结论 |
| 创新点 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 攻读博士期间发表的论文 |
（6）15个鸡群体IL-2基因的遗传变异分析（论文提纲范文）
| 1 材料与方法 |
| 1.1 试验材料 |
| 1.2 基因组 DNA提取 |
| 1.3 SNP检测 |
| 1.4 统计分析 |
| 2 结 果 |
| 2.1 DNA提取与 PCR 扩增 |
| 2.2 IL-2基因SNP鉴定 |
| 2.3 5个位点的等位基因频率与H-W平衡检测 |
| 2.4 5个位点的群体遗传学指标分析 |
| 2.5 单倍型分析 |
| 3 讨 论 |
| 4 结 论 |
（7）重组鸡α干扰素/白细胞介素-2融合蛋白体外活性及体内最佳使用剂量研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第1章 文献综述 |
| 1.1 概述 |
| 1.2 干扰素的研究进展 |
| 1.2.1 干扰素的发现和命名 |
| 1.2.2 干扰素的生物学功能 |
| 1.2.3 鸡ɑ干扰素的发现与结构 |
| 1.2.4 鸡ɑ干扰素的生物学活性研究进展 |
| 1.3 白细胞介素-2 的研究进展 |
| 1.3.1 白细胞介素-2 的发现 |
| 1.3.2 白细胞介素-2 的生物学活性 |
| 1.3.3 鸡白细胞介素-2 的结构 |
| 1.3.4 鸡白细胞介素-2 的分子生物学特征 |
| 1.3.5 鸡白细胞介素-2 的研究进展 |
| 1.4 重组 ChIFN-α和重组 ChIL-2 蛋白协同应用研究进展 |
| 第2章 重组鸡α干扰素/白细胞介素-2 融合蛋白体外活性研究 |
| 2.1 材料 |
| 2.1.1 实验动物、病毒及主要试剂 |
| 2.1.2 实验所用溶液及配制 |
| 2.1.3 主要仪器设备 |
| 2.2 方法 |
| 2.2.1 重组融合蛋白中 rChIFN- 和 rChIL-2 的定量 |
| 2.2.2 重组融合蛋白在 CEF 细胞上抗 VSV 和抗 IBDV 活性检测 |
| 2.2.3 重组融合蛋白体外促鸡外周血 T 淋巴细胞（PBLC）增殖活性检测 |
| 2.2.4 重组融合蛋白体外促鸡脾淋巴细胞增殖活性检测 |
| 2.3 结果与分析 |
| 2.3.1 重组融合蛋白中 rChIFN- 和 rChIL-2 的定量 |
| 2.3.2 重组融合蛋白在 CEF 细胞上抗 VSV 和抗 IBDV 活性 |
| 2.3.3 重组融合蛋白体外促鸡 PBLC 增殖活性 |
| 2.3.4 重组融合蛋白体外促鸡脾淋巴细胞增殖活性 |
| 2.4 讨论 |
| 2.5 小结 |
| 第3章 不同剂量的重组鸡α干扰素/白细胞介素-2 融合蛋白在鸡体内抗 IBDV 活性比较研究 |
| 3.1 材料 |
| 3.1.1 实验动物及饲养 |
| 3.1.2 主要试剂 |
| 3.1.3 实验主要溶液的配制 |
| 3.1.4 主要仪器设备 |
| 3.2 方法 |
| 3.2.1 实验鸡分组、接种方法及临床观察 |
| 3.2.2 攻毒组鸡的排毒率检测 |
| 3.2.3 攻毒后 IBDV 在不同组织器官的分布 |
| 3.2.4 攻毒后各组鸡外周血持续带毒时间 |
| 3.2.5 鸡 PBLC 增殖活性检测 |
| 3.2.6 鸡脾脏淋巴细胞增殖活性检测 |
| 3.2.7 攻毒后血清中抗 IBDV 抗体水平检测 |
| 3.2.8 鸡外周血中 ChIL-2、ChIL-4、ChIL-6、ChIFN-α、ChIFN-γ表达水平检测 |
| 3.2.9 鸡外周血 T 淋巴细胞亚群百分含量检测 |
| 3.3 结果与分析 |
| 3.3.1 实验鸡的临床观察 |
| 3.3.2 攻毒组鸡排毒率 |
| 3.3.3 攻毒后 IBDV 在不同组织器官的动态分布 |
| 3.3.4 攻毒后各组鸡外周血中持续带毒时间 |
| 3.3.5 鸡 PBLC 增殖活性 |
| 3.3.6 鸡脾淋巴细胞增殖活性 |
| 3.3.7 攻毒后血清中抗 IBDV 抗体水平 |
| 3.3.8 鸡外周血中细胞因子表达水平 |
| 3.3.9 鸡外周血 T 淋巴细胞亚群百分含量 |
| 3.4 讨论 |
| 3.5 小结 |
| 第4章 最佳剂量的重组鸡α干扰素/白细胞介素-2 融合蛋白对鸡外周血 T 淋巴细胞亚群含量影响研究 |
| 4.1 材料 |
| 4.1.1 实验动物 |
| 4.1.2 主要试剂 |
| 4.1.3 主要仪器设备 |
| 4.2 方法 |
| 4.2.1 实验鸡分组及接种方法 |
| 4.2.2 不同日龄 SPF 鸡外周血 T 淋巴细胞亚群检测 |
| 4.3 结果 |
| 4.3.1 外周血中 CD3~+CD4~+细胞百分含量的测定 |
| 4.3.2 外周血中 CD3~+CD8~+细胞百分含量的测定 |
| 4.3.3 外周血中 CD4~+/CD8~+比值 |
| 4.4 讨论 |
| 4.5 小结 |
| 第5章 结论 |
| 参考文献 |
| 缩略语词汇表 |
| 致谢 |
| 攻读硕士学位期间的研究成果 |
（8）体外注射VD3和LPS对丝羽乌骨鸡维生素D受体及β-防御素基因表达的影响（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 常用词语缩写 |
| 1 文献综述 |
| 1.1 前言 |
| 1.2 禽β-防御素研究进展 |
| 1.2.1 防御素的分类 |
| 1.2.2 鸡β-防御素的发现及表达分布 |
| 1.2.3 鸡β-防御素的分子结构特点 |
| 1.2.4 禽β-防御素的生物活性 |
| 1.2.5 禽β-防御素的应用前景 |
| 1.3 维生素D_3和VDR研究进展 |
| 1.3.1 维生素D的来源与代谢 |
| 1.3.2 VDR的结构与功能 |
| 1.3.3 1,25-(OH)_2-D_3介导抗菌肽的表达 |
| 1.4 本研究的目的意义 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 试验材料 |
| 2.1.1 试验动物 |
| 2.1.2 饲养管理 |
| 2.1.3 主要仪器设备 |
| 2.1.4 主要试剂及耗材 |
| 2.1.5 主要溶液的配制 |
| 2.2 试验方法 |
| 2.2.1 试验设计 |
| 2.2.2 技术路线 |
| 2.2.3 目的基因筛选 |
| 2.2.4 引物的设计与合成 |
| 2.2.5 组织总RNA的提取 |
| 2.2.6 总RNA质量检测 |
| 2.2.7 实时荧光定量PCR |
| 2.3 数据分析 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 鸡β-防御素启动子区域VDRE预测结果 |
| 3.2 不同处理下鸡VDR及β-防御素在小肠中的表达 |
| 3.3 注射VD_3或LPS后VDR基因mRNA的表达 |
| 3.4 注射VD_3后丝羽乌骨鸡小肠中β-防御素基因的表达 |
| 3.5 注射LPS后不同时间点鸡β-防御素基因的表达变化 |
| 3.6 LPS应激下注射VD_3后鸡β-防御素基因mRNA的表达 |
| 3.7 小肠中VDR和β-防御素基因表达水平相关分析 |
| 4 讨论 |
| 4.1 鸡β-防御素基因启动子区域VDRE分析 |
| 4.2 维生素D_3对鸡β防御素基因的表达调控 |
| 4.3 LPS应激模式下VD_3对鸡β-防御素基因的诱导表达 |
| 4.4 小肠中VDR和β-防御素基因表达水平的相关分析 |
| 5 结论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 附录 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 |
（9）水稻苗期稻瘟病抗性的全基因组关联分析（论文提纲范文）
| 中国农业科学院博士学位论文评阅人、答辩委员会签名表 |
| 摘要 |
| Abstract |
| 图表目录 |
| 英文缩略表 |
| 第一章 引言 |
| 1.1 水稻稻瘟病研究概况 |
| 1.1.1 水稻稻瘟病病原 |
| 1.1.2 水稻稻瘟病菌鉴别品种及生理小种 |
| 1.1.3 水稻稻瘟病发病症状 |
| 1.1.4 影响稻瘟病发病因素 |
| 1.1.5 稻瘟病菌侵染途径 |
| 1.1.6 稻瘟病对水稻的危害 |
| 1.1.7 水稻稻瘟病防治方法 |
| 1.1.8 水稻稻瘟病抗性鉴定技术 |
| 1.1.9 水稻稻瘟病抗性遗传 |
| 1.1.10 稻瘟病抗性基因的归类分析 |
| 1.2 植物抗病基因研究进展 |
| 1.2.1 植物抗病互作机理假说 |
| 1.2.2 植物抗病基因的特征与分类 |
| 1.2.3 植物抗病基因的克隆 |
| 1.3 全基因关联分析研究现状 |
| 1.3.1 全基因关联分析的理论基础-连锁不平衡 |
| 1.3.2 全基因关联分析方法及试验设计 |
| 1.3.3 全基因组关联分析的一般步骤 |
| 1.3.4 全基因组关联分析的应用 |
| 1.4 本研究目的和意义 |
| 第二章 材料与方法 |
| 2.1 试验材料和技术路线 |
| 2.2 田间种植 |
| 2.3 病原菌种制备和接种 |
| 2.3.1 制备菌种 |
| 2.3.2 接种病原菌 |
| 2.4 苗期稻瘟病抗性鉴定 |
| 2.5 SNP 基因型的获得 |
| 2.6 表型数据分析 |
| 2.7 群体分化（Q 矩阵）研究 |
| 2.8 亲缘关系（K 矩阵）评估 |
| 2.9 全基因组关联分析 |
| 2.10 关联 SNPs 候选基因搜索 |
| 2.11 候选基因预测和检测 |
| 2.11.1 候选基因 RT-PCR 的预测和检测 |
| 2.11.2 表达谱数据分析 |
| 2.11.3 单倍型分析 |
| 2.12 候选基因 Os12g0438300 的验证 |
| 2.12.1 候选基因 Os12g0438300 的测序分析 |
| 2.12.2 候选基因 Os12g0438300 互补载体的功能验证 |
| 第三章 结果与分析 |
| 3.1 苗期稻瘟病抗性性状表型数据分析 |
| 3.1.1 苗瘟抗性描述性统计分析 |
| 3.1.2 苗瘟抗性与经、纬度相关性分析 |
| 3.2 自然群体的群体分化与地理分布 |
| 3.2.1 自然群体的群体分化与地理分布 |
| 3.2.2 苗瘟抗性与籼、粳亚种相关性分析 |
| 3.3 亲缘关系的评估 |
| 3.4 LD 的分布 |
| 3.5 苗期稻瘟病抗性表型-SNP 标记的全基因组关联分析 |
| 3.5.1 籼稻群体中的 GWAS 分析 |
| 3.5.2 粳稻群体中的 GWAS 分析 |
| 3.5.3 总样本群体中的 GWAS 分析 |
| 3.6 关联 SNPs 位点候选基因分析 |
| 3.7 候选基因预测和检验 |
| 3.7.1 Chr11_6526998，P=1.7×10~(-17) |
| 3.7.2 Chr12_14696604，P=6.12×10~(-8) |
| 3.7.3 Chr12_13690289，P=7.53×10~(-15) |
| 3.7.4 Chr12_13032951，P= 4.25×10~(-13) |
| 3.8 候选基因 Os12g0438300 的验证 |
| 3.8.1 候选基因 Os12g0438300 的序列分析 |
| 3.8.2 构建互补载体的验证 |
| 第四章 讨论 |
| 4.1 稻瘟病抗性全基因组关联分析的检测 |
| 4.2 遗传结构对 GWAS 分析的影响 |
| 4.3 关联 SNP 位点的分布特征 |
| 4.3.1 染色体热点分布 |
| 4.3.2 不同生理小种关联位点的分布 |
| 4.4 全基因组关联分析的不足 |
| 4.5 后基因组关联研究的机遇 |
| 4.6 候选基因的预测及验证 |
| 第五章 全文结论 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 作者简历 |
（10）扬州鹅α-干扰素的克隆表达及其生物学活性研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 图表清单 |
| 缩略词表 |
| 第一章 干扰素的研究概况 |
| 1 干扰素的分类及特征 |
| 2 干扰素的分子结构及特点 |
| 3 干扰素的产生与作用特性 |
| 3.1 干扰素受体 |
| 3.2 干扰素的信号转导与基因调控 |
| 3.3 干扰素诱生剂 |
| 4 干扰素的生物学功能 |
| 4.1 抗病毒活性 |
| 4.2 抗肿瘤活性 |
| 4.3 抗寄生虫活性 |
| 4.4 免疫调节活性 |
| 4.5 免疫佐剂活性 |
| 第二章 禽类干扰素的研究进展 |
| 第三章 研究的目的和意义 |
| 第四章 扬州鹅IFN-α基因的克隆与生物信息学分析 |
| 1 材料 |
| 1.1 实验动物 |
| 1.2 表达载体与菌株 |
| 1.3 仪器设备 |
| 1.4 主要试剂及其配制 |
| 1.4.1 培养基 |
| 1.4.2 总RNA的提取与细胞培养所需试剂 |
| 1.4.3 粗提质粒试剂 |
| 1.4.4 核酸电泳试剂 |
| 1.4.5 感受态细胞制备试剂 |
| 2 方法 |
| 2.1 扬州鹅IFN-α基因的RT-PCR扩增 |
| 2.1.1 引物设计与合成 |
| 2.1.2 提取扬州鹅外周血总RNA |
| 2.1.2.1 提取经刀豆素(ConA)诱导培养的鹅外周血淋巴细胞的总RNA |
| 2.1.2.2 提取未经诱导培养的鹅外周血淋巴细胞的总RNA |
| 2.1.2.3 提取鹅外周血淋巴细胞中总RNA |
| 2.1.2.4 提取鹅外周全血中的总RNA |
| 2.1.3 RT-PCR扩增扬州鹅IFN-α全长基因 |
| 2.1.3.1 GoIFN-α基因的反转录(RT) |
| 2.1.3.2 GoIFN-α全长基因的PCR扩增 |
| 2.1.4 扩增产物的纯化 |
| 2.2 扬州鹅IFN-α基因的T-载体克隆与鉴定 |
| 2.2.1 IFN-α基因与pGEM-T easy的连接 |
| 2.2.2 感受态细胞的制备及连接产物的转化 |
| 2.2.2.1 DH5a感受态细饱的制备 |
| 2.2.2.2 连接产物转化感受态细胞 |
| 2.2.3 转化菌落的筛选与鉴定 |
| 2.2.3.1 阳性重组质粒的筛选 |
| 2.2.3.2 重组质粒pGEM-T-GoIFN-α的鉴定 |
| 3 结果 |
| 3.1 扬州鹅IFN-α全基因的扩增 |
| 3.2 克隆质粒pGEM-T-GoIFN-α的鉴定 |
| 3.3 扬州鹅IFN-α基因的生物信息学分析 |
| 3.3.1 扬州鹅IFN-α核苷酸序列测序结果 |
| 3.3.2 扬州鹅IFN-α氨基酸序列测序结果 |
| 3.3.3 扬州鹅IFN-α同源性分析 |
| 3.3.4 扬州鹅IFN-α进化树分析 |
| 4 讨论 |
| 4.1 RNA提取方法的分析 |
| 4.2 扬州鹅IFN-α同源性等生物信息学分析 |
| 第五章 扬州鹅IFN-α基因的原核表达与高免血清的制备 |
| 1 材料 |
| 1.1 实验动物 |
| 1.2 表达载体与菌株 |
| 1.3 仪器设备 |
| 1.4 主要试剂及其配制 |
| 1.4.1 培养基 |
| 1.4.2 粗提质粒试剂 |
| 1.4.3 核酸电泳试剂 |
| 1.4.4 感受态细胞制备试剂 |
| 1.4.5 原核表达所需试剂 |
| 1.4.6 蛋白质电泳和Western Blotting所需试剂 |
| 1.4.7 ELISA试剂 |
| 2 方法 |
| 2.1 扬州鹅IFN-α成熟肽基因的RT-PCR |
| 2.1.1 引物设计与合成 |
| 2.1.2 RT-PCR扩增扬州鹅IFN-α成熟肽基因 |
| 2.1.2. 1 GoIFN-α基因的反转录(RT) |
| 2.1.2.2 GoIFN-α成熟肽基因的PCR扩增 |
| 2.1.3 扩增产物的纯化 |
| 2.2 载体pET32a(+)质粒提取、酶切与回收纯化 |
| 2.3 扬州鹅IFN-α成熟肽基因的原核表达载体的构建 |
| 2.3.1 目的片段与pET32a(+)载体的连接 |
| 2.3.2 感受态细胞的制备与连接产物的转化 |
| 2.3.3 重组质粒的筛选与鉴定 |
| 2.3.3.1 阳性重组质粒的筛选 |
| 2.3.3.2 重组质粒pET32a-mGoIFN-α的鉴定 |
| 2.4 重组蛋白的诱导表达 |
| 2.4.1 重组质粒pET32a-mGoIFN-α转化表达菌 |
| 2.4.2 工程菌的诱导表达 |
| 2.4.3 SDS-PAGE电泳 |
| 2.4.4 表达条件的优化 |
| 2.4.4.1 诱导时间的摸索 |
| 2.4.4.2 IPTG最佳浓度的摸索 |
| 2.4.5 可溶性重组蛋白的制备及鉴定 |
| 2.4.5.1 包涵体蛋白的纯化与溶解 |
| 2.4.5.2 重组蛋白的溶解、复性及鉴定 |
| 2.4.6 目的蛋白的Western Blotting鉴定 |
| 2.5 高免血清的制备 |
| 2.5.1 重组蛋白抗原的制备 |
| 2.5.2 免疫程序 |
| 2.5.3 ELISA法检测抗原免疫原性 |
| 2.5.4 Western Blotting法检测抗体特异性 |
| 3 结果 |
| 3.1 扬州鹅IFN-α成熟肽基因的扩增 |
| 3.2 克隆质粒pET32a-mGoIFN-α的鉴定 |
| 3.3 重组蛋白的表达鉴定及条件优化 |
| 3.3.1 重组蛋白pET32a-mGoIFN-α的表达 |
| 3.3.2 诱导时间的优化 |
| 3.3.3 IPTG最佳浓度的优化 |
| 3.4 扬州鹅IFN-α成熟蛋白的纯化 |
| 3.5 扬州鹅IFN-α成熟蛋白的Western Blotting鉴定 |
| 3.6 扬州鹅IFN-α成熟蛋白多克隆抗体效价检测 |
| 3.7 鼠抗血清的Western Blotting检测 |
| 4 讨论 |
| 4.1 载体与宿主菌的选择 |
| 4.2 表达蛋白的纯化 |
| 4.3 扬州鹅IFN-α的免疫原性 |
| 第六章 扬州鹅IFN-α基因的真核表达及抗病毒活性检测 |
| 1 材料 |
| 1.1 细胞与毒株 |
| 1.2 表达载体 |
| 1.3 仪器设备 |
| 1.4 主要试剂及其配制 |
| 1.4.1 培养基 |
| 1.4.2 粗提质粒试剂 |
| 1.4.3 核酸电泳试剂 |
| 1.4.4 感受态细胞制备试剂 |
| 1.4.5 细胞培养试剂 |
| 2 方法 |
| 2.1 扬州鹅IFN-α真核表达重组质粒的构建与鉴定 |
| 2.1.1 目的基因的制备 |
| 2.1.2 载体pcDNA3.1(-)的准备 |
| 2.1.3 目的片段与pcDNA3.1(-)载体的连接 |
| 2.1.4 感受态细胞的制备与连接产物的转化 |
| 2.1.5 重组质粒的筛选与鉴定 |
| 2.1.5.1 阳性重组质粒的筛选 |
| 2.1.5.2 重组质粒pcDNA3.1-GoIFN-α的鉴定 |
| 2.2 扬州鹅IFN-α重组蛋白在细胞中的表达 |
| 2.2.1 重组质粒pcDNA3.1-GoIFN-α转染细胞 |
| 2.2.1.1 提取重组pcDNA3.1-GoIFN-α的质粒 |
| 2.2.1.2 细胞的制备 |
| 2.2.1.3 转染细胞 |
| 2.2.2 pcDNA3.1-GoIFN-α表达情况检测 |
| 2.3 扬州鹅重组pcDNA3.1-GoIFN-α抗VSV活性检测 |
| 2.3.1 鹅胚成纤维细胞的制备 |
| 2.3.2 水疱性口炎病毒的扩增与保存 |
| 2.3.3 VSV效价的测定 |
| 2.3.4 重组扬州鹅IFN-a抗病毒活性测定 |
| 3 结果 |
| 3.1 重组质粒pcDNA3.1-GoIFN-α的鉴定 |
| 3.2 扬州鹅IFN-α基因在GEFs中的表达检测 |
| 3.3 扬州鹅IFN-α抗VSV病毒活性检测 |
| 4 讨论 |
| 4.1 扬州鹅IFN-α外源基因在鹅成纤维细胞中的表达 |
| 4.2 干扰素的抗病毒活性检测 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 作者简介 |
| 致谢 |
四、中国地方品种丝羽乌骨鸡白细胞介素2基因的克隆及遗传进化分析（论文参考文献）
- [1]坝上长尾鸡及其杂交利用的研究[D]. 牛建芹. 河北科技师范学院, 2018(01)
- [2]中药复方多糖对不同MHC B-LβⅡ基因型蛋仔鸡免疫调节作用的影响[D]. 刘晓婷. 石河子大学, 2018(12)
- [3]PRLR等基因在不同羽型坝上长尾鸡皮肤组织中的表达变化研究[D]. 张乐超. 河北农业大学, 2018(01)
- [4]鸡胡须性状的基因定位及功能研究[D]. 郭影. 中国农业大学, 2016(08)
- [5]基于SLAF-seq技术对京海黄鸡生长、屠宰及部分抗病性状的全基因组关联分析[D]. 王文浩. 扬州大学, 2015(12)
- [6]15个鸡群体IL-2基因的遗传变异分析[J]. 赵会静,张敬敬,文杰,刘冉冉,郑麦青,李庆贺,马月辉,赵桂苹. 畜牧兽医学报, 2015(01)
- [7]重组鸡α干扰素/白细胞介素-2融合蛋白体外活性及体内最佳使用剂量研究[D]. 杨晓璐. 河南科技大学, 2014(02)
- [8]体外注射VD3和LPS对丝羽乌骨鸡维生素D受体及β-防御素基因表达的影响[D]. 龙艳丽. 四川农业大学, 2014(07)
- [9]水稻苗期稻瘟病抗性的全基因组关联分析[D]. 王彩红. 中国农业科学院, 2014(10)
- [10]扬州鹅α-干扰素的克隆表达及其生物学活性研究[D]. 王岑. 南京师范大学, 2014(01)