一、猪1、3号染色体微卫星位点多态性及遗传连锁图谱的构建(论文文献综述)
邓亚平[1](2020)在《熊本牡蛎(Crassostrea sikamea)微卫星标记开发,野生及养殖群体遗传多样性分析》文中指出熊本牡蛎(Crassostrea sikamea)属软体动物门(Mollusca)、瓣鳃纲(Lamellibranchia)、牡蛎科(Ostreidae)、巨蛎属(Crassostrea),别名蚝蛎,是一种半咸水型偏好中高盐度的牡蛎类群。原产于东南亚,在中国、韩国及日本等地呈自然分布。因其口感好,营养丰富,经济价值颇高,于1943年引种至美国东海岸后经大面积养殖。熊本牡蛎是我国华东及华南沿岸地区重要的养殖种类之一,主要分布于福建、广东、浙江等部分沿海地区。但因养殖需要,利用少数个体进行多代繁育可能会造成养殖群体的遗传多样性降低,种质资源退化等。因此,通过开发熊本牡蛎微卫星引物,对熊本牡蛎种质资源和遗传多样性进行调查,对熊本牡蛎的良种选育,促进其养殖业的发展有十分重要的现实意义。本研究采用磁珠富集法从熊本牡蛎基因组中开发高多态性微卫星分子标记,并利用其中的13对多态性引物对2个养殖群体和7个野生群体进行遗传多样性分析(各个群体中试验个体采用随机取样的方式采集20~40个样本,经分子鉴定后确定实验个体的数量共计287个),为其良种选育以及种质资源保护提供理论依据。本研究主要结果如下:(1)磁珠富集法开发熊本牡蛎微卫星。从熊本牡蛎基因组中共开发出13对具多态性的微卫星引物,并利用广东珠海野生熊本牡蛎群体(共26个个体)对这13对位点进行遗传多样性分析评价。所有位点共扩增出133个等位基因,等位基因数(Na)从2到22个不等,有效等位基因数(Ne)为1.9538~16.4878,观测杂合度(Ho)为0.0769~1.0000,期望杂合度(He)为0.0477~0.9578,Shannon-wiener指数(I)为0.6813~2.9285,多态信息含量(PIC)的范围为0.3690~0.9360,平均PIC值为0.7274。结果表明:开发的13个微卫星标记具有较高的多态性,可用于熊本牡蛎群体遗传多样性分析、个体鉴定、育种选育等研究。(2)熊本牡蛎养殖、野生群体遗传多样性分析。利用上述开发的13个熊本牡蛎微卫星分子标记合成相应的荧光引物,分别评价了2个熊本牡蛎养殖群体和7个熊本牡蛎野生群体的遗传多样性。结果显示:所有位点经扩增共得到1023个等位基因。2个养殖群体中:(1)美国熊本牡蛎养殖群体1(群体选育第5代)(MG)的等位基因数(Na),有效等位基因数(Ne)、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、香农-威纳指数(I)、多态信息含量(PIC)平均值分别为9.0000、4.1342、0.7212、0.7158、1.5332、0.6630。(2)美国熊本牡蛎养殖群体2(群体选育第2代)(AF2)的各个遗传参数(同上)平均值分别为:6.9231、3.8111、0.6766,0.6750、1.4318、0.6294。7个野生群体中:(1)广东湛江野生群体(ZJ)等位基因数(Na),有效等位基因数(Ne)、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、香农-威纳指数(I)、多态信息含量(PIC)平均值分别为:8.6154、5.5450、0.7549、0.7801、1.7318、0.7205。(2)广东珠海野生群体(ZH)的各个遗传参数(同上)平均值分别为:9.4615、5.9041、0.7200、0.7780、1.7789、0.7274。(3)广东深圳市沙井野生群体(SJ)的各个遗传参数(同上)平均值分别为:8.000、4.6810、0.8330、0.7564、1.6468、0.7122。(4)广东台山市山咀港南部野生群体(SZ)的各个遗传参数(同上)平均值分别为:9.3077、5.7513、0.7361、0.7690、1.7421、0.7203。(5)广东台山市山咀港北部野生群体(TS)的各个遗传参数(同上)平均值分别为:10.9231、6.3702、0.7617、0.7595、1.7838、0.7128。(6)广东台山市下川岛南部野生群体(TXX)的各个遗传参数(同上)平均值分别为:8.8462、5.6870、0.7229、0.7528、1.6778、0.6971。(7)广东台山市下川岛北部野生群体(TSM)的各个遗传参数(同上)平均值分别为:8.6154、5.8357、0.8068、0.7920、1.7669、0.7349。9个熊本牡蛎群体的多态信息含量PIC均值都>0.5,全部为高度多态。研究结论:(1)新开发的13个微卫星标记均表现为中度或高度多态,具有较高的多态性,可用于熊本牡蛎的群体遗传学分析。(2)群体遗传多样性指数表明,9个熊本牡蛎的群体均处于高度多态水平,具有较大的选育潜力。(3)群体遗传多样性分析发现,2个养殖群体的遗传多样性低于其他7个野生群体,但仍然维持在高度多态水平,说明在熊本牡蛎人工选育过程中,使用大数量的亲本进行繁育,可有效防止选育群体的遗传多样性降低,但人工选育对选育群体的遗传多样性也产生了一定的影响。
张宗瑜[2](2020)在《老芒麦高密度遗传图谱构建及落粒相关基因QTL定位》文中认为老芒麦(Elymus sibiricus L.)是禾本科披碱草属多年生优良牧草,具有草产量高、品质好、耐寒、耐旱等优良特性,广泛应用于我国高山草原的放牧、人工草地建植、生态环境恢复等。但老芒麦较高的落粒性大大降低了牧草种子产量,对新品种选育、推广利用带来不利影响。有关牧草落粒的遗传学基础,是国内外研究不多且亟待加强的研究领域。为此,本研究在开发老芒麦特异性EST-SSR标记、分析不同落粒种质材料的遗传多样性基础上,构建了老芒麦的遗传作图群体,并利用SLAF(specific length amplified fragment)技术构建了老芒麦首张遗传连锁图谱,相继结合QTL和GWAS(genome-wide association study)分析方法定位了落粒候选基因。旨在为解析老芒麦落粒遗传机制、加快老芒麦落粒分子遗传改良和培育低落粒老芒麦新品种提供基础科学依据。获得主要研究结果如下。1、进行了老芒麦特异性EST-SSR分子标记开发及通用性研究。从老芒麦转录组测序获得的6,685个unigene中,分析识别了8,871个潜在EST-SSR位点,进一步开发了200对EST-SSR分子标记。PCR扩增产物测序验证显示,等位基因的测序结果与原始引物SSR位点同源,有43.5%的标记在17个披碱草属物种间通用性良好。利用30对多态性标记对17个披碱草属95份种质的480个单株进行的遗传多样性和进化分析显示,基于基因组构成和地理起源将参试披碱草属种质聚为三大类。本研究结果为披碱草属物种遗传多样性评价提供了引物来源。2、采用40对EST-SSR标记对36份老芒麦种质进行遗传多样性评价,并且在田间测定了老芒麦的落粒性。结果显示老芒麦分子遗传多样性和落粒性变异均较为丰富。筛选出落粒性状差异较大、遗传背景较远的高落粒基因型Y1005和低落粒基因型ZhN06作为亲本杂交构建F1群体。对F1群体的7份材料进行遗传多样性和表型变异分析,发现了落粒、叶片、茎节、穗长及芒长等性状表现出超亲杂种优势。遗传多样性分析显示母本(ZhN06)与子代群体的共有条带多于父本(Y1005),显示其遗传力水平较高。通过分子标记鉴定和低落粒子代选择,将F1-7单株自交构建了包含200份单株的F2作图群体。3、利用SLAF简化基因组测序技术对F2群体测序,构建了首张老芒麦高密度遗传图谱,图谱总长1,866.35cM,14个连锁群含1,971个标记。连锁群长度范围在87.67cM(LG7)和183.45cM(LG1)之间,标记平均距离为1.66cM。比较基因组发现老芒麦与小麦和大麦分别有79%(1,556)和70%(1,380)的同源标记。连续三年观测了穗长、小花数、落粒率、芒长、种子宽、千粒重等种子相关性状,并进行了QTL鉴定,在14个连锁群上共检测到29个QTL位点,在第2、3、6和11号连锁群上共检测到6个落粒性QTL。通过与小麦和大麦基因组比对注释发现了30个落粒候选基因,这些基因分别与植物激素信号调控(15个)、转录因子(7个)、水解酶活性(6个)及木质素合成(2个)等相关。4、采用SLAF技术对包含213份种质的老芒麦关联群体进行了测序,结合落粒等15个表型性状进行全基因组关联分析。SNP连锁不平衡分析结果显示,老芒麦LD(linkage disequilibrium)衰减较快,衰减距离为0.291kb,供试材料亲缘关系较弱,适用于全基因组关联分析。连续两年在田间对落粒率等关键表型性状观测表明,不同性状间存在较大的遗传变异,平均变异系数为30.49%,其中落粒率遗传力为85.13%。关联分析共检测到41个与落粒相关的显着性位点,平均解释26.3%的表型变异。在这些位点上注释到14个落粒相关候选基因,主要与半乳糖醛酸酶、水解酶、细胞分裂素葡萄糖基转移酶等调控相关。此外,在种子和产量相关性状中分别检测到66个和1,715个显着性位点,分别注释到与种子性状相关的候选基因31个,与产量性状相关的候选基因110个。
黄宣凯,唐玲玲,宋岩,王佳辉,张宝荣,高圣玥[3](2016)在《猪基因组核苷酸多态性研究与应用》文中提出基因组核苷酸多态性广泛应用于构建遗传连锁图谱与基因定位、标记辅助选择、遗传多样性评估及性别鉴定等研究。随着猪基因组计划的实施,猪基因组核苷酸多态性已广泛应用于猪育种领域。现对基因组核苷酸在猪育种研究中的应用作一综述。
贺希文[4](2016)在《加系SPF大白和长白猪群体遗传学分析与SLA单倍型的初步筛选》文中进行了进一步梳理本试验首先采用19对微卫星引物对中国农业科学院哈尔滨兽医研究所从加拿大引进100头无猪瘟、猪繁殖与呼吸综合征、猪传染性胃肠炎、猪流感等病原体的SPF猪进行了群体遗传学检测。其次,又对大白猪和长白猪的二元杂交后代大长和长大猪进行了群体遗传学检测。最后,再利用低分辨率的PCR-SSP技术对大白猪和长白猪个体进行SLA基因单倍型初步筛选。总体研究探讨了SPF商品猪作为实验动物模型的可行性,研究结果如下:1.加系SPF大白猪和长白猪的19个微卫星位点均表现为高度多态,其中S0155、S0143、S0178、Sw857和Sw936位点等位基因在大白和长白两猪群中的分布差异显着(P<0.05),可作为该品种品种鉴定的候选位点。2.加系SPF大白猪和长白猪的平均杂合度(He)分别为0.6066和0.5877(介于0.50.7之间)。观测杂合度(Ho)和期望杂合度(He)分别为0.5875、0.5877和0.6156、0.6066,无差异(P>0.05),符合封闭群遗传学指标要求,可作为实验动物模型应用于猪病研究和疫苗制备。3.其后代二元杂交长大群体的平均杂合度为0.7322,大于0.7,不符合封闭群遗传学指标。除IGF1和S0218外,大长和长大群体的其他17个位点的基因型分化(Fit)均为负值,杂合度过剩,需要进一步选育。4.遗传结构和分化分析表明,大白猪和长白猪两个群体内分化较小,遗传结构稳定。5.2922、2992、2956、2952、3033、3065、5131、5132样品分选出8个SLA-1 BLANK(新的)等位基因。
贾春阳[5](2014)在《绵羊13号染色体生产相关性状的QTL定位》文中研究表明绵羊是人类较早驯化的家畜之一,但由于绵羊的一些特性,使得人们始终无法对其进行真正的现代化高效养殖。QTL是影响数量性状的一个染色体片段,是对某一数量性状有一定决定作用的单个基因或微效多基因簇。生长相关性状一般被认为是由微效多基因控制的数量性状,由于繁殖性状和体重性状为数量性状,可能受到微效基因控制,也有可能受到几对主效基因控制,加上环境效应的影响而表现连续的变异。本研究以来自于新疆生产建设兵团第九师165团的德国美利奴公羊(12只)与中国美利奴母羊(600只)杂交,从F1代选出公羊5只与母羊300只进行杂交,共累计产生有性状记录的F2代150只为群体。体尺性状体高、体斜长、胸宽、腰角宽、体重,繁殖性状初生重和产羔数。选取来自13号染色体上多态性好,等位基因多的10个微卫星标记,对体尺性状和繁殖性状进行关联分析,并且绘制了13号染色体遗传连锁图谱,对于性状差异显着进行了QTL定位。研究内容和结果如下:(1)以德国美利奴公羊为父本中国美利奴为母本,构建了F2代参考群体150只,并与亲代进行比较,其亲代与F2代在成年体重和羔羊初生重上有显着差异。说明这两个性状在后代出现了分离,此群体可以用于连锁图谱的构建和QTL定位分析。并以DNA提取、PCR和电泳技术为基础,对表型性状和基因型的统计分析,本研究所选10个微卫星在实验群体中共发现有50个等位基因,平均等位基因为5个,其中最多的是SCYAMS、BL1071,为7个,最少的是BMS1669,为2个。扩增的等位基因长度在109326bp之间,本研究所得结果为:10个所选微卫星标记中有9个呈现高度多态性,1个呈现中度多态性,为绵羊13号染色体遗传连锁图谱的构建和QTL定位提供了保障。(2)繁殖性状和体尺性状表型值差异的F统计检验:在本试验所建参考家系中,在绵羊第13号染色体的微卫星标记TGLA6和标记BMC1222之间检测到可能存在绵羊繁殖性状中影响绵羊初生重的QTL位点,具体位置在13号染色体的15.3cM处,经F检验达到了显着水平(P<0.05),距BMC1222约4.8cM;在绵羊第13号染色体的微卫星标记MCMA2和标记MCM253之间检测到可能存在绵羊体尺性状中影响绵羊成年体重的QTL位点,具体位置在13号染色体的74cM处,经F检验达到了显着水平(P<0.05),距MCM253约3.5cM。(3)利用crimap2.4连锁图谱构建的方法和GRIDQTL在线软件绘制了13号染色体的遗传连锁图谱并对初生重和成年体重进行了QTL定位。在绵羊13号染色体上15.3cM处检测到一个影响绵羊初生重的繁殖性状QTL,74cM处检测到一个影响绵羊成年体重的体尺性状QTL。
刘龙腾[6](2014)在《绵羊18号染色体繁殖与体重相关性状的QTL定位分析》文中研究指明绵羊的繁殖性状和体重性状是主要经济性状,受到国内外研究者的关注。繁殖性状和体重性状为数量性状,可能受到微效基因控制,也有可能受到几对主效基因控制,加上环境效应的影响而表现连续的变异。从遗传学角度来讲,绵羊繁殖性状属于低遗传力性状,遗传力为0.125,通过获得遗传进展的传统选择方法速度较慢,而通过标记性辅助选择进行早期选种,可以解决这一难题。现在对绵羊繁殖性状的研究主要是以主效基因作为研究对象,通过对主效基因筛选和标记辅助选择,实现在短期内达到育种的目标。因此本研究以来自于新建建设兵团第九师165团,德国美利奴公羊(12只)与中国美利奴母羊(600只)杂交,从F1代选出公羊5只与母羊300只再进行杂交,共累计产生有性状记录的F2代150只为群体。繁殖性状两个性状,初生重和产羔数。体重性状5个表型性状,初生重和3、6、9月龄体重以及周岁体重。选取来自18号染色体上多态性好,等位基因多的9个微卫星标记,对繁殖性状和体重性状进行关联分析,并且绘制了18号染色体遗传连锁图谱,对于性状差异显着进行了QTL定位。研究内容和结果如下:(1)以德国美利奴公羊为父本中国美利奴为母本,构建了实验群体F2代150只,并与P代进行比较,其P代与F2代在产羔数和3月龄体重上有显着差异。说明此两个性状在后代出现了分离,此群体可以用于连锁图谱的构建和QTL定位。(2)在构建的实验群体由于一些个体的亲缘关系不能确定,因此对其做了亲子鉴定。本试验采用微卫星DNA分子标记的方法,通过对132只父系半同胞中国美利奴羊在BM4621、BM143、OarHH55、OarJMP8、BM6438、BM6506、BM1824、OarDB6、ILSTS0049个微卫星位点的分析,计算出了中国美利奴羊在这9个位点的等位基因频率及其分布规律,这9个微卫星位点均表现为高度或中度多态性,并对其中7组亲子进行了亲子鉴定。结果表明,这9个微卫星位点在试验选择的7组亲子中,获得了99.98%~99.99%的父权概率,完善了群体的系谱资料。连锁图谱的构建和QTL定位奠定了基础。(3)以DNA提取、PCR和电泳技术为基础,对表型性状和基因型的统计分析,这9个微卫星在实验群体中共发现有47个等位基因,平均等位基因为5.22个,其中最多的是TGLA122为7个,BMS3413、CSSM018OV、CSAP28E为6个,BMS1561和MCM148为5个,BMS2815、TGLA337和BMS1494为4个。扩增的等位基因长度在97237bp之间。本实验所研究的结果为:这9个微卫星标记多态信息含量高,有6个微卫星呈现为高度多态性,3个呈现中度多态性。(4)繁殖性状和体重性状表型值差异的F统计检验:在繁殖性状上,有两个标记紧密连锁BMS2815和TGLA337与羔羊产羔数存在显着差异P<0.05,在这两个标记之间可能存在一个影响产羔数的QTL。在体重性状上,也有两个紧密连锁的标记BMS1561和CSSM0180V与绵羊3月龄重有显着差异P<0.05,在这两个标记见也有可能存在一个影响3月龄重的QTL。(5)利用crimap2.4连锁图谱构建的方法和GRIDQTL。绘制了18号染色体的遗传连锁图谱,以及对产羔数和3月龄体重进行了QTL定位。在绵羊繁殖性状上,在18号染色体上56cM处检测到一个影响绵羊产羔数的QTL。在所构建群体的体重性状上,有一个影响绵羊3月龄体重的QTL在100cM。
张文祥[7](2014)在《绵羊非繁殖季节产羔性状的QTL分析》文中认为绵羊季节产羔导致母羊利用率低下,这是现代绵羊高效养殖的一个瓶颈。国内外研究表明绵羊产羔性状是受多基因控制的数量性状,其遗传力相对较低。运用常规的育种技术来进行改良,周期比较长,且难以进行早期选择。定位绵羊非繁殖季节产羔性状的QTL,为利用分子育种解决这一难题提供了可行方案。本研究以常年发情的德国肉用美利奴羊为父本、季节性发情的中国美利奴羊为母本,产生杂交F1,通过F1公羊与母羊互交产生在非繁殖季节产羔性状方面存在差异的F2,构建了用于绵羊非繁殖季节产羔性状QTL分析的资源群体。利用微卫星和自主开发的绵羊EST-SSR,构建了资源群体的连锁图谱。通过测定非繁殖季节母羊血清中孕酮分泌量的变化及对母羊非繁殖季节产羔能力的评分,利用最小二乘线性回归分析,运行GRIDQTL软件对绵羊非繁殖季节性状相关的QTL进行定位分析,为绵羊非繁殖季节产羔性状主效基因的定位及相关基因的分析奠定基础。试验取得的结果如下:1.本研究选用德国肉用美利奴公羊20只与季节性发情的中美母羊2200只作为亲本,进行杂交试验,获得F1留种公羊20只,母羊1850只,F2母羊490只、BC160只,合计4740只绵羊,构建了针对绵羊季节繁殖性状的大样本参考家系。2.对中国美利奴羊发情期和乏情期血清中E2、LH、P4的浓度进行了测定。结果表明:在非繁殖季节,E2的浓度维持在较低的水平,平均浓度在9.99-12.83pg.mL-1,低于繁殖季节发情24小时内的18.47-19.54pg.mL-1;在非繁殖季节,LH的浓度在1.0ng/ml上下波动,没有发情周期中排卵峰的出现;非繁殖季节P4的含量保持在较低水平,平均浓度在0.25-0.29ng/ml之间。3.通过测定血清中孕酮的浓度对F2母羊在非繁殖季节的产羔能力进行评估。结果表明:158只F2母羊中未检测到孕酮周期变化个体为60只,出现不规律变化的个体为22只,检测到1次和2次孕酮分泌周期变化的母羊只数分别为35和30只,检测到3次孕酮周期变化的为11只。孕酮的周期性变化提示在非繁殖季节母羊具有排卵的能力,F2母羊个体在非繁殖季节发情排卵方面存在差异。4.从绵羊脑、卵巢EST中寻找多态的EST-SSR标记,同时与母羊产羔数和初生重进行关联分析,结果表明:选择合成的6对绵羊脑、卵巢源EST-SSR多态位点在供试群体中共检测到23个等位基因,群体杂合度在0.5851-0.7766,PIC值均大于0.5属于高度多态位点,其中EST622,EST463,EST561位点的基因型分布处于哈代温伯格平衡状态。与繁殖性状关联分析表明6个EST-SSR标记位点不同基因型间达到了显着(P<0.05)或极显着水平(P<0.01),EST418位点与羔羊平均初生重和总初生重关联;EST463和EST122位点分别与羔羊总初生重、产羔数关联;EST622和EST561位点与总初生重关联;EST182位点与产羔数关联。提示6个EST-SSR标记位点可能与控制绵羊繁殖性状的基因座紧密连锁。5.选用资源家系F2母羊158只,包括F1及亲本共计460只个体,选择107个微卫星位点和2个EST-SSR位点,利用Crimap2.4构建群体的遗传连锁图谱。结果表明:构建了包括1、2、4、5、6、7、8、12、13、16、19、20、25号染色体连锁群共计13条遗传连锁图谱,图谱总长度总长度为1738.4cM;各连锁群长度在69.9-250.4CM之间,不同连锁群上的标记数在5-12个。与ncbi报道的绵羊SM4.7对比,标记间顺序基本一致。6.根据非繁殖季节公羊试情结果和血清中孕酮变化规律,结合产羔情况,对F2母羊非繁殖季节产羔能力进行评分,运行GridQTL软件定位影响绵羊非繁殖季节产羔能力和孕酮周期变化数的QTL。结果表明:影响绵羊非繁殖季节产羔能力的QTL定位于1、2、19号染色体,影响绵羊非繁殖季节孕酮周期数的QTL定位于25号染色体,F检验均达到5%的染色体水平显着。
陈华丽[8](2013)在《四川省绵羊资源的发掘与评估初探》文中提出本试验通过文献资料整理以及绵羊生产性能测定对四川省的绵羊资源状况初步做了整合。川西南山地区主要分布有山地型藏绵羊和凉山半细毛羊,还有在布拖新发现的纯黑色的基因资源(暂名-布拖黑绵羊);西部高原区主要分布有藏羊品种中的高原型、山谷型绵羊以及贾洛藏绵羊。凉山半细毛羊纯种繁殖和改良当地羊表现良好,贾洛藏绵羊改良欧拉羊、甘加羊等草地型藏绵羊效果较好。山谷型西藏羊具有独特的生物学特性,其中在凉山州布拖县分布的布拖黑绵羊研究甚少。本试验在凉山随机选取凉山半细毛羊改良羊(凉山半细毛羊和山谷型藏绵羊的杂交一代)和布拖黑绵羊的母羊各五只,并对这两种羊的生长发育、屠宰性能、羊肉品质、常规营养、矿物质、氨基酸、脂肪酸、挥发性风味物质等进行分析。实验结果发现:凉山半细毛羊改良羊的生长发育指标除管围之外均比布拖黑绵羊要高。屠宰性能和羊肉品质方面,除眼肌面积和肌纤维直径外凉山半细毛羊改良羊均大于布拖黑绵羊。凉山半细毛羊改良羊的初水份、粗脂肪和热解值稍高于布拖黑绵羊,其他常规营养则少于布拖黑绵羊。布拖黑绵羊的铁、锌、钠、镁含量低于凉山半细毛羊改良羊;其余含量布拖黑绵羊较高。两种资源氨基酸含量丰富,在非必需氨基酸中,除胱氨酸外,布拖黑绵羊含量稍高于凉山半细毛羊改良羊;必需氨基酸中,布拖黑绵羊精氨酸、色氨酸、缬氨酸的含量稍高于凉山半细毛羊改良羊,其他必需氨基酸成分则低于凉山半细毛羊改良羊。凉山半细毛羊改良羊各种必需氨基酸含量占蛋白质的比例总体高于布拖黑绵羊(精氨酸除外)。布拖黑绵羊及凉山半细毛羊改良羊的脂肪酸主要由豆蔻酸、棕榈酸、棕榈烯酸、硬脂酸、油酸、亚油酸、花生酸和亚麻酸等构成。两种资源的主要挥发性成分为己醛、庚醛、1-辛烯-3-醇、2-戊基呋喃、2,3-辛二酮、辛醛、苯甲醛、壬醛等,不同羊只存在个体差异;布拖黑绵羊中检测到48种挥发性化合物,凉山半细毛羊改良羊中检测到56种挥发性化合物,两种绵羊挥发性成分中占主要地位的可能是对肉品风味贡献较大的醛类。四川省曾经引进的11个品种适应性总体较好。现有资料的整理中,各品种绵羊资源多数体质结实、结构匀称。生理生化指标有所差异,凉山半细毛羊呼吸数较高,罗姆尼羊的红细胞数含量相对最高,小尾寒羊血液中球蛋白含量、白细胞数和血清总蛋白含量相对较高;生长发育方面贾洛藏绵羊和凉山半细毛羊在本地羊中比较占优势,引入品种生长发育指标总体较好;繁殖性能方面凉山半细毛羊及引入品种较好;产肉性能方面贾洛藏绵羊、小尾寒羊和罗姆尼羊较好;培育品种凉山半细毛羊及引入品种苏联美利奴羊、高加索细毛羊、林肯羊、考力代羊的产毛性能较好,其中苏联美利奴羊剪毛量最高;高原型西藏羊、湖羊和小尾寒羊有较高的皮用价值。四川省绵羊资源的遗传多样性较丰富,其中西藏羊、凉山半细毛羊、新疆细毛羊、湖羊和小尾寒羊多样性研究最多,加上一些没有搜集到的以及尚未研究的遗传多样性,四川绵羊资源有很大的发掘和评估价值。目前,四川省绵羊资源调查描述表格的设计已经完成,对已经存在的品种资源进行了试填,四川省绵羊资源监测系统建设需在此基础上进一步完善,课题组将继续对四川省绵羊资源的发掘、评估与利用做进一步研究。
荆胜利[9](2012)在《褐飞虱微卫星标记的开发与遗传连锁图谱的构建》文中进行了进一步梳理褐飞虱(Nilaparvata lugens Stal, Hemiptera:Delphacidae)是一种重要的水稻害虫,它可以直接取食或将病菌和病毒传给水稻,从而给粮食生产带来巨大损失。目前,由于能克服寄主抗性的新褐飞虱致害性群体出现,导致其危害越来越严重。从分子遗传学角度研究褐飞虱,能够揭示致害性种群遗传变异规律。分子标记对于遗传多样性和群体遗传结构研究来说是非常有用的工具。本研究采用两种不同方法开发褐飞虱的微卫星分子标记,并使用这些标记对褐飞虱进行遗传多样性分析和遗传连锁图谱构建。此外,对抗性水稻品种Pokkali的抗褐飞虱主效基因Bph9进行了定位研究。第一种方法是利用EST (expressed sequence tag,表达序列标签)数据库开发微卫星或简单重复序列(SSR)分子标记。从日本褐飞虱EST数据库获得的12303条序列中,一共检测出1969个SSRs,且每3.91kb的长度范围内将会出现一个SSR,这些结果表明褐飞虱EST序列中富含简单重复序列。在五种重复序列类型中,三碱基含量最为丰富,占所检测SSRs总数的67.39%。不同种类的SSR基序均有分布,其中含量最丰富的三碱基和二碱基基序分别是AAT和AG,而富含GC的基序数目较少。一共开发了351个EST-SSR分子标记,并且它们在四种不同的褐飞虱群体中均能获得清晰DNA带型。同时,这些标记在近缘物种伪褐飞虱(N. muiri)的跨种扩增成功率(92.3%)表明它们具有较高的跨物种通用性水平。然后,用61个多态性SSR标记分析了四种褐飞虱群体的遗传多样性水平和群体遗传结构。结果发现饲养于感性水稻品种TN1上的生物型1的遗传多样性水平低于那些饲养于抗性水稻品种上的其他三种致害性群体。非加权组平均法(UPGMA)聚类分析和主成分分析(PCoA)结果表明源自于同一个群体的个体被聚到了一个分支内,并且群体间的遗传关系与寄主水稻品种的抗性水平高低有关。分子方差分析(AMOVA)揭示出在不同的褐飞虱群体中存在与水稻寄主抗性相关的遗传分化。第二种方法是采用FIASCO (Fast Isolation by AFLP of Sequence Containing Repeats)法构建微卫星富集文库筛选获得含SSR的序列,进而开发褐飞虱基因组SSR标记。本研究构建了(AG)13、(AC)13和(AAG)g三个富集基因组文库。对随机挑取的390个阳性克隆进行测序分析后,发现151条序列包含微卫星重复序列且可以用于引物设计,最终获得了236对引物。在来源于(AG)13文库的96对引物中,有80对获得了扩增产物。最后,用17个具有多态性的SSR标记对采集于武夷山的褐飞虱自然群体进行了遗传多样性研究。结果显示:这些标记在此群体中有3到28个等位基因,每个位点的平均等位基因数口为17.3;它们的预期和观测杂合度分别在0.157-0.959之间与在0.167-1.000之间变化:从而表明褐飞虱自然群体具有较高的遗传多样性水平。同时,这些标记在近缘物种伪褐飞虱(N. muiri)中的跨种扩增均能获得清晰条带,表明它们具有极高的跨物种通用性水平。以生物型1和生物型2的雌雄成虫为亲本,分别构建包含154个体的F1群体(TM6)和包含51个体的F1群体(MT5)为作图群体,并用336个多态性SSR标记在这两个群体中进行基因型分析获得数据。使用JoinMap4作图软件对数据进行连锁分析,最后用MapChart2.2软件绘制连锁群。为了提高图谱的解析度(resolution)先分别构建两个作图群体各自的连锁图谱再将其进行整合。在TM6群体连锁图谱中含有265个SSR标记,由17个连锁群构成,图谱总长度为813.4cM,图谱覆盖率为86.4%;在MT5群体的连锁图谱中含有236个SSR标记,由16个连锁群构成,图谱总长度为794.0cM,图谱覆盖率为86.2%。在褐飞虱整合连锁图谱中,一共含有314个SSR标记,由14个连锁群构成,这与褐飞虱的常染色体数目相对应。整合图谱总长度为797.8cM,每个连锁群的标记数目和平均图距分别在2到60之间和在1.0cM到4.5cM之间变化,图谱的平均图距为2.5cM,图谱覆盖率为90.7%。在前人的研究中,将抗褐飞虱基因Bph9初步定位于水稻第12号染色体的长臂端,然而关于此基因的精细定位和克隆尚未见详细报道。本研究用抗性亲本Pokkali和感性亲本9311构建了F2定位群体,采用苗期集团法分别在武汉和海南对136个F2:3家系进行抗褐飞虱表型鉴定并获得相对应的抗性值,结果显示高抗、中抗与感性家系的分离比为1:2:1(武汉:31:63:42,χc2=2.9<χ20.05,2=5.99:海南:42:60:34,χc2=3.1<χ20.05,2=5.99)。从而表明在Pokkali中存在单个显性基因控制着F2群体中各单株的抗性分布。然后用集团分离分析法筛选与抗性基因连锁标记,构建部分连锁图并进行QTL扫描。最终,将抗性基因Bph9定位在第12号染色体RM403和RM4557两标记之间,其遗传距离为0.3cM,物理距离约250kb(按日本晴序列的物理距离)。Bph9基因在F2定位群体中解释了77.8%的抗褐飞虱表型变异。
王敏[10](2011)在《绒山羊11号染色体遗传连锁图谱的构建》文中认为本研究利用内蒙古白绒山羊的5个父系半同胞家系共632个个体,分析了绒山羊基因组第11号染色体上7个微卫星标记的等位基因频率、多态信息含量和群体杂合度,构建了11号染色体遗传连锁框架图谱。建立了包含有完备的系谱记录和详细的生产性能记录的2799只内蒙古白绒山羊的DNA样品库,可以用于多种数量遗传学和分子遗传学研究。7个微卫星标记位点标记都呈现高度多态性,杂合度处于0.5886~0.9348之间,该5个家系的平均杂合度为0.8612,多态信息含量为0.7712~0.8990,平均多态信息含量为0.8472。证明当用Cervus3.0进行内蒙古白绒山羊群体亲子鉴定和系谱验证时,用本试验采用的具有高度多态性的7个微卫星标记,采用5个标记的累计非父排除率就可以达到97.30%,采用7个标记可以达到99.93%。本实验进行系谱验证时,当置信度为95%,最终采用5个家系中的632个个体通过系谱验证。经系谱确认分析,五个家系置信度分别为98.3%、96.6%、95.6%、96.1%和97.0%,达到了作图群体的要求,家系中的个体数从89到172不等。本实验构建的内蒙古白绒山羊11号染色体连锁框架图总长度为101.9cM,标记平均间距为16.99cM。其中标记ILSTS028与INRA108间距最大,为41.2cM,而ILSTS049和INRA131间距最小,为5.1cM,结果绘制成连锁图。本实验构建的连锁图谱与Vaiman等(1996)构建山羊的低分辨率连锁图谱差异显着;与英国罗斯林研究所公布的SM4.7(2007)绵羊该7个标记顺序完全相同,图距稍有差异。
二、猪1、3号染色体微卫星位点多态性及遗传连锁图谱的构建(论文开题报告)
(1)论文研究背景及目的
此处内容要求:
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景,再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题,并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例:
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
(2)本文研究方法
调查法:该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法:用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法:通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法:通过调查文献来获得资料,从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法:依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法:对研究对象进行“质”的方面的研究,这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法:通过具体的数字,使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法:运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法:这是社会科学用来分析社会现象的一种方法,从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法:通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、猪1、3号染色体微卫星位点多态性及遗传连锁图谱的构建(论文提纲范文)
(1)熊本牡蛎(Crassostrea sikamea)微卫星标记开发,野生及养殖群体遗传多样性分析(论文提纲范文)
中文摘要 |
英文摘要 |
第一章 综述 |
1.1 熊本牡蛎研究进展 |
1.1.1 牡蛎研究概况 |
1.1.2 熊本牡蛎研究概况 |
1.2 微卫星标记及应用 |
1.2.1 微卫星标记概况 |
1.2.2 微卫星标记的制备方法 |
1.2.3 微卫星标记在遗传学上的应用 |
1.2.4 微卫星分子标记的检测方法 |
1.3 研究目的及意义 |
第二章 基于磁珠富集法开发熊本牡蛎微卫星标记 |
2.1 引言 |
2.2 材料与方法 |
2.2.1 实验材料 |
2.2.2 实验方法 |
2.3 研究结果 |
2.3.1 牡蛎基因组DNA的提取 |
2.3.2 牡蛎样品的分子鉴定 |
2.3.3 熊本牡蛎DNA的酶切 |
2.3.4 微卫星富集文库的阳性克隆筛选 |
2.3.5 测序序列分析及微卫星引物设计 |
2.3.6 熊本牡蛎微卫星标记筛选结果 |
2.3.7 微卫星位点的多态性分析 |
2.4 讨论 |
2.4.1 磁珠富集法开发熊本牡蛎微卫星分子标记的优点 |
2.4.2 磁珠富集法开发熊本牡蛎微卫星分子标记的步骤优化 |
第三章 熊本牡蛎养殖、野生群体遗传多样性分析 |
3.1 引言 |
3.2 材料与方法 |
3.2.1 实验材料 |
3.2.2 实验方法 |
3.3 实验结果 |
3.3.1 个体鉴定结果 |
3.3.2 群体遗传多样性分析结果 |
3.4 讨论 |
第四章 结论 |
参考文献 |
附录:作者攻读硕士学位期间发表论文及科研情况 |
致谢 |
(2)老芒麦高密度遗传图谱构建及落粒相关基因QTL定位(论文提纲范文)
中文摘要 |
Abstract |
第一章 引言 |
第二章 国内外研究进展 |
2.1 遗传多样性及DNA分子标记研究进展 |
2.1.1 遗传多样性概述及研究方法 |
2.1.2 DNA分子标记的类型 |
2.1.3 DNA分子标记的应用 |
2.1.4 披碱草属植物遗传进化研究 |
2.1.5 老芒麦遗传多样性研究 |
2.2 DNA测序技术原理及研究进展 |
2.3 遗传图谱构建及QLT定位 |
2.3.1 遗传作图原理与方法 |
2.3.2 QTL作图原理与方法 |
2.3.3 牧草遗传连锁图谱构建及重要农艺性状QTL定位研究进展 |
2.4 全基因组关联分析 |
2.4.1 关联分析的基础、优势和策略 |
2.4.2 牧草重要农艺性状全基因组关联分析研究进展 |
2.5 落粒性状及禾本科牧草落粒研究进展 |
2.5.1 植物器官脱落的解剖学基础 |
2.5.2 植物器官脱落的生理基础 |
2.5.3 落粒基因研究进展 |
2.5.4 禾本科牧草落粒研究进展 |
2.6 老芒麦育种研究概况 |
2.7 本研究的目的意义及技术路线 |
2.7.1 目的及意义 |
2.7.2 技术路线 |
第三章 老芒麦EST-SSR分子标记开发与应用 |
3.1 前言 |
3.2 材料与方法 |
3.2.1 供试材料 |
3.2.2 EST-SSR分子标记识别 |
3.2.3 DNA提取及浓度检测 |
3.2.4 PCR扩增及凝胶电泳 |
3.2.5 PCR扩增产物序列验证 |
3.2.6 数据处理 |
3.3 结果 |
3.3.1 EST-SSR的频率及分布 |
3.3.2 引物通用性及多态性分析 |
3.3.3 PCR产物验证 |
3.3.4 披碱草属遗传多样性分析 |
3.3.5 披碱草属遗传结构和遗传进化分析 |
3.4 讨论 |
3.4.1 基于转录组测序的老芒麦EST-SSR分子标记开发 |
3.4.2 披碱草属不同基因组材料的遗传进化关系 |
3.4.3 种质资源保存策略 |
第四章 老芒麦种质资源遗传多样性评价与作图群体构建 |
4.1 前言 |
4.2 材料与方法 |
4.2.1 供试材料 |
4.2.2 试验地概况 |
4.2.3 表型观测项目及方法 |
4.2.4 DNA提取及PCR扩增 |
4.2.5 数据处理 |
4.3 结果 |
4.3.1 老芒麦种质资源落粒性评价 |
4.3.2 EST-SSR标记多态性及老芒麦遗传多样性分析 |
4.3.3 遗传图谱作图亲本选择 |
4.3.4 F_1群体构建及其遗传和表型变异评价 |
4.4 讨论 |
4.4.1 老芒麦遗传多样性 |
4.4.2 老芒麦落粒性遗传改良 |
第五章 老芒麦高密度遗传图谱构建与落粒QTL定位 |
5.1 前言 |
5.2 材料与方法 |
5.2.1 供试材料 |
5.2.2 试验地概况 |
5.2.3 表型观测项目及方法 |
5.2.4 基因组DNA提取、SLAF文库构建及高通量测序 |
5.2.5 高密度遗传图谱构建 |
5.2.6 落粒相关性状QTL分析 |
5.2.7 候选基因挖掘 |
5.3 结果 |
5.3.1 测序数据统计与评价 |
5.3.2 SLAF标签开发 |
5.3.3 遗传图谱构建 |
5.3.4 图谱质量评价 |
5.3.5 F_2群体表型变异 |
5.3.6 QTL作图及比较基因组分析 |
5.4 讨论 |
5.4.1 基于新一代基因组测序技术构建首张老芒麦高密度遗传图谱 |
5.4.2 老芒麦落粒性QLT位点检测 |
5.4.3 老芒麦落粒候选基因挖掘 |
第六章 老芒麦落粒性全基因组关联分析 |
6.1 前言 |
6.2 材料与方法 |
6.2.1 供试材料 |
6.2.2 试验地概况 |
6.2.3 表型观测项目及方法 |
6.2.4 基因组DNA提取、酶切建库、测序及SLAF标签开发 |
6.2.5 遗传进化、亲缘关系及连锁不平衡分析 |
6.2.6 全基因组关联分析 |
6.2.7 候选基因 |
6.3 结果 |
6.3.1 实验建库评估及测序数据统计 |
6.3.2 SLAF标签开发及SNP信息统计 |
6.3.3 连锁不平衡和亲缘关系分析 |
6.3.4 遗传进化分析 |
6.3.5 表型性状评价及相关性分析 |
6.3.6 关联分析 |
6.3.6.1 老芒麦落粒性关联分析及候选基因挖掘 |
6.3.6.2 老芒麦种子相关性状关联分析及候选基因挖掘 |
6.3.6.3 老芒麦产量相关性状关联分析及候选基因挖掘 |
6.4 讨论 |
6.4.1 连锁不平衡与群体结构 |
6.4.2 表型多样性与关联分析 |
6.4.3 落粒候选基因挖掘 |
第七章 结论与创新点 |
7.1 结论 |
7.2 主要创新点 |
7.3 展望 |
参考文献 |
附表 |
附图 |
缩略词表 |
在学期间参与的科研项目 |
在学期间的研究成果 |
在学期间获得的荣誉 |
致谢 |
(3)猪基因组核苷酸多态性研究与应用(论文提纲范文)
1核苷酸多态性的类型和特点 |
2核苷酸多态性在猪育种中的研究与应用 |
2.1遗传基因连锁图谱的构建与基因定位 |
2.2标记辅助选择 |
2.3群体亲缘关系分析 |
2.4遗传多样性的研究 |
3小结 |
(4)加系SPF大白和长白猪群体遗传学分析与SLA单倍型的初步筛选(论文提纲范文)
摘要 |
Summary |
英文缩略 |
第一章 前言 |
1.1 微卫星的特点及多态性 |
1.1.1 微卫星的特点 |
1.1.2 微卫星的多态性 |
1.2 微卫星标记及其应用 |
1.2.1 基因定位与QTL |
1.2.2 遗传结构分析 |
1.2.3 遗传图谱分析 |
1.2.4 DNA指纹图谱 |
1.2.5 亲缘鉴定 |
1.3 SLA的研究进展 |
1.4 SLA基因结构与遗传特点 |
1.4.1 SLA基因的结构 |
1.4.2 SLA基因的遗传特点 |
1.5 SLA基因的分型方法 |
1.5.1 血清学分型法 |
1.5.2 细胞学分型法 |
1.5.3 PCR-RFLP |
1.5.4 PCR-SSCP法 |
1.5.5 PCR-SSP法 |
1.5.6 PCR-SBT法 |
1.5.7 PCR-GSBT法 |
1.6 研究目的与意义 |
第二章 加系SPF大白和长白猪群体遗传学分析 |
2.1 试验材料 |
2.1.1 样本信息 |
2.1.2 主要仪器设备 |
2.1.3 主要试剂 |
2.1.4 主要试剂配制 |
2.2 试验方法 |
2.2.1 DNA提取 |
2.2.2 微卫星引物 |
2.2.3 PCR反应条件和体系 |
2.2.4 PCR产物检测 |
2.3 统计分析 |
2.3.1 微卫星的多样性分析 |
2.3.2 遗传分化分析 |
2.3.3 群体结构分析 |
2.4 结果与分析 |
2.4.1 基因组DNA提取结果 |
2.4.2 Gene Mapper检测结果 |
2.4.3 多样性检测结果 |
2.4.4 杂合度和多态信息含量分析 |
2.4.5 遗传结构与分化检测 |
第三章 SPF大长和长大猪群体遗传结构分析 |
3.1 试验材料 |
3.1.1 样本信息 |
3.1.2 主要仪器设备 |
3.1.3 主要试剂 |
3.1.4 主要试剂配制 |
3.2 试验方法 |
3.3 统计分析 |
3.4 结果与分析 |
3.4.1 基因组DNA提取结果 |
3.4.2 Gene Mapper检测结果 |
3.4.3 多样性检测结果 |
3.4.4 杂合度和多态信息含量分析 |
3.4.5 遗传结构与分化检测 |
第四章 加系SPF大白和长白猪SLA单倍型的初筛选 |
4.1 试验材料 |
4.1.1 试验材料 |
4.2 试验方法 |
4.2.1 DNA提取 |
4.2.2 PCR-SSP引物 |
4.2.3 PCR反应条件和体系 |
4.2.4 PCR扩增产物检测 |
4.2.5 等位基因判型 |
4.3 结果与分析 |
4.3.1 PCR扩增 |
4.3.2 SLA单倍型初步筛选结果 |
第五章 讨论 |
5.1 微卫星DNA型的准确判断 |
5.2 PCR-SSP等位基因的判定 |
5.3 群体等位基因多样性 |
5.4 群体杂合度和多态信息含量 |
5.5 群体的遗传分化与变异 |
5.6 SLA单倍型分析 |
第六章 结论 |
附录 |
附录1 主要仪器设备 |
附录2 主要试剂 |
附录3 主要试剂配制 |
附录4 SLA I类基因型分型引物的详细信息 |
附录5 SLA II类基因型分型引物的详细信息 |
参考文献 |
作者简介 |
导师简介 |
致谢 |
(5)绵羊13号染色体生产相关性状的QTL定位(论文提纲范文)
石河子大学硕士研究生学位论文导师评阅表 |
摘要 |
Abstract |
本文部分缩写的中英文对照 |
前言 |
第一章 文献综述 |
1. 绵羊的起源 |
2. 实验羊品种简介 |
2.1 中国美利奴棉羊(Chinese Merino) |
2.2 德国美利奴羊(Germany Merino) |
3. QTL 定位的试验设计中参考家系的构建 |
3.1 参考家系构建的设计方案 |
3.2 参考家系构建概述 |
3.3 资源群体中对遗传标记的分析处理 |
3.4 资源群体在绵羊构建绵羊基因组遗传图谱中的应用 |
3.5 参考家系构建的研究进展 |
4. 分子遗传标记的研究进展 |
4.1 遗传标记的概念 |
4.2 分子遗传标记的分类 |
5. 微卫星标记 |
5.1 微卫星标记的原理 |
5.2 微卫星标记的特点 |
5.3 微卫星标记分析 |
5.4 微卫星标记的在畜禽育种中的应用 |
5.5 微卫星 DNA(SSRs)遗传标记技术的发展 |
6. QTL 分析 |
6.1 QTL 的定义 |
6.2 QTL 定位的试验设计 |
6.3 QTL 定位的前提 |
6.4 QTL 的检测 |
6.5 QTL 定位的常用方法 |
6.6 分析软件及网络资源 |
6.7 绵羊重要经济性状 QTLs 的研究策略 |
7. 绵羊生产相关性状的研究进展 |
7.1 生长性状 |
7.2 繁殖性状 |
7.3 毛性状 |
7.4 其它性状 |
8. 绵羊遗传连锁图谱的构建及相关研究现状 |
8.1 绵羊遗传连锁图谱的构建 |
8.2 绵羊基因组遗传连锁图研究进展 |
第二章 参考家系的构建与表型分析 |
1. 参考家系杂交群体的选择 |
1.1 德国肉用美利奴公羊 |
1.2 中国美利奴母羊 |
1.3 参考家系杂交群体父本、母本主要生产性状的差异比较 |
2. 构建 QTL 定位参考家系 |
2.1 资源群体的大小及示意图 |
2.2 资源群体表型及测定方法 |
3. 参考家系中生产相关性状的遗传分析 |
3.1 P 代与 F2 代分离群体的繁殖性状变异比较 |
3.2 P 代与 F2 代分离群体的体重性状变异比较 |
3.3 P 代与 F2 代分离群体的体重性状分布比较 |
4.中国美利奴羊遗传结构的分析 |
4.1 微卫星引物的选择 |
4.2 数据统计处理 |
4.3 群体遗传多样性的分析 |
4.4 群体的遗传变异 |
4.5 结论 |
5. 讨论 |
第三章 绵羊 13 号染色体微卫星标记与繁殖性状和体尺性状间的分析 |
1 材料与方法 |
1.1 所需实验材料 |
1.2 实验方法 |
2 统计分析 |
2.1 等位基因频率(Allele frequency) |
2.2 有效等位基因数(effective number of alleles,E) |
2.3 遗传杂合度(Heterozygosity,He) |
2.4 多态信息含量(Polymorphism information content, PIC) |
2.5 微卫星标记与生产性能的分析 |
3 结果与分析 |
3.1 部分 PCR 电泳图 |
3.2 等位基因频率、等位基因数和遗传参数 |
3.3 微卫星标记与繁殖性状和体尺性状的相关 |
3.4 不同基因型个体间繁殖性状和体尺性能的多重比较 |
4 讨论 |
第四章 绵羊 13 号染色体连锁图谱的构建与 QTL 分析 |
1 材料和方法 |
1.1 所需实验材料 |
1.2 实验方法 |
2 统计分析 |
3 结果与分析 |
3.1 PCR 电泳图 |
3.2 微卫星标记基因分型结果 |
4 绵羊 13 号染色体连锁图谱的构建 |
5 绵羊繁殖性状和体尺性状定位结果 |
5.1 参考家系体尺性状、繁殖性状的 QTL 分析结果 |
5.2 绵羊繁殖性状 QTL 定位结果 |
6 讨论 |
第五章 全文结论 |
创新点 |
参考文献 |
致谢 |
作者简介 |
(6)绵羊18号染色体繁殖与体重相关性状的QTL定位分析(论文提纲范文)
石河子大学硕士研究生学位论文导师评阅表 |
摘要 |
Abstract |
目录 |
本文部分缩写的中英文对照 |
前言 |
第一章 文献综述 |
1. QTL 定位的试验设计中参考家系的构建 |
1.1 参考家系构建的设计方案 |
1.2 参考家系构建概述 |
1.3 资源群体中对遗传标记的分析处理 |
1.4 资源群体在绵羊构建绵羊基因组遗传图谱中的应用 |
1.5 参考家系构建的研究进展 |
2. 繁殖性状主效基因的研究进展 |
2.1 国外研究概况 |
2.2 国内研究概况 |
3. 微卫星标记在羊品种遗传育种中的研究进展 |
3.1 微卫星 DNA 的遗传特点及结构 |
3.2 羊遗传育种中微卫星 DNA 的应用 |
4. 绵羊遗传连锁图谱的研究进展 |
4.1 绵羊连锁图谱的研究进展 |
4.2 绵羊基因组遗传连锁图研究进展 |
5. 绵羊 QTL 定位方法及其研究进展 |
5.1 QTL 定位方法 |
5.2 绵羊脂肪性状 QTL 进展 |
5.3 绵羊生长性状的 QTL 进展 |
5.4 绵羊羊毛性状的 QTL 进展 |
5.5 绵羊其他性状 QTL 进展 |
第二章 参考家系的构建与表型分析 |
1. 参考家系杂交群体的选择 |
1.1 德国肉用美利奴公羊 |
1.2 中国美利奴母羊 |
2. 构建 QTL 定位参考家系 |
2.1 资源群体的大小及示意图 |
2.2 资源群体表型测定方法 |
3. 参考家系中繁殖性状和体重性状的遗传分析 |
3.1 P 代与 F2代分离群体的繁殖性状变异比较 |
3.2 P 代与 F2代分离群体的体重性状变异比较 |
3.3 P 代与 F2代分离群体的体重性状分布比较 |
3.4 讨论 |
第三章 利用微卫星标记对绵羊进行亲子鉴定 |
1 材料与方法 |
1.1 试验血样制备及基因组 DNA 的提取 |
1.2 微卫星位点选择及引物合成 |
1.3 扩增产物的电泳检测 |
1.4 数据处理及统计方法 |
2 结果与分析 |
2.1 等位基因频率分布 |
2.2 9 个 STR 基因座的基因分型及计算结果 |
3 讨论 |
第四章 绵羊 18 号染色体微卫星标记与繁殖性状和体重性状间的分析 |
1 材料与方法 |
1.1 所需实验材料 |
1.2 实验方法 |
2 统计分析 |
2.1 等位基因频率(Allele frequency) |
2.2 有效等位基因数(effective number of alleles,E) |
2.3 遗传杂合度(Heterozygosity,He) |
2.4 多态信息含量(Polymorphism information content, PIC) |
2.5 微卫星标记与生产性能的分析 |
3 结果与分析 |
3.1 部分 PCR 电泳图 |
3.2 等位基因频率、等位基因数和遗传参数 |
3.3 微卫星标记与繁殖性状和体重性状的相关 |
3.4 不同基因型个体间繁殖性状和体重性能的多重比较 |
4 讨论 |
第五章 绵羊 18 号染色体连锁图谱的构建与 QTL 分析 |
1 材料和方法 |
1.1 所需实验材料 |
1.2 实验方法 |
2 统计分析 |
3 结果与分析 |
3.1 PCR 部分电泳图 |
3.2 微卫星标记基因分型结果 |
4 绵羊 18 号染色体连锁图谱的构建 |
5 绵羊繁殖性状和体重性状定位结果 |
5.1 绵羊繁殖性状的 QTL 定位结果 |
5.2 绵羊体重性状 QTL 定位结果 |
6 讨论 |
6.1 对绘制连锁图谱的讨论 |
6.2 对 QTL 定位的讨论 |
第六章 全文结论 |
创新点 |
参考文献 |
致谢 |
作者简介 |
(7)绵羊非繁殖季节产羔性状的QTL分析(论文提纲范文)
摘要 |
Abstract |
缩略词表 |
前言 |
第一章 文献综述 |
1 绵羊季节性繁殖及其调控机制 |
1.1 绵羊的繁殖季节 |
1.2 光周期对绵羊季节繁殖的作用机制 |
1.3 营养对季节性繁殖的作用机制 |
2 绵羊非季节性产羔性状的遗传变异及选育研究 |
2.1 绵羊非繁殖季节产羔性状的遗传变异 |
2.2 绵羊非季节产羔性状选育的研究 |
3 数量性状基因座(quantitative trait locus,QTL)定位 |
3.1 QTL 定位的试验设计 |
3.2 分子标记和遗传图谱构建 |
3.3 遗传图谱的构建 |
3.4 绵羊遗传连锁图谱的研究进展 |
3.5 QTL 定位方法 |
3.6 QTL 定位统计分析和阈值、置信区间的估计 |
4 绵羊繁殖相关基因及 QTL 定位的研究进展 |
4.1 绵羊季节性繁殖相关候选基因的研究 |
4.2 绵羊非繁殖季节产羔 QTL 的研究 |
第二章 绵羊资源群体的构建及非繁殖季节产羔能力分析 |
1 材料与方法 |
1.1 资源群体亲本品种简介 |
1.2 资源群体的构建方案 |
1.3 资源群体亲本与 F2母羊繁殖季节和非繁殖季节产羔能力测定 |
2 结果与分析 |
2.1 繁殖季节中国美利奴 E2、P4、LH 的标准曲线 |
2.2 非繁殖季节中国美利奴母羊发情鉴定和生殖激素分泌变化 |
2.3 非繁殖季节资源群体 F2母羊发情鉴定及孕激素分泌变化 |
3. 讨论 |
第三章 绵羊脑、卵巢源 EST-SSR 标记的开发及与产仔数和初生重的关联分析 |
1 材料与方法 |
1.1 样本采集及繁殖性能指标测定 |
1.2 EST-SSR 位点选择及 PCR 扩增、检测 |
1.3 数据统计分析 |
2 结果与分析 |
2.1 PCR 扩增产物基因分型结果 |
2.2 多态引物遗传参数分析统计 |
2.3 繁殖性状与标记位点的关联性分析 |
3 讨论 |
第四章 资源群体连锁图谱的构建及 QTL 作图 |
1.材料与方法 |
1.1 非繁殖季节产羔性状资源群体的选择 |
1.2 绵羊非繁殖季节产羔能力的鉴定 |
1.3 微卫星引物的合成 |
1.4 聚丙烯酰胺凝胶电泳不同条带的分析及判型标准 |
1.5 资源群体基因型的鉴定 |
1.6 QTL 定位群体连锁图谱的构建 |
1.7 绵羊非繁殖季节产羔能力和孕酮周期变化数的 QTL 分析 |
2. 结果与分析 |
2.1 F2母羊非繁殖季节产羔能力评分 |
2.2 多态微卫星位点部分聚丙烯酰胺凝胶电泳图 |
2.3 以回收片段 A-F 为模版聚丙烯酰胺凝胶电泳图和测序结果 |
2.4 微卫星位点遗传参数 |
2.5 资源群体遗传图谱的构建 |
2.7 绵羊非繁殖季节产羔性状 QTL 定位结果 |
3. 讨论 |
3.1 试验设计及群体检测 QTL 的有效性 |
3.2 聚丙烯酰胺凝胶电泳和微卫星影子带判型 |
3.3 关于绵羊遗传连锁图谱的构建 |
3.4 关于非繁殖季节产羔性状的 QTL 定位 |
4. 展望 |
全文总结 |
创新点 |
参考文献 |
致谢 |
作者简介及在学期间主要参与的研究项目、在学期间发表的文章 |
导师评阅表 |
附录 1 主要试剂配制方法 |
附录 2 遗传参数计算公式 |
(8)四川省绵羊资源的发掘与评估初探(论文提纲范文)
摘要 |
Abstract |
1. 文献综述 |
1.1 四川省现有绵羊资源现状 |
1.1.1 四川省绵羊的生产概况 |
1.1.2 四川省的绵羊种质资源 |
1.2 绵羊资源的遗传多样性 |
1.2.1 DNA分子水平的研究概况 |
1.2.2 分子标记的应用 |
1.3 绵羊生产性能及肉质研究的概况 |
1.3.1 绵羊生产性能研究概况 |
1.3.2 绵羊肉质的研究概况 |
1.4 绵羊的杂交改良研究概况 |
1.5 绵羊资源的研究发展趋势 |
1.5.1 绵羊品种资源的保护 |
1.5.2 绵羊资源的充分利用 |
1.6 本试验研究的目的意义 |
2. 材料与方法 |
2.1 试验材料 |
2.1.1 试验群体及方法 |
2.1.2 试验试剂及仪器 |
2.1.3 绵羊资源材料与方法 |
2.2 布拖黑绵羊与凉山半细毛羊改良羊生长发育及肉质比较分析方法 |
2.2.1 绵羊生长发育指标 |
2.2.2 绵羊屠宰性能测定 |
2.2.3 羊肉品质分析比较 |
2.2.4 常规营养成分分析 |
2.2.5 绵羊矿物质成分测定 |
2.2.6 羊肉氨基酸成分测定 |
2.2.7 羊肉脂肪成分测定 |
2.2.8 羊肉挥发性成分测定 |
2.3 四川省绵羊资源研究方法 |
3. 结果与分析 |
3.1 布拖黑绵羊与凉山半细毛羊改良羊生长发育和肉质比较试验结果分析 |
3.1.1 生长发育指标 |
3.1.2 屠宰性能和肉质分析 |
3.1.3 常规营养成分分析 |
3.1.4 氨基酸含量分析 |
3.1.5 矿物质含量分析 |
3.1.6 脂肪酸含量分析 |
3.1.7 挥发性成分分析 |
3.2 四川省绵羊资源的调查研究结果初步分析 |
3.2.1 四川绵羊资源基本情况 |
3.2.2 四川绵羊资源生理生化指标 |
3.2.3 四川绵羊资源基本特征描述 |
3.2.4 四川绵羊资源生长发育指标 |
3.2.5 四川绵羊资源繁殖性能 |
3.2.6 四川绵羊资源生产性能 |
3.2.7 四川绵羊资源遗传指标分析 |
3.2.8 四川绵羊资源饲养管理状况 |
3.2.9 四川绵羊资源评估与保存信息 |
4. 讨论 |
4.1 布拖黑绵羊与凉山半细毛羊改良羊生长发育及肉质比较 |
4.1.1 生长发育指标 |
4.1.2 屠宰性能和肉质 |
4.1.3 常规营养成分 |
4.1.4 氨基酸和矿物质含量 |
4.1.5 脂肪酸及挥发性风味物质 |
4.2 四川省绵羊资源的调查研究 |
4.2.1 四川绵羊资源基本情况 |
4.2.2 四川绵羊资源生理生化指标 |
4.2.3 四川绵羊资源基本特征 |
4.2.4 四川绵羊资源生长发育指标 |
4.2.5 四川绵羊资源繁殖性能 |
4.2.6 四川绵羊资源生产性能 |
4.2.7 四川绵羊资源遗传指标 |
4.2.8 四川绵羊资源饲养管理状况 |
4.2.9 四川绵羊资源评估与保存信息 |
5. 结论 |
参考文献 |
致谢 |
攻读学位期间发表的文章 |
(9)褐飞虱微卫星标记的开发与遗传连锁图谱的构建(论文提纲范文)
中文摘要 |
Abstract |
第一章 文献综述 |
1. 褐飞虱的基本情况 |
1.1 褐飞虱的分类地位与地理分布 |
1.2 褐飞虱的生物学特性 |
1.3 褐飞虱的细胞学研究 |
1.4 对水稻的危害特点 |
1.5 褐飞虱的生物型研究 |
1.5.1 褐飞虱生物型种类及田间发生情况 |
1.5.2 褐飞虱生物型鉴定方法 |
1.5.3 褐飞虱生物型分子生物学的研究进展 |
1.5.4 褐飞虱生物型与内共生菌关系研究 |
2. 微卫星分子标记概况 |
2.1 微卫星分子标记 |
2.2 微卫星分子标记的开发 |
2.2.1 EST-SSR(genic SSR)标记的开发 |
2.2.2 基因组SSR(Genomic SSR)标记的开发 |
3. 遗传连锁图谱的研究概况 |
3.1 遗传连锁图谱的理论基础 |
3.2 构建遗传图谱的基本要素 |
3.2.1 作图群体 |
3..2.2 遗传标记 |
3.3 连锁分析 |
3.4 遗传连锁图谱的应用 |
3.4.1 基因定位和克隆 |
3.4.2 比较基因组学研究 |
3.5 昆虫遗传连锁图谱的研究进展 |
4. 水稻抗褐飞虱基因的定位研究 |
4.1 水稻抗褐飞虱的表型评价体系 |
4.2 抗褐飞虱基因研究的进展与现状 |
4.3 抗褐飞虱基因定位与克隆方法 |
5. 本研究的口的及意义 |
第二章 褐飞虱EST-SSR分子标记的开发及其遗传多样性分析 |
1. 引言 |
2. 材料与方法 |
2.1 材料 |
2.2 CTAB法提取褐飞虱基因组DNA |
2.3 EST-SSR标记的开发 |
2.3.1 序列分析和引物设计 |
2.3.2 多态性标记的筛选 |
2.3.3 EST-SSR标记的通用性检测 |
2.3.4 聚丙烯酰胺凝胶(PAGE)电泳检测 |
2.3.5 微卫星标记的命名 |
2.4 数据统计分析 |
3. 结果与分析 |
3.1 微卫星在褐飞虱EST数据库中的分布特征 |
3.2 褐飞虱EST-SSR在不同褐飞虱群体中多态性分析 |
3.3 褐飞虱EST-SSR的通用性检测 |
3.4 利用EST-SSR标记对不同褐飞虱群体进行遗传多样性和遗传关系分析 |
3.5 褐飞虱群体遗传结构分析 |
4. 讨论 |
4.1 褐飞虱EST-SSR的特征分析 |
4.2 褐飞虱EST-SSR多态性分析 |
4.3 褐飞虱EST-SSR的通用性检测 |
4.4 褐飞虱群体的遗传多样性及群体遗传结构 |
第三章 褐飞虱基因组SSR分子标记的开发 |
1. 引言 |
2. 材料与方法 |
2.1 材料 |
2.2 CTAB法提取褐飞虱基因组DNA |
2.3 构建微卫星基因组富集文库与测序 |
2.3.1 褐飞虱基因组DNA的酶切与连接反应 |
2.3.2 预扩增 |
2.3.3 生物素探针与靶标片段的杂交 |
2.3.4 磁珠富集微卫星序列片段 |
2.3.5 富集片段的预扩增 |
2.3.6 富集片段的克隆与测序 |
2.4 褐飞虱基因组SSR标记的合成与筛选 |
2.4.1 序列分析和引物设计 |
2.4.2 多态性标记的筛选 |
2.4.3 聚丙烯酰胺凝胶(PAGE)电泳检测 |
2.5 数据分析 |
3. 结果与分析 |
3.1 褐飞虱基因组DNA的提取 |
3.2 酶切,连接和预扩增 |
3.3 富集与测序 |
3.4 褐飞虱基因组SSR序列特征分析 |
3.5 多态性标记的筛选与通用性分析 |
4. 讨论 |
第四章 褐飞虱遗传图谱的构建 |
1. 引言 |
2. 材料与方法 |
2.1 作图群体 |
2.2 CTAB法提取褐飞虱基因组DNA |
2.3 基因型分析 |
2.4 连锁分析 |
2.5 图谱长度预测和图谱覆盖率 |
3. 结果与分析 |
3.1 作图群体的构建 |
3.2 基因型分析 |
3.3 遗传图谱的构建 |
3.4 图谱覆盖率 |
4. 讨论 |
4.1 作图群体的选择 |
4.2 SSR标记在作图群体中的基因型分析 |
4.3 偏分离标记分析 |
4.4 褐飞虱的遗传连锁图谱 |
4.5 图谱密度与应用 |
第五章 水稻Pokkali抗褐飞虱主效基因Bph9的定位研究 |
1.引言 |
2. 材料与方法 |
2.1 材料 |
2.1.1 亲本材料及群体材料 |
2.1.2 供试褐飞虱 |
2.1.3 SSR分子标记 |
2.2 苗期抗虫鉴定 |
2.3 水稻DNA提取与基因型分析 |
2.4 用集团分离法筛选与抗性基因连锁标记 |
2.5 初步定位染色体部分连锁图构建和QTL扫描 |
3. 结果与分析 |
3.1 苗期抗虫鉴定结果 |
3.2 筛选与抗性基因连锁的分子标记 |
3.3 Bph9基因的初步定位结果 |
4. 讨论 |
第六章 总讨论 |
参考文献 |
附录1. 由日本EST数据库开发的351个EST-SSR标记信息 |
附录2. 在读期间发表及待发表的文章与科研成果 |
致谢 |
(10)绒山羊11号染色体遗传连锁图谱的构建(论文提纲范文)
摘要 |
Abstract |
1 引言 |
1.1 绒山羊概况 |
1.1.1 山羊的概况 |
1.1.2 山羊品种资源 |
1.1.3 绒山羊育种研究进展 |
1.2 微卫星标记 |
1.2.1 分子遗传标记及其研究进展 |
1.2.2 微卫星 DNA(SSRs)遗传标记技术的发展 |
1.2.3 SSRs 的特点 |
1.2.4 SSRs 的形成机理 |
1.2.5 SSRs 的获得 |
1.2.6 微卫星遗传标记在动物遗传育种中的应用 |
1.2.7 微卫星 DNA 的检测 |
1.3 用微卫星进行亲缘关系的确证 |
1.3.1 亲缘关系鉴定的方法及进展 |
1.3.2 亲子鉴定中遗传标记的选择 |
1.3.3 亲子鉴定的可靠性 |
1.4 遗传图谱 |
1.4.1 遗传连锁图谱的构建 |
1.4.2 绵羊基因组遗传连锁图研究进展 |
1.4.3 山羊基因组遗传连锁图研究进展 |
1.4.4 畜禽遗传图谱在动物育种中的应用 |
1.5 本研究的意义与目的 |
2 试验材料与方法 |
2.1 试验材料 |
2.1.1 试验群体 |
2.1.2 山羊耳组织样的采集方法 |
2.1.3 主要仪器设备 |
2.1.4 主要试剂 |
2.1.5 溶液的配制 |
2.1.6 统计分析软件 |
2.2 试验方法 |
2.2.1 基因组 DNA 的提取 |
2.2.2 基因组 DNA 的检测 |
2.2.3 微卫星 DNA 标记的选择与引物的合成 |
2.2.4 PCR 反应体 |
2.2.5 PCR 产物检测 |
2.2.6 统计分析方法 |
2.2.7 系谱确认 |
2.2.8 构建连锁图谱 |
3 试验结果与分析 |
3.1 基因组 DNA 提取结果 |
3.2 选择家系结果 |
3.3 PCR 产物琼脂糖检测 |
3.4 聚丙烯酰胺凝胶电泳结果 |
3.5 微卫星标记基因数字化分型结果 |
3.6 用 Cervus 进行系谱确认 |
3.7 微卫星座位的等位基因频率及基因型频率 |
3.8 内蒙古白绒山羊11 号染色体遗传连锁图谱的构建 |
4 讨论 |
4.1 基因组 DNA 的提取 |
4.1.1 引起 DNA 分子量降低的因素 |
4.1.2 影响 DNA 浓度的主要因素 |
4.2 微卫星标记的选择 |
4.3 PCR 扩增条件的优化 |
4.4 扩增产物的凝胶电泳和带型判读 |
4.4.1 扩增产物的凝胶电泳时的影响因素 |
4.4.2 扩增产物带型判读的影响因素 |
4.5 试验群体和系谱验证 |
4.6 连锁图谱 |
5 结论 |
致谢 |
参考文献 |
作者简介 |
四、猪1、3号染色体微卫星位点多态性及遗传连锁图谱的构建(论文参考文献)
- [1]熊本牡蛎(Crassostrea sikamea)微卫星标记开发,野生及养殖群体遗传多样性分析[D]. 邓亚平. 重庆师范大学, 2020(05)
- [2]老芒麦高密度遗传图谱构建及落粒相关基因QTL定位[D]. 张宗瑜. 兰州大学, 2020
- [3]猪基因组核苷酸多态性研究与应用[J]. 黄宣凯,唐玲玲,宋岩,王佳辉,张宝荣,高圣玥. 现代畜牧科技, 2016(07)
- [4]加系SPF大白和长白猪群体遗传学分析与SLA单倍型的初步筛选[D]. 贺希文. 甘肃农业大学, 2016(08)
- [5]绵羊13号染色体生产相关性状的QTL定位[D]. 贾春阳. 石河子大学, 2014(03)
- [6]绵羊18号染色体繁殖与体重相关性状的QTL定位分析[D]. 刘龙腾. 石河子大学, 2014(03)
- [7]绵羊非繁殖季节产羔性状的QTL分析[D]. 张文祥. 石河子大学, 2014(03)
- [8]四川省绵羊资源的发掘与评估初探[D]. 陈华丽. 四川农业大学, 2013(03)
- [9]褐飞虱微卫星标记的开发与遗传连锁图谱的构建[D]. 荆胜利. 武汉大学, 2012(06)
- [10]绒山羊11号染色体遗传连锁图谱的构建[D]. 王敏. 内蒙古农业大学, 2011(12)